Veri madenciliği ve meme kanserinde biyomarker Integrative analizi gerçekleştirmek birden çok genel erişilebilir veritabanları kullanma

Burada, çeşitli erişilebilir veritabanlarının analizinde meme kanseri temelinin biyomarker ve sağkalım belirleyicisini araştırmak için bir protokol salıyoruz. Bu yöntem, sonuçların güvenilirliğini ve temsilini artırabilir, böylece ilgi genine bilgilendirici bir bakış açısı sunabilir. Bu yöntemin avantajı, bir genin meme kanserindeki potansiyel rolünün hızlı bir şekilde görüntülenmesi ve yorumlanmasına olanak sağlamasıdır.

Ayrıca, bu yordam ile elde edilen tüm sonuçlar hemen test edilebilir ve sadece ilgili web siteleri sorgulayarak tekrarlanır. Bu yöntemin fizibilitesini test etmek için çalışmada meme kanserini seçtik. Meme kanseri heterojen bir hastalık olduğu için meme kanserinin farklı moleküler alt tiplerinin tanı, tedavisi ve prognozları farklılık gösterebilir.

Bu nedenle meme kanseri nin birbirinden farklı alt tiplerini yansıtacak bilgileriçeren verimli çevrimiçi araç veya veritabanı bulmak özellikle önemlidir. Bu yordamı başlatmak için ONCOMINE web arayüzügidin. Çeşitli malignitelerde gen ID1'in göreli ifade düzeylerini elde etmek için arama kutusuna ID1 yazın.

Birincil filtreler menüsünde analiz türünü seçin, ardından Kanser vs. Normal Analiz'i seçin. Diğer görünümler menüsünde gen özeti görünümünü seçin.

P değerini0,01 olarak ayarlayın. Kat değiştirme eşiğini 2 olarak ayarlayın. Gen sıralamasının eşiğini Herkese ayarlayın.

Veri türünü Tümü olarak ayarlayın. Rakamları indirin. İlk olarak, BC Gen-İfade Madenci web arayüzü gidin.

Çözümleme menüsünde, korelasyon seçin ve sonra ayrıntılı düğmeye basın. Arama kutusuna ID1 yazın ve gönder düğmesine ve Analiz'i başlat düğmesine basın. Bc Gen-İfade Madenci alt grup analizi için, BC Gen-İfade Miner arayüzü gidin.

Çözümleme menüsünde ifadeyi seçin ve ayrıntılı düğmeye basın. Arama kutusuna ID1 yazın ve gönder düğmesine ve analiz başlat düğmesine basın. Tam görüntüleri görüntülemek için nodal durumu ve Scarff Bloom Richardson sınıf küçük resimleri tıklatın.

Scarff Bloom Richardson görüntülerinde, şekillerin P değerlerini görselleştirmek için aşağıdaki düğmeye basın. Sonra, rakamları indirin. Meme Kanseri Online için Gen ekspresyonu tabanlı Outcome üzerinden alt grup analizi için, GOBO web arayüzügidin.

İlgi alanının gen sembolü için ID1 yazın ve gen kümesini yükleyin. Gen/sonda tanımlayıcılarını gen sembolüne tanımlamak için arama aralığını ayarlayın. Tüm tümör seçiminde ayarlayın ve çok değişkenli parametrelerde tabakalaşmış düğüm durumunu ve derecesini seçin.

Diğer öğeler varsayılan kalır. Şimdi, soruşturma gönderin ve rakamları indirin. BC Gen-İfade Madenci hayatta kalma analizi için, BC Gen-İfade Miner web arayüzü gidin.

Çözümleme menüsünde, prognostik'i seçin ve ardından ayrıntılı düğmeye basın. ARAMA kutusuna ID1 yazın ve gönder düğmesine ve ardından analiz başlat düğmesine basın. Kapsamlı prognostik analizde, nüfus ve olay kriterlerinde Nm, ERm, MR'ı seçin ve daha fazla bilgi edinmek için gönder düğmesine basın.

Bu tıklatma dan sonra kaplan-Meier eğrisi küçük resimler tam grafikleri dışa aktarmak için. İnsan Protein Atlası'nda hayatta kalma analizi için İnsan Protein Atlası web arayüzüne gidin. ARAMA kutusuna ID1 yazın ve arama düğmesini tıklatın.

Ardından patoloji alt atlasını seçin. Meme kanseri için etiket tıklayın ve interaktif bir sağkalım dağılım arsa ve sağkalım analizi gösteren ayrıntılı bir sayfa görünecektir. Bu rakamları indirin.

Kaplan-Meier Plotter Survival'da hayatta kalma analizi için Kaplan-Meier Plotter web arayüzüne gidin. mRNA gen çipi bölgesinde, meme kanseri için KM plotter başlat'ı tıklatın. Arama çubuğuna ID1 yazın ve aday menüsündeki yeşil öğeyi seçin.

Ardından, hayatta kalma türü olarak RFS'yi seçin ve diğer öğeleri varsayılan ayarlarında bırakın. Kaplan-Meier çizimi'ni tıklatın ve rakamları indirin. Bu çalışmada, bir meme kanseri biyobelirteci veri madenciliği ve bütünleştirici analizi için temsili bir sonuç ID1 kullanılarak gerçekleştirilir, inhibitörün DNA bağlayıcı aile üyelerinden biri.

Tümör ve normal dokular arasındaki ID1 mRNA ekspresyonunun farklılıkları ilk olarak toplam 445 benzersiz analiziçeren ONCOMINE veritabanı kullanılarak analiz edilir. Normal dokularda meme kanseri dokularına göre anlamlı olarak daha yüksek olan ID1'in mRNA ekspresyon düzeyini ortaya koyan sadece 5 çalışma vardır, bu da meme kanserinde ID1'in ekspresyonunun bir ekspresyonu olduğunu göstermektedir. BC Gen-Ekspresyon Madenci sa1'de ID1'in mRNA ekspresyonu ile meme kanseri hastalarının klinikopatolojik parametreleri arasındaki korelasyonun tanımlanmasında kullanılır.

LENF NODU metastazı olmayan meme kanseri hastalarında ID1'in mRNA düzeyleri lenf nodu metastazı olanlara göre anlamlı olarak artmaktadır. GOBO'daki analiz, ID1'deki mRNA düzeylerinin artmasının tümör notunun düşmesiile ilişkili olduğunu göstermektedir. Bu sonuçlar, MEME KANSERInde daha düşük metastatik potansiyel ve daha düşük patolojik derece ile bağlantılı olduğunu ima edin.

BC Gen-Ekspresyon Miner veritabanından yapılan analiz, meme kanseri hastalarında daha yüksek mRNA btna düzeylerinin daha uzun mesafeli metastazsız sağkalımla ilişkili olduğunu göstermektedir. İnsan Protein Atlası'nın analizi, ID1'in yüksek protein düzeylerinin meme kanseri hastalarında daha iyi sağkalım sonucu ile ilişkili olduğunu göstermektedir. Kaplan-Meier Plotter'ın sağkalım analizi bu bulgularla tutarlıdır ve ID1 ekspresyonunun daha yüksek mRNA düzeylerinin meme kanseri hastalarında daha iyi nükssüz sağkalım öngördüğünü göstermektedir.

Daha fazla çevrimiçi veritabanları kullanılabilir veya araştırmacılar için erişilebilir olacaktır. Protokol, araştırmacıların potansiyel hedef genleri ve ilişkili sinyal yolunu belirlemeleri için etkili bir yöntem sağlayabilir.