Video Biyoinformatik İnsan Embriyonik Kök Hücre Colony Büyüme Analizi
Summary
Video biyoinformatik otomatik işleme, analiz, anlayış ve mikroskobik videos çıkarılan biyolojik uzay-zamansal veri veri madenciliği. Bu makalenin amacı, bir video biyoinformatik yöntemi kullanarak insan embriyonik kök hücre koloni gelişimini ölçmek için bir yöntem göstermektir.
Abstract
Video veri karmaşık ve çok sayıda resim, video malzeme madencilik bilgileri oluşan Çünkü bilgisayar yazılım yardımı olmadan yapmak zor. Video biyoinformatik kalma madencilik ve analiz gerçekleştirmek için bilgisayar yazılımı kullanarak video görüntüleri uzay-zamansal veri ayıklamak için güçlü bir kantitatif bir yaklaşımdır. Bu makalede, zaman atlamalı video, video görüntüleme için bir kamera ile donatılmış bir Nikon BioStation CT inkübatör toplanan analiz ederek insan embriyonik kök hücreleri (hESC) büyüme ölçülmesi için bir video biyoinformatik yöntemi tanıtmak. Deneylerde, Matrigel için bağlıydık hESC koloniler BioStation CT 48 saat için çekildi. Bu kolonilerin büyüme oranını belirlemek için, yemek tarifleri, kullanıcıların video görüntüleri çeşitli veri türlerini ayıklamak için sağlayan CL-Quant yazılımı kullanılarak geliştirilmiştir. Doğru koloni gelişimini değerlendirmek için, üç yemek tarifleri oluşturuldu. Zamanla koloni koloni ve arka plan, video dizisi boyunca koloniler doğru tanımlamak için ikinci gelişmiş görüntü, ve üçüncü içine ilk bölümlenmiş görüntü piksel sayısı ölçülür. 48 saat içinde bireysel hESC kolonilerin büyüme oranını analiz için bir BioStation BT toplanan video veri sırayla üç tarifleri koşmak vardı. CL-Quant tarifleri doğruluğuna doğrulamak için, aynı veri Adobe Photoshop yazılımı kullanarak manuel olarak analiz edildi. CL-Quant tarifleri ve Photoshop karşılaştırıldı elde edilen veriler, sonuçlar, CL-Quant tarifleri dürüst gösteren hemen hemen aynıydı. Burada açıklanan yöntem hESC veya koloniler halinde yetişen diğer hücrelere büyüme oranlarını ölçmek için herhangi bir video verilere uygulanabilir. Buna ek olarak, diğer video biyoinformatik tarifleri, göç, apoptozis ve hücre yapışması gibi diğer hücre süreçleri için gelecekte geliştirilebilir.
Protocol
Discussion
Video biyoinformatik araçlar, video görüntüleri hızlı bir şekilde veri ayıklamak için güçlüdür. HESC koloni büyüme miktarının belirlenmesi için protokol biyolojik bir sorun video biyoenformatik bir uygulama göstermektedir. Bu yöntem, kantitatif ve bireysel hESC koloniler ifşa veri ilginç bir özelliği vardır. Video biyoinformatik tarifleri, proliferasyon, göç, apoptozis ve substrat hücre eklenti ve komşu hücrelere hücre eklenti gibi diğer hücresel işlemlerini izlemek için geliştirilebi…
Acknowledgements
Bu yöntemin gelişimi Kaliforniya Tütün İlgili Hastalıkları Araştırma Programı, video Biyoinformatik UCR California Rejeneratif Tıp Enstitüsü, ve NSF IGERT hibe (0.903.667) (fon tarafından mümkün olmuştur http://www.cris.ucr .edu / IGERT / index.php ). Sabrina Lin, Yüksek Lisans Bölümü Tez Bursu tarafından desteklenen, Shawn Forteno bir NIH MARC Bursu tarafından desteklenen ve Shruthi Satish, Yüksek Lisans Bölümü Bursu tarafından desteklenmektedir. Biz rakamlar hazırlarken ona yardım için Anna Trtchounian minnettar. Ayrıca Sam Alworth ve Ned Jastromb CL-Quant yazılım nasıl kullanabileceğimizi bize öğretmek için teşekkür ederiz.
Materials
| Material Name | Type | Company | Catalogue Number | Comment |
|---|---|---|---|---|
| mTeSR1 Human Embryonic Stem Cell Maintenance Medium | Stem Cell Technologies | 05850 | or any suitable medium for hESC culture. | |
| BD Matrigel | BD Bioscience | 356234 | or other suitable substrate. | |
| DMEM/F12 Basal Medium | Invitrogen | 11330-032 | ||
| Phosphate Buffered Saline without Ca2+ and Mg2+ | ||||
| Accutase Enzyme Cell Detachment Medium | eBioscience | 00-4555-56 | or other suitable detachment enzyme. | |
| 3mm Glass beads | Fisher Scientific | 11-312A | optional. | |
| 12-well Tissue Culture Plates | BD Falcon | 353043 | or any other plate format. | |
| Nikon BioStation CT/IM | or other incubator/microscope suitable for collecting video data. | |||
| CL-Quant software (Nikon) and/or Photoshop (Adobe). |
