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组织中蛋白质和RNA表达的空间分析：一种微调虚拟显微切割的方法

JoVE Journal
Krebsforschung

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Spatial Profiling of Protein and RNA Expression in Tissue: An Approach to Fine-Tune Virtual Microdissection

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组织中蛋白质和RNA表达的空间分析：一种微调虚拟显微切割的方法

DOI:

10.3791/62651-v

•

09:19 min

•

July 06, 2022

•

Veronica Ibarra-Lopez, Sangeeta Jayakar, Yeqing Angela Yang, Ciara Martin, Zora Modrusan, Sandra Rost

¹Department of Pathology,Genentech, ²Department of Microchemistry, Proteomics, Lipidomics & Next Generation Sequencing (MPL-NGS),Genentech, ³NanoString Technologies

Kapitel

00:05Introduction
00:44Automated Visualization Protocol for Spatial Proteomics Assays
06:02Spatial Profiling Platform Protocol for Proteomics Assay
06:47ROI Selection for Spatial Transcriptomics Assays
07:10Results: Application of the Automated TSA Based Visualization Protocol in Combination with Spatial Proteomics Assays and Detection of Small ROIs in the Spatial Transcriptomics Protocol
08:47Conclusion

Summary

Automatische Übersetzung

在这里，我们描述了一种用于微调空间组学技术感兴趣区域（ROI）的协议，以更好地表征肿瘤微环境并识别特定的细胞群。对于蛋白质组学测定，自动定制方案可以指导ROI选择，而转录组学测定可以利用小至50μm的ROI进行微调。

Tags

Spatial Profiling Protein Expression RNA Expression Virtual Microdissection Proteomics Transcriptomics Automated Protocol Region Of Interest (ROI) Selection Fluorescent Visualization Antibodies Autostainer Deparaffinization Cell Conditioning Antibody Incubation HRP Blocker Multimer HRP Reagent Antibody Denaturation

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