Summary

تحسين قذف لزوجة عالية من ميكروكريستالس لحل وقت المسلسل Femtosecond البلورات في أشعة الليزر

Published: February 28, 2019
doi:

Summary

نجاح تجربة علم البلورات femtosecond المسلسل وقت حلها مرهون بتسليم عينة تتسم بالكفاءة. هنا، نحن تصف البروتوكولات الأمثل النتوء ميكروكريستالس باكتيريورهودوبسين من حاقن النتوء الصغير لزوجة عالية. المنهجية تعتمد على تجانس العينة مع مقرنة الثلاثية رواية والتصور مع كاميرا عالية السرعة.

Abstract

اللزوجة عالية النتوء الصغير عن طريق الحقن قد قلل جداً من استهلاك عينة في تجارب بلورية femtosecond التسلسلي (SFX) في أشعة ليزر الإلكترون الحر (إكسفيلس). كذلك أقامت سلسلة من التجارب باستخدام باكتيريورهودوبسين مضخة البروتون يحركها الضوء هذه الحقن كخيار مفضل لتسليم بلورات لحل الوقت femtosecond المسلسل علم البلورات (TR-سفاكس) حل التغييرات الهيكلية البروتينات بعد فوتواكتيفيشن. للحصول على لقطات هيكلية متعددة ذات جودة عالية، من الضروري جمع كميات كبيرة من البيانات، والتأكد من إزالة الألغام بلورات بين كل نبضة ليزر مضخة. هنا، نحن تصف بالتفصيل كيف يمكننا الأمثل النتوء ميكروكريستالس باكتيريورهودوبسين لتجاربنا TR-سفاكس الأخيرة مصدر الضوء متماسك في الجراحة (لكلس). ويهدف الأسلوب الأمثل البثق لتدفق مستقر ومتواصل مع الحفاظ على كثافة عالية من بلورات لزيادة المعدل في البيانات التي يمكن جمعها في سفاكس-TR التجربة. يمكننا تحقيق هذا الهدف بإعداد المرحلة مكعب lipidic مع توزيع بلورات استخدام المحاقن الثلاثية رواية اقتران الجهاز متبوعاً بضبط تكوين نموذج استناداً إلى قياسات الاستقرار البثق المتخذة مع عالي السرعة بصورة متجانسة إعداد الكاميرا. المنهجية التي يمكن تكييفها لتحسين تدفق الأخرى ميكروكريستالس. الإعداد ستكون متاحة لمستخدمي المرفق الجديد “السويسري ليزر الإلكترون الحر”.

Introduction

Femtosecond المسلسل علم البلورات (SFX) هو أسلوب الأحياء هيكلية التي يستغل الخواص الفريدة لليزر الإلكترون الحر بالأشعة السينية (إكسفيل) لتحديد درجة حرارة الغرفة هياكل الآلاف من بلورات الحجم ميكرومتر بينما الأمر معظم أضرار الإشعاع “الحيود قبل تدمير” المبدأ1،2،3.

في ملحق الوقت وتصميما من سفاكس (TR-سفاكس)، تستخدم نبضات femtosecond من إكسفيل لدراسة التغيرات الهيكلية في البروتينات4،5. يتم تنشيط بروتين اهتمام ليزر ضوئية (أو مشغل النشاط آخر) قبل إصابته برصاص إكسفيل في إعداد تحقيق مضخة. بدقة السيطرة على التأخير بين نبضات المضخة والتحقيق، يمكن التقاط البروتين المستهدفة في مختلف الدول. أفلام الجزيئية للتغييرات الهيكلية على مدى إحدى عشرة من حيث الحجم في وقت تثبت قوة مصادر إكسفيل جديدة لدراسة ديناميات عدة البروتين الأهداف6،،من78،9، 10،11،،من1213. أساسا، ينضم الأسلوب التقنيات الهيكلية دينامية الطيفية وثابت واحد، تقديم لمحة في ديناميات البروتين في القرب من القرار الذري.

