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下一代 16S rRNA 扩增子测序的蜱菌群鉴定
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Tick Microbiome Characterization by Next-Generation 16S rRNA Amplicon Sequencing
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下一代 16S rRNA 扩增子测序的蜱菌群鉴定

DOI:
10.3791/58239-v

•

07:21 min

•

August 25, 2018

•

,
1Department of Biology,San Francisco State University

Chapters

  • 00:04Title
  • 00:44Tick Surface Sterilization, DNA Purification, and 16S rRNA Gene Amplification
  • 02:3016S Amplicon Purification
  • 03:59Sample Barcoding and Purification
  • 04:58Library Quantification and Normalization
  • 06:01Results: Community Ecology of the Ixodes Microbiome
  • 06:43Conclusion

Summary

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在这里, 我们提出了下一代测序协议 16S rRNA 测序, 使识别和鉴定微生物群落在载体内。该方法包括 DNA 的提取、扩增和条形码样品的 PCR、序列化和生物信息学, 将序列数据与系统进化信息相匹配。

Tags

Keywords: Tick MicrobiomeNext-generation 16S RRNA Amplicon SequencingVector-borne Disease EcologyMicrobiome CharacterizationTick CollectionDNA ExtractionAmplicon PCRContamination ControlAmplification Bias

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