הפרוטוקול מסכם את שיטות העבודה המומלצות למזעור העומס הביולוגי המיקרוביאלי בסביבת חדר נקי וכולל אסטרטגיות כגון ניטור סביבתי, ניטור תהליכים ובדיקת סטריליות מוצרים. הוא רלוונטי למתקני ייצור ובדיקה הנדרשים לעמוד בתקני פרקטיקה של רקמות טובות ובתקני שיטות ייצור טובות הנוכחיים.