قد تحتوي على أنظمة بسيطة ل TR-سفاكس مشغل ذاتية للتنشيط مع عنصر الصور الحساسة مثل الشبكية في9،باكتيريورهودوبسين (bR)10، صباغات في فوتوسيستيم الثاني12،13، 6،فوتواكتيفي البروتين أصفر (PYP)7 عكسية فوتوسويتشابل بروتين فلوري11، أو أول أكسيد الكربون فوتوليزابل في الميوجلوبين8. الاعتماد على مزيج اختلافات مثيرة من هذه التقنية لا تزال في التنمية وضخ مخططات14،15 دراسة التفاعلات الانزيمية أو مجال الكهربائي تستخدم للحث على إجراء تغييرات هيكلية16. نظراً لأن مصادر إكسفيل كانت متاحة فقط لبضع سنوات واستقراء النجاحات السابقة في المستقبل، الأسلوب يبين المحتملة مغير لعبة حقيقية فيما يتعلق بفهمنا لكيفية وظيفة البروتينات.

لأنه يتم تدمير عينات بيولوجية تعرض مرة واحدة لقوة عالية نبض إكسفيل، ونهج جديدة للبروتين البلوري كانت ضرورية. من بين هذه الإجراءات، يلزم أن القدرة على زراعة كميات كبيرة من ميكروكريستالس الموحدة المتقدمة17،،من1819. لتمكين جمع البيانات في إكسفيل، هذه البلورات يجب أن يكون تسليم وتجاهل وتجديد ثم لكل نبض إكسفيل. تسليم العينة نظراً لأن إكسفيلس النار البقول قابلة للاستخدام في 10-120 هرتز، يجب أن تكون سريعة ومستقرة وموثوق بها، مع الحفاظ أيضا البلورات سليمة والحد من الاستهلاك. من بين الحلول الأكثر نجاحا هو حاقن النتوء الصغير لزوجة عالية، التي يسلم continiously الجري العمود من درجة حرارة الغرفة كريستال لادن lipidic مكعب المرحلة (LCP) عبر نبضات الأشعة السينية شعاع20. بلورات المنحى عشوائياً، المضمنة في الدفق نظام الإجراءات الجزائية، التي يتم اعتراضها من قبل مبعثر نبضات إكسفيل الأشعة السينية على جهاز كشف حيث يتم تسجيل نمط حيود. LCP كان خياراً طبيعيا لوسيلة تسليم عينة كما يتم استخدامه كوسيلة نمو كثيرا ما لغشاء بروتين بلورات17،21،22،23، لزوجة عالية أخرى وسائل الإعلام الناقل 24،25،،من2627،،من2829،30 و31 من البروتينات القابلة للذوبان كما استخدمت في محقن. سفاكس مع حاقن لزوجة عالية قد نجحت خلال تصميم هيكل غشاء بروتينات13،32 بما في ذلك33،ز مستقبلات البروتين-إلى جانب (جبكرس)34، 35،،من3637، مع نوعية البيانات الكافية لإنشاء38،مراحل39 الأصلية بينما يجري كل الوقت وعينه تتسم بالكفاءة. حاليا، هذه الحقن تستخدم أكثر بشكل روتيني لقياس درجة حرارة الغرفة في السنكروتروني مصادر28،30،،من4041 وكذلك خلال الأكثر من الناحية الفنية وتطالب تجارب سفاكس TR في إكسفيلس9،10،،من1342.

المقارنة TR-سفاكس التجارب قد نفذت باستخدام أنواع حاقن أخرى مثل الطور السائل ركز التسليم في تدفق فوهة6،،من712، ومع ذلك، يتطلب هذا الأسلوب كميات البروتين لا تتوفر للعديد أهداف مثيرة للاهتمام من الناحية البيولوجية. لتحديد هياكل ثابتة باستخدام البثق لزج متوسط استهلاك 0.072 ميلغرام بروتين لأنماط الحيود المفهرسة 10,000 مقارنة بملغ 9.35 ل jet السائل أبلغ فوهات (أي حوالي 130 مرات أكثر من عينة 20من الكفاءة). ثبت حاقن لزوجة عالية يكون جهاز تسليم نماذج قابلة للتطبيق ل TR-سفاكس بينما فقط التضحية ببعض من هذه الكفاءة عينة43. وكان في نوغلي et al. (2018)10، على سبيل المثال، نموذج استهلاك حوالي 1.5 ملغ في أنماط المفهرسة 10,000، الذي يقارن إيجابيا لتجارب TR-سفاكس مماثلة باستخدام PYP حيث كان استهلاك متوسط عينة أعلى بكثير مع 74 ملغ بروتين كل 000 10 6من أنماط المفهرسة. وهكذا يكون لزوجة عالية عن طريق الحقن مزايا واضحة عندما يتم الحد من كمية البروتين المتاحة أو عندما تزرع البلورات مباشرة في نظام الإجراءات الجزائية.

