खमीर Electrospray Ionization मास स्पेक्ट्रोमेट्री का उपयोग कर Lipidome के एक मात्रात्मक आकलन
Summary
हम एक नए सर्वेक्षण स्कैन electrospray ionization मास स्पेक्ट्रोमेट्री (ईएसआई / एमएस) का उपयोग खमीर में कई लिपिड प्रजातियों की पहचान करने के लिए मात्रात्मक lipidomics विधि का वर्णन. इस विधि वर्तमान लिपिड पहचान और लिपिड, संवेदनशीलता, और गति के विभिन्न आणविक रूपों को हल करने की क्षमता में मात्रा का ठहराव के लिए उपलब्ध तरीकों से अधिक है.
Abstract
Lipids biomolecules के प्रमुख वर्गों के एक और महत्वपूर्ण भूमिका झिल्ली गतिशीलता, ऊर्जा भंडारण खेलने, और संकेत<sup1-4></sup>. नवोदित खमीर<em> Saccharomyces cerevisiae</em> एक आनुवंशिक और biochemically एनोटेट जीनोम और बहुत सरल lipidome के साथ manipulable कोशिकीय यूकेरियोट, multicellular eukaryotes में विभिन्न प्रजातियों के लिपिड जैविक कार्यों के अध्ययन के लिए एक मूल्यवान मॉडल है<sup2,3,5></sup>.<em> एस. cerevisiae</em> 16 या 18 कार्बन परमाणुओं की श्रृंखला मुख्य रूप से और या तो शून्य लंबाई या unsaturation की एक डिग्री के साथ lipids के 10 प्रमुख वर्गों है<sup6,7></sup>. लिपिड पहचान और मात्रा का ठहराव के लिए मौजूदा तरीकों – जैसे उच्च प्रदर्शन तरल क्रोमैटोग्राफी, पतली परत क्रोमैटोग्राफी, प्रतिदीप्ति माइक्रोस्कोपी, और गैस क्रोमैटोग्राफी एमएस द्वारा पीछा – अच्छी तरह से स्थापित कर रहे हैं, लेकिन कम संवेदनशीलता, अपर्याप्त अलग lipids के विभिन्न आणविक रूपों, लिपिड derivitization पहले की आवश्यकता विश्लेषण करने के लिए, या काफी समय लगता हो सकता है. यहाँ हम हमारे प्रयोगात्मक दृष्टिकोण के एक विस्तृत वर्णन और खमीर कोशिकाओं में lipids की पूरी पूरक की पहचान और मात्रा का ठहराव के लिए सर्वेक्षण स्कैन ईएसआई / एमएस का उपयोग करके इन निहित सीमाओं को हल मौजूद है. वर्णित विधि खमीर कोशिकाओं से बरामद जटिल लिपिड मिश्रण के chromatographic जुदाई आवश्यकता नहीं है, जिससे बहुत डाटा अधिग्रहण की प्रक्रिया में तेजी. इस विधि ग्राम / मिलीलीटर के रूप में कम के रूप में सांद्रता में लिपिड पहचान और मात्रा का ठहराव के लिए सक्षम बनाता है और है सफलतापूर्वक पूरे खमीर कोशिकाओं और उनके शुद्ध organelles के lipidomes का आकलन करने के लिए लागू किया गया है. पूरे लिपिड विश्लेषण की इस पद्धति का उपयोग करके करने के लिए खमीर कोशिकाओं से Lipids निष्कर्षण दो से तीन घंटे लगते हैं. यह केवल पांच से दस मिनट लगते हैं एक बड़े पैमाने पर Q-TOF नैनो electrospray स्रोत के साथ सुसज्जित स्पेक्ट्रोमीटर पर निकाले और सूखे lipids के प्रत्येक नमूना चलाने के लिए.
Protocol
Discussion
इस विधि खमीर lipidome के आसानी से उपलब्ध सस्ती सामग्री का उपयोग तेजी से मात्रात्मक निर्धारण के लिए सक्षम बनाता है. विधि लिपिड diacylglycerols, ergosterols और ergosteryl एस्टर के अपवाद के साथ खमीर कोशिकाओं में पाया प्रजातियों में से…
Acknowledgements
हम बहुमूल्य सलाह, चर्चा, और तकनीकी सहायता के लिए Alain Tessier के लिए आभारी हैं. हम Concordia विश्वविद्यालय में मास स्पेक्ट्रोमेट्री की उत्कृष्ट सेवाओं के लिए जैविक अनुप्रयोगों के लिए केंद्र स्वीकार करते हैं. यह काम CIHR और कनाडा के NSERC से अनुदान द्वारा समर्थित किया गया था. VIT एक CIHR नई अन्वेषक और जीनोमिक्स में Concordia विश्वविद्यालय अनुसंधान चेयर, सेल बायोलॉजी और एजिंग है.
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