वीडियो मानव भ्रूण स्टेम सेल कॉलोनी विकास के विश्लेषण बायोइनफॉरमैटिक्स
Summary
वीडियो जैव सूचना विज्ञान स्वचालित प्रसंस्करण, विश्लेषण, समझ, और जैविक spatio-अस्थायी सूक्ष्म वीडियो से निकाले डेटा का डाटा खनन है. इस अनुच्छेद के प्रयोजन के लिए एक वीडियो जैव सूचना विज्ञान पद्धति का उपयोग करके मानव भ्रूण स्टेम सेल कॉलोनी विकास को मापने के लिए एक विधि का प्रदर्शन है.
Abstract
क्योंकि वीडियो डेटा जटिल कर रहे हैं और कई छवियों, वीडियो सामग्री से खनन जानकारी के शामिल मुश्किल है कंप्यूटर सॉफ्टवेयर की सहायता के बिना नहीं है. वीडियो जैव सूचना विज्ञान कंप्यूटर सॉफ्टवेयर का उपयोग करने के लिए डेटिंग खनन और विश्लेषण प्रदर्शन वीडियो छवियों से spatio-अस्थायी डेटा को निकालने के लिए एक शक्तिशाली मात्रात्मक दृष्टिकोण है. इस अनुच्छेद में, हम समय चूक वीडियो Nikon BioStation सीटी वीडियो इमेजिंग के लिए एक कैमरा के साथ सुसज्जित इनक्यूबेटर में एकत्र का विश्लेषण करके मानव भ्रूण स्टेम कोशिकाओं (hESC) के विकास को बढ़ाता करने के लिए एक वीडियो जैव सूचना विज्ञान विधि का परिचय. हमारे प्रयोगों में, hESC कालोनियों कि Matrigel से जुड़े थे BioStation सीटी में 48 घंटे के लिए फिल्माया गया. इन कालोनियों के विकास की दर निर्धारित करने के लिए, व्यंजनों सीएल-क्वांट सॉफ्टवेयर है जो उपयोगकर्ताओं को वीडियो छवियों से डेटा के विभिन्न प्रकार को निकालने के लिए सक्षम बनाता का उपयोग कर विकसित किया गया. सही कॉलोनी विकास का मूल्यांकन करने के लिए, तीन व्यंजनों बनाया गया. पहले कॉलोनी और पृष्ठभूमि, दूसरा बढ़ाया छवि वीडियो अनुक्रम भर कालोनियों सही परिभाषित, और तीसरे में खंडों छवि पिक्सेल की संख्या समय के साथ कॉलोनी में मापा. तीन व्यंजनों वीडियो व्यक्तिगत hESC कालोनियों के 48 घंटे से अधिक विकास की दर का विश्लेषण करने के लिए एक BioStation सीटी में एकत्र आंकड़ों पर अनुक्रम में चलाए जा रहे थे. सी.एल. क्वांट व्यंजनों की सत्यवादिता की पुष्टि करने के लिए, एक ही डेटा मैन्युअल रूप से विश्लेषण किया गया Adobe Photoshop सॉफ्टवेयर का उपयोग कर. जब डेटा प्राप्त सीएल – बल्ली से ढकेलना व्यंजनों का उपयोग कर और Photoshop की तुलना में थे, परिणाम लगभग समान थे, यह दर्शाता है सीएल – बल्ली से ढकेलना व्यंजनों सच्चा थे. विधि यहाँ वर्णित किसी भी वीडियो डेटा hESC या अन्य कोशिकाओं है कि कालोनियों में बढ़ने की विकास दर को मापने के लिए लागू किया जा सकता है. इसके अलावा, अन्य वीडियो जैव सूचना विज्ञान व्यंजनों अन्य प्रक्रियाओं के लिए सेल प्रवास, apoptosis, और कोशिका आसंजन के रूप में भविष्य में विकसित किया जा सकता है.
Protocol
Discussion
वीडियो जैव सूचना विज्ञान उपकरण तेजी से वीडियो छवियों से डेटा निकालने के लिए शक्तिशाली हैं. HESC कॉलोनी विकास बढ़ाता के लिए हमारी प्रोटोकॉल एक जैविक समस्या वीडियो जैव सूचना विज्ञान के एक आवेदन को दर्शात?…
Acknowledgements
कैलिफोर्निया तंबाकू से संबंधित रोग अनुसंधान कार्यक्रम, पुनर्योजी चिकित्सा के लिए कैलिफोर्निया इंस्टीट्यूट, और NSF IGERT अनुदान वीडियो बायोइनफॉरमैटिक्स पर (0903667 #) पर UCR (धन से इस पद्धति का विकास संभव बनाया गया था http://www.cris.ucr IGERT .edu / / index.php ). सबरीना लिन स्नातक डिवीजन से एक निबंध फैलोशिप द्वारा समर्थित है, शॉन Forteno एक NIH मार्क फैलोशिप द्वारा समर्थित है, और Shruthi सतीश एक स्नातक डिवीजन फैलोशिप द्वारा समर्थित है. हम उसकी मदद के लिए आंकड़े तैयारी अन्ना Trtchounian के लिए आभारी हैं. हम भी कैसे सी.एल. – बल्ली से ढकेलना सॉफ्टवेयर का उपयोग करने के लिए हमें शिक्षण के लिए सैम Alworth और नेड Jastromb धन्यवाद.
Materials
| Material Name | Type | Company | Catalogue Number | Comment |
|---|---|---|---|---|
| mTeSR1 Human Embryonic Stem Cell Maintenance Medium | Stem Cell Technologies | 05850 | or any suitable medium for hESC culture. | |
| BD Matrigel | BD Bioscience | 356234 | or other suitable substrate. | |
| DMEM/F12 Basal Medium | Invitrogen | 11330-032 | ||
| Phosphate Buffered Saline without Ca2+ and Mg2+ | ||||
| Accutase Enzyme Cell Detachment Medium | eBioscience | 00-4555-56 | or other suitable detachment enzyme. | |
| 3mm Glass beads | Fisher Scientific | 11-312A | optional. | |
| 12-well Tissue Culture Plates | BD Falcon | 353043 | or any other plate format. | |
| Nikon BioStation CT/IM | or other incubator/microscope suitable for collecting video data. | |||
| CL-Quant software (Nikon) and/or Photoshop (Adobe). |