ل TR-سفاكس لزوجة عالية باستخدام الحقن لإنتاج البيانات الأكثر موثوقية عدة مسائل تقنية تحتاج إلى معالجتها: سرعة تدفق يحتاج إلى البقاء فوق قيمة الحد أدنى الحرج؛ ينبغي الاحتفاظ بضرب المعدل المستوى لا تجعل من جمع البيانات بطيئة (مثلاً، أكبر من 5 في المائة)؛ وقد عينة لتسليمها دون انقطاع المفرط. ومن الناحية المثالية، الفعل استيفاء هذه الشروط قبل وقت طويل من تجربة TR-سفاكس مجدولة لاستخدام الوقت المتاح إكسفيل أكبر قدر ممكن من الكفاءة. بريسيبالي، قد تسمح تباطؤ في تيار LCP السبر البلورات التي تم تنشيطها مع نبض الليزر الضوئية واحد أو أكثر والنتيجة في الدول النشطة مختلطة، أو سبر ضخ المواد عند أومبومبيد المواد المتوقع في الحزمة. فائدة إضافية لحقن قبل الاختبار هو أن التوقف أثناء جمع البيانات في إكسفيل تصغير وقت إنزالها إلى استبدال فوهات مسدودة، تغيير خارج العينات غير القذف، ويتم تقليل مهام الصيانة الأخرى.

نقدم هنا، وسيلة لتحسين تقديم عينة لجمع البيانات سفاكس TR مع حاقن النتوء الصغير لزوجة عالية. للبساطة، الأساليب المذكورة لا تعتمد على إمكانية الوصول إلى مصدر الأشعة سينية، على الرغم من أن العمل في بيمليني السنكروتروني29 تقديم معلومات إضافية عن معدلات ضرب المتوقعة وكريستال الحيود. لدينا البروتوكولات وضعت لتحسين تجارب لالتقاط isomerization الشبكية في مضخة البروتون باكتيريورهودوبسين10 وتنفذ على مرحلتين بدءاً بإعداد عينات كريستال لقذف متبوعاً بالرصد قذف استخدام إعداد كاميرا عالية السرعة. في المرحلة الأولى، يختلط LCP كريستال لادن LCP إضافية، انتقال انخفاض درجة حرارة الدهون، أو غيرها من المواد المضافة لضمان الخليط النهائي مناسبة لتوصيلها إلى البيئة عينة دون إعاقة أو إبطاء. مقرنة حقنه ثلاثية جديدة وضعت لتحسين خلط التجانس الأداء وعينه. وتتألف المرحلة الثانية اختبار قذف سجلتها كاميرا عالية السرعة لقياس استقرار سرعة قذف مباشرة. وبعد تحليل بيانات الفيديو، يمكن تعديلات على بروتوكول إعداد نموذج لتحسين النتائج التجريبية. هذه الإجراءات يمكن تكييفها لتحضير البروتينات الأخرى لجمع البيانات TR-سفاكس، مع الحد الأدنى من تعديلات، وسوف تسهم في الاستخدام الفعال لمحدودية إكسفيل بيمتيمي. مع مرافق إكسفيل جديدة بدأت للتو على العملية44،45 ونقل أساليب جمع البيانات التسلسلية حاقن المستندة إلى سينتشروترونس28،،من3040،41 ، السنوات القليلة القادمة ستواصل بالتأكيد تقديم رؤى جديدة مثيرة في ديناميات الهيكلية لنطاق أوسع من أي وقت مضى لأهداف البروتين.

