Single Worm PCR: een methode om genomisch DNA te extraheren en te versterken

Abstract

Bron: Prior, H., et al. Een snelle en facile pijpleiding voor het genereren van genomische punt mutanten in C. elegans met behulp van CRISPR / Cas9 Ribonucleoproteïnen. J.Vis. Exp. (2018). 

Deze video beschrijft een techniek om een enkel nematode snel te screenen op een genetische marker door PCR-screening. In het voorbeeldprotocol screenen we op CRISPR-gebaseerde genoombewerking.

Protocol

Het volgende protocol is een uittreksel uit Prior et al, A Rapid and Facile Pipeline for Generating Genomic Point Mutants in C. elegans Using CRISPR/Cas9 Ribonucleoproteins, J. Vis. Exp. (2018). Single Worm PCR en Genotypering Breng na 1 – 2 dagen leggen de F1s over in individuele PCR-stripbuisdoppen met 7 μL wormlysisbuffer met behulp van …

Representative Results

Figuur 1. CRISPR-Cas9 engineering van deC. eleganssod-1 locus. (A) Schematische illustratie die de exon-intronstructuur van de zode-1 locus in C. elegans afschildert. De rode balk geeft de locatie van G93 in exon 3 aan. De primer paar set wordt opgemerkt door de rode pijlen (F1-R1). (B) Sequentie uitlijning van…

Materials

Nuclease-free water	Synthego Inc.	provided with the sgRNA kit EZ kit
KCl	Sigma	P5405
DNA Clean & Concentrator	Zymo Research	D4004
Zymoclean Gel DNA Recovery Kit	Zymo Research	D4002
Q5 Hot Start High-Fidelity 2X Master Mix	New England Biolabs	M0494L
Proteinase K	Sigma	P2308
MgCl2	Sigma	M2393
NP-40	Sigma	74385
Tween-20	Fisher Scientific	BP337-100
RNaseZap Decontamination Solution	Fisher Scientific	AM9780