Genome-wide Profiling of Transcription Factor-DNA Binding Interactions in <em>Candida albicans</em>: A Comprehensive CUT&amp;RUN Method and Data Analysis Workflow

Mohammad N. Qasim; Ashley Valle Arevalo; Akshay D. Paropkari; Craig L. Ennis; Suzanne S. Sindi; Clarissa J. Nobile; Aaron D. Hernday

doi:10.3791/63655

/

Candida albicans'ta Transkripsiyon Faktörü-DNA Bağlanma Etkileşimlerinin Genom Çapında Profillenmesi: Kapsamlı Bir CUT&RUN Yöntemi ve Veri Analizi İş Akışı

JoVE Revista
Biología

Se requiere una suscripción a JoVE para ver este contenido. Inicie sesión o comience su prueba gratuita.

JoVE Revista Biología

Genome-wide Profiling of Transcription Factor-DNA Binding Interactions in Candida albicans: A Comprehensive CUT&RUN Method and Data Analysis Workflow

Please note that all translations are automatically generated. Click here for the English version.

Candida albicans'ta Transkripsiyon Faktörü-DNA Bağlanma Etkileşimlerinin Genom Çapında Profillenmesi: Kapsamlı Bir CUT&RUN Yöntemi ve Veri Analizi İş Akışı

DOI:

10.3791/63655-v

•

07:48 min

•

April 01, 2022

•

Mohammad N. Qasim*^1,2, Ashley Valle Arevalo*^1,2, Akshay D. Paropkari*^1,2, Craig L. Ennis^2,4, Suzanne S. Sindi, Clarissa J. Nobile⁴, Aaron D. Hernday⁴

¹Department of Molecular and Cell Biology,University of California, Merced, ²Quantitative and Systems Biology Graduate Program,University of California, Merced, ³Department of Applied Mathematics,University of California, Merced, ⁴Health Sciences Research Institute,University of California, Merced

Capítulos

00:04Introduction
00:49Isolation of Nuclei and Primary Antibody Binding
02:40Binding of pAG-MNase to Antibody
03:36Library Preparation for Sequencing
05:22CUT&RUN Sequence Analysis
05:54Results: Quality Control Steps and Evaluation of Ndt80 and Efg1 Enriched Peaks Using CUT&RUN Protocol
07:22Conclusion

Summary

Traducción Automática

Bu protokol, insan mantar patojeni Candida albicans'ta nükleaz (CUT&RUN) kullanarak hedefler altında bölünme ve salınım için deneysel bir yöntem ve veri analizi iş akışını açıklamaktadır.

Article

Embed

Añadir a la lista de reproducción

Usage Statistics

Videos relacionados

Mikroarray'ler kullanarak tRNA Aminoacylation (Şarj) Seviyeler genom Analizi

Izoform özel Gen Hedefler Belirlemek için ChIP kullanarak genom analizi

Kantitatif Spor Analizi İş Akışı

Çeşitli ChIPseq Veri Türleri Genom çapında Analizi İçin Yeni Bir Bayesian değiştir nokta Algoritması

Genom çapında Gen Delesyonlar içinde<em> Streptococcus sanguinis</em> Yüksek Verimli PCR ile

Bir genom Ölçeği Polizom Fraksiyonu ve Memeli Translatomes Analizi

COSMIC ile Hücrelerde İlaç-DNA Etkileşimlerinin genom Haritalama (Küçük moleküllerinin çapraz bağlanmasını Kromatin yalıtmak için)

Histon Ekstraksiyon Gönderen Data Analizi: Aşağıdan yukarıya Kütle Spektrometre kullanarak histon post-translasyonel modifikasyonlar Analizi için komple iş akışı