Protocol

1-البروتين إعداد عينة كريستال حوالي 30 دقيقة قبل أن تكون العينة بالحقن، على أساس حمولة 50 ميليلتر من مونولين كريستال لادن LCP في حقنه 100 ميليلتر. للحقن في الضغط الجوي: تحميل 10 ميليلتر من البارافين السائل في الجزء الخلفي من حقنه ثانية. عقد المحاقن عمودياً، طرد فقاعات الهواء من المحاقن…

Representative Results

مواد انطلاق مثالية للإجراءات المذكورة هنا (الشكل 3) بكثافات عالية من ميكروكريستالس التي أدرجت في الناقل اللزوجة المتوسطة محقن. ويدعو هذا الإجراء حوالي 50 ميليلتر من الناقل آدن كريستال لكل إعداد. يمكن زراعتها مباشرة في نظام الإجراءات الجزائية كهذه مع<sup class=…

Discussion

الأسلوب سفاكس TR مع حاقن البثق لزج ثبت أن تقنية قابلة للتطبيق للدراسات ديناميات الهيكلية باكتيريورهودوبسين9،10 وفوتوسيستيم الثاني13 ويبدو الآن مستعدا لدراسة البروتينات قيادة أخرى صور العمليات البيولوجية مثل النقل أيون يحركها الضوء أو الإدراك ?…

Disclosures

The authors have nothing to disclose.

Acknowledgements

ونعترف جبهارد شيرتلير ورفائيل أبيلا وميلن كريس لدعم استخدام محاقن لزوجة عالية في هذه المبادرة. يعترف نيوتزي ريتشارد وفريقه للمناقشات بشأن حل الوقت علم البلورات وتسليم نموذج باستخدام محاقن لزوجة عالية. للدعم المالي، نحن نعترف “مؤسسة العلوم الوطنية السويسرية” للمنح 31003A_141235، 31003A_159558 (إلى ج. س.) و PZ00P3_174169 (إلى ب. ن.). هذا المشروع قد تلقي تمويلاً من الاتحاد الأوروبي في أفق 2020 البحث والابتكار البرنامج منحة ماري-سكلودوفسكا-كوري 701646 أي اتفاق.

Materials

Mosquito LCP Syringe Coupling TTP labtech store 3072-01050
Hamilton Syringe 1710 RNR, 100 µl Hamilton HA-81065
Hamilton Syringe 1750 RNR, 500 µl Hamilton HA-81265
Monoolein Nu-Chek Prep, Inc. M-239
7.9 MAG Avanti Polar Lipids Inc. 850534O
50% w/v PEG 2000 Molecular Dimensions MD2-250-7
Paraffin (liquid) Sigma-Aldrich 1.07162
High speed camera Photron Photron Mini AX
High magnification lens Navitar 12X Zoom Lens System
Three axis stage ThorLabs PT3/M
Fiber light Thorlabs OSL2
Fused silica fiber Molex/Polymicro TSP-505375
Lite touch ferrule IDEX LT-100
ASU high viscosity injector Arizona State University Purchasable from Uwe Weierstall (weier@asu.edu)
HPLC pump Shimadzu LC-20AD
Electronic gas regulator Proportion Air GP1

