Här presenterar vi ett protokoll för att noggrant och tillförlitligt mäta metaboliter i sällsynta celltyper. Tekniska förbättringar, inklusive en modifierad mantelvätska för cellsortering och generering av relevanta blankprover, möjliggör en omfattande kvantifiering av metaboliter med en inmatning på endast 5000 celler per prov.