Las imágenes in vivo proporcionan un acceso sin precedentes al comportamiento dinámico de las estructuras celulares y subcelulares en su contexto natural. La realización de tales experimentos de imagen en vertebrados superiores, como los mamíferos, generalmente requiere acceso quirúrgico al sistema en estudio. La accesibilidad óptica del pez cebra embrionario y larvario permite eludir estos procedimientos invasivos y permite obtener imágenes del organismo intacto. De hecho, el pez cebra es ahora un modelo bien establecido para visualizar comportamientos celulares dinámicos utilizando microscopía in vivo en una amplia gama de contextos de desarrollo, desde la proliferación hasta la migración y la diferenciación. Un desarrollo más reciente es el uso cada vez mayor del pez cebra para estudiar eventos subcelulares, incluido el tráfico mitocondrial y la dinámica del centrosoma. La relativa facilidad con la que estas estructuras subcelulares pueden ser marcadas genéticamente por proteínas fluorescentes y el uso de técnicas de microscopía óptica para obtener imágenes de ellas está transformando al pez cebra en un modelo in vivo de biología celular. Aquí describimos métodos para generar construcciones genéticas que marquen orgánulos de manera fluorescente, destacando las mitocondrias y los centrosomas como ejemplos específicos. Utilizamos el sistema bipartito Gal4-UAS en múltiples configuraciones para restringir la expresión a tipos específicos de células y proporcionar protocolos para generar peces transgénicos estables y que se expresan transitoriamente. Finalmente, proporcionamos pautas para elegir los métodos de microscopía óptica que son más adecuados para obtener imágenes de la dinámica subcelular.