References

  1. Neutze, R., Wouts, R., van der Spoel, D., Weckert, E., Hajdu, J. Potential for biomolecular imaging with femtosecond X-ray pulses. Nature. 406 (6797), 752-757 (2000).
  2. Chapman, H. N., et al. Femtosecond X-ray protein nanocrystallography. Nature. 470 (7332), 73-77 (2011).
  3. Barty, A., et al. Self-terminating diffraction gates femtosecond X-ray nanocrystallography measurements. Nature photonics. 6 (December), 35-40 (2012).
  4. Aquila, A., et al. Time-resolved protein nanocrystallography using an X-ray free-electron laser. Optics express. 20 (3), 2706-2716 (2012).
  5. Panneels, V., et al. Time-resolved structural studies with serial crystallography: A new light on retinal proteins. Structural Dynamics. 2 (4), 041718 (2015).
  6. Tenboer, J., et al. Time-resolved serial crystallography captures high-resolution intermediates of photoactive yellow protein. Science. 346 (6214), 1242-1246 (2014).
  7. Pande, K., et al. Femtosecond structural dynamics drives the trans/cis isomerization in photoactive yellow protein. Science (New York, N.Y.). 352 (6286), 725-729 (2016).
  8. Barends, T. R. M., et al. Direct observation of ultrafast collective motions in CO myoglobin upon ligand dissociation. Science (New York, N.Y.). 350 (6259), 445-450 (2015).
  9. Nango, E., et al. A three-dimensional movie of structural changes in bacteriorhodopsin. Science. 354 (6319), 1552-1557 (2016).
  10. Nogly, P., et al. Retinal isomerization in bacteriorhodopsin captured by a femtosecond x-ray laser. Science. 0094 (June), (2018).
  11. Coquelle, N., et al. Chromophore twisting in the excited state of a photoswitchable fluorescent protein captured by time-resolved serial femtosecond crystallography. Nature Chemistry. 10 (1), 31-37 (2017).
  12. Kupitz, C., et al. Serial time-resolved crystallography of photosystem II using a femtosecond X-ray laser. Nature. , (2014).
  13. Suga, M., et al. Light-induced structural changes and the site of O=O bond formation in PSII caught by XFEL. Nature. 543 (7643), 131-135 (2017).
  14. Stagno, J. R., et al. Structures of riboswitch RNA reaction states by mix-and-inject XFEL serial crystallography. Nature. 541 (7636), 242-246 (2017).
  15. Wang, D., Weierstall, U., Pollack, L., Spence, J. C. H. Liquid Mixing Jet for XFEL Study of Chemical Kinetics. Journal of synchrotron radiation. , 1364-1366 (2014).
  16. Hekstra, D. R., White, K. I., Socolich, M. A., Henning, R. W., Šrajer, V., Ranganathan, R. Electric-field-stimulated protein mechanics. Nature. 540 (7633), 400-405 (2016).
  17. Liu, W., Ishchenko, A., Cherezov, V. Preparation of microcrystals in lipidic cubic phase for serial femtosecond crystallography. Nature. 9 (9), 2123-2134 (2014).
  18. Kupitz, C., Grotjohann, I., Conrad, C. E., Roy-Chowdhury, S., Fromme, R., Fromme, P. Microcrystallization techniques for serial femtosecond crystallography using photosystem II from Thermosynechococcus elongatus as a model system. Philosophical transactions of the Royal Society of London. Series B, Biological sciences. 369 (1647), (2014).
  19. Falkner, J. C., et al. Generation of Size-Controlled, Submicrometer Protein Crystals. Chemistry of Materials. 17 (10), 2679-2686 (2005).
  20. Weierstall, U., et al. Lipidic cubic phase injector facilitates membrane protein serial femtosecond crystallography. Nature communications. 5, 3309 (2014).
  21. Landau, E. M., Rosenbusch, J. P. Lipidic cubic phases: a novel concept for the crystallization of membrane proteins. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 93 (December), 14532-14535 (1996).
  22. Caffrey, M. A comprehensive review of the lipid cubic phase or in meso method for crystallizing membrane and soluble proteins and complexes. Acta Crystallographica Section F Structural Biology Communications. 71 (1), 3-18 (2015).
  23. Cherezov, V. Lipidic cubic phase technologies for membrane protein structural studies. Current Opinion in Structural Biology. 21 (4), 559-566 (2011).
  24. Conrad, C. E., et al. A novel inert crystal delivery medium for serial femtosecond crystallography. IUCrJ. 2 (4), 421-430 (2015).
  25. Sugahara, M., et al. Hydroxyethyl cellulose matrix applied to serial crystallography. Scientific Reports. 7 (1), 703 (2017).
  26. Sugahara, M., et al. Grease matrix as a versatile carrier of proteins for serial crystallography. Nature Methods. 12 (1), 61-63 (2014).
  27. Sugahara, M., et al. Oil-free hyaluronic acid matrix for serial femtosecond crystallography. Scientific Reports. 6 (1), 24484 (2016).
  28. Botha, S., et al. Room-temperature serial crystallography at synchrotron X-ray sources using slowly flowing free-standing high-viscosity microstreams. Acta Crystallographica Section D Biological Crystallography. 71 (2), 387-397 (2015).
  29. Kovácsová, G., et al. Viscous hydrophilic injection matrices for serial crystallography. IUCrJ. 4 (4), 400-410 (2017).
  30. Martin-Garcia, J. M., et al. Serial millisecond crystallography of membrane and soluble protein microcrystals using synchrotron radiation. IUCrJ. 4 (4), 439-454 (2017).
  31. Fromme, R., et al. Serial femtosecond crystallography of soluble proteins in lipidic cubic phase. IUCrJ. 2, 545-551 (2015).
  32. Caffrey, M., Li, D., Howe, N., Shah, S. T. A. “Hit and run” serial femtosecond crystallography of a membrane kinase in the lipid cubic phase. Philosophical Transactions of the Royal Society B: Biological Sciences. 369 (1647), 20130621 (2014).
  33. Liu, W., et al. Serial femtosecond crystallography of G protein-coupled receptors. Science (New York, N.Y.). 342 (6165), 1521-1524 (2013).
  34. Zhang, H., et al. Structure of the Angiotensin Receptor Revealed by Serial Femtosecond Crystallography. Cell. 161 (4), 833-844 (2015).
  35. Fenalti, G., et al. Structural basis for bifunctional peptide recognition at human δ-opioid receptor. Nature Structural & Molecular Biology. (February), (2015).
  36. Kang, Y., et al. Crystal structure of rhodopsin bound to arrestin by femtosecond X-ray laser. Nature. 523 (7562), 561-567 (2015).
  37. Ishchenko, A., Cherezov, V., Liu, W. Preparation and Delivery of Protein Microcrystals in Lipidic Cubic Phase for Serial Femtosecond Crystallography. Journal of Visualized Experiments. 9 (115), 2123-2134 (2016).
  38. Batyuk, A., et al. Native phasing of x-ray free-electron laser data for a G protein-coupled receptor. Science Advances. 2 (9), e1600292 (2016).
  39. Nakane, T., et al. Native sulfur/chlorine SAD phasing for serial femtosecond crystallography. Acta Crystallographica Section D Biological Crystallography. 71 (12), 2519-2525 (2015).
  40. Nogly, P., et al. Lipidic cubic phase serial millisecond crystallography using synchrotron radiation. IUCrJ. 2 (2), 168-176 (2015).
  41. Weinert, T., et al. Serial millisecond crystallography for routine room-temperature structure determination at synchrotrons. Nature Communications. 8 (1), 542 (2017).
  42. Tosha, T., et al. Capturing an initial intermediate during the P450nor enzymatic reaction using time-resolved XFEL crystallography and caged-substrate. Nature Communications. 8 (1), 1585 (2017).
  43. Nogly, P., et al. Lipidic cubic phase injector is a viable crystal delivery system for time-resolved serial crystallography. Nature Communications. 7, 12314 (2016).
  44. Abela, R., et al. Perspective: Opportunities for ultrafast science at SwissFEL. Structural Dynamics. 4 (6), 061602 (2017).
  45. Marx, V. Structural biology: doors open at the European XFEL. Nature Methods. 14 (9), 843-846 (2017).
  46. Cheng, A., Hummel, B., Qiu, H., Caffrey, M. A simple mechanical mixer for small viscous lipid-containing samples. Chemistry and Physics of Lipids. 95 (1), 11-21 (1998).
  47. Qiu, H., Caffrey, M. The phase diagram of the monoolein/water system: Metastability and equilibrium aspects. Biomaterials. 21 (3), 223-234 (2000).
  48. James, D. . Injection Methods and Instrumentation for Serial X-ray Free Electron Laser Experiments. , (2015).
  49. Schindelin, J., et al. Fiji: an open-source platform for biological-image analysis. Nature Methods. 9 (7), 676-682 (2012).
  50. Moffat, K. Femtosecond structural photobiology. Science (New York, N.Y.). 361 (6398), 127-128 (2018).

Play Video

Cite This Article
James, D., Weinert, T., Skopintsev, P., Furrer, A., Gashi, D., Tanaka, T., Nango, E., Nogly, P., Standfuss, J. Improving High Viscosity Extrusion of Microcrystals for Time-resolved Serial Femtosecond Crystallography at X-ray Lasers. J. Vis. Exp. (144), e59087, doi:10.3791/59087 (2019).

View Video