استخراج الحمض النووي من الميكروبات غوت من النمل الأبيض (Zootermopsis Angusticollis) وتصور الميكروبات غوت
Summary
هذا الفيديو يوضح تقنية لاستخراج الحمض النووي من أنواع الميكروبات المقيمين في المعى المؤخر النمل الأبيض. ويتضح ايضا في اعداد شريحة جبل الرطب ، وهو أمر مفيد لتصور المجتمع الميكروبية الأمعاء ، ويعطى من خلال جولة الأنواع الغنية بيئة الأمعاء.
Abstract
النمل الأبيض هي من بين عدد قليل من الحيوانات المعروفة لديهم القدرة على العيش فقط من الخشب طويلا. الجهاز يحتوي على أمعاء النمل الأبيض كثيفة السكان الميكروبية والأنواع الغنية التي تساعد في تدهور lignocellulose في الغالب إلى خلات والمغذيات الرئيسية تأجيج الأيض النمل الأبيض (Odelson وBreznak ، 1983). ضمن هؤلاء السكان هي البكتيريا الجرثومية ، وميثان العتيقة ، في بعض النمل الأبيض ("خفض") ، البروتوزوا حقيقية النواة. وهكذا ، النمل الأبيض وتخضع البحوث الممتازة لدراسة التفاعلات بين الأنواع الجرثومية والكيميائية الحيوية وظائف عديدة أنها تؤدي إلى منفعة المضيفة لهم. وقد تم اكتشاف تركيبة السكان الأنواع الميكروبية في أمعاء النمل الأبيض وكذلك الجينات الرئيسية المشاركة في العمليات الحيوية المختلفة وذلك باستخدام التقنيات الجزيئية (كودو وآخرون ، 1998 ؛. شميت ، واجنر وآخرون ، 2003 ؛. Salmassi ويدبيتر ، 2003). هذه التقنيات تعتمد على استخراج وتنقية عالية الجودة الأحماض النووية من البيئة أمعاء النمل الأبيض. تقنية استخراج وصفها في هذا الفيديو هو عبارة عن تجميع معدلة من البروتوكولات التي وضعت لاستخراج وتنقية الأحماض النووية من العينات البيئية (مور وآخرون ، 1994 ؛. Berthelet وآخرون ، 1996 ؛. بوردي وآخرون ، 1996 ؛. Salmassi ويدبيتر ، 2003 ؛ Ottesen وآخرون 2006) ، وأنها تنتج من مادة الحمض النووي المعى المؤخر النمل الأبيض مناسبة للاستخدام كقالب لتفاعل البلمرة المتسلسل (PCR).
Protocol
Discussion
في تجربتنا ، الحمض النووي المستخرج من المجتمعات الميكروبية أنواع النمل الأبيض الخشب الثديية مثل nevadensis Zootermopis نقية بما فيه الكفاية لقالب PCR بعد جولة واحدة من استخراج وتنقية. ومع ذلك ، قد يكون بعض النمل الأبيض مثل التغذية وأنواع التربة القمامة الثديية لها تركيز أعلى من الأحماض ال?…
Materials
| Material Name | Type | Company | Catalogue Number | Comment |
|---|---|---|---|---|
| PVPP/SDS/phenol | Buffer | homogeneization buffer | ||
| DNeasy Tissue Kit | Kit | Qiagen | 77607 | Used according to the protocol for isolation of genomic DNA from crude lysates (Appendix H, product manual version: July 2003) |
| TE | Buffer | Sigma | T9285 | 1x buffer (1 mM Tris-HCl, 0.1 mM EDTA, pH 8.0) from 100x concentrate |
| zirconia/silica beads | Supplies | BioSpec Products | 11079101z | 0.1 mm |
| PVPP | Reagent | Sigma | P6755 | 1% w/v polyvinylpolypyrrolidone prepared from dry reagent as a 1x suspension in TE buffer |
| Zootermopsis nevadensis | Animal | Termites | ||
| SDS | Reagent | Sigma | L4390 | Sodium dodecyl sulfate 20% soln. in water from dry reagent |
| Phenol | Reagent | Sigma | 77607 | TE-saturated, ~73% |
| MiniBeadbeater-8 | Tool | BioSpec Products | 963 | |
| BSS | Buffered Salt Solution, pH 7.2 | Formulation per liter: 2.5 g K2HPO4, 1.0 g KH2PO4, 1.6 g KCl, 1.4 g NaCl, 0.075 g CaCl, 1 g MgCl, and 10 mL of a 1M soln. of NaHCO3 | ||
| AxioPlan-2 | Microscope | Carl Zeiss, Inc. USA | Outfitted with 40x objective, 1.6x optivar and 10x ocular lenses. Samples were viewed using phase contrast illumination |
References
- Berthelet, M., Whyte, L. G., Greer, C. W. Rapid, Direct Extraction of DNA from Soils for PCR Analysis using Polyvinylpolypyrrolidone Spin Columns. FEMS Microbiol. Lett. 138, 17-22 (1996).
- Kudo, T., Ohkuma, M., Moriya, S., Noda, S., Ohtoko, K. Molecular Phylogenetic Identification of the Intestinal Anaerobic Microbial Community in the Hindgut of the Termite, Reticulitermes Speratus, without Cultivation. Extremophiles. 2, 155-161 (1998).
- Moré, M. I., Herrick, J. B., Silva, M. C., Ghiorse, W. C., Madsen, E. L. Quantitative Cell Lysis of Indigenous Microorganisms and Rapid Extraction of Microbial DNA from Sediment. Appl. Environ. Microbiol. 60, 1572-1580 (1994).
- Odelson, D. A., Breznak, J. A. Volatile Fatty Acid Production by the Hindgut Microbiota of Xylophagous Termites. Appl. Environ. Microbiol. 45, 1602-1613 (1983).
- Ottesen, E. A., Hong, J. W., Quake, S. R., Leadbetter, J. R. Microfluidic Digital PCR Enables Multigene Analysis of individual Environmental Bacteria. Science. 314, 1464-1467 (2006).
- Purdy, K. J., Embley, T. M., Takii, S., Newdell, D. B. Rapid Extraction of DNA and rRNA from Sediments by a Novel Hydroxyapatite Spin-Column Method. Appl. Environ. Microbiol. 62, 3905-3907 (1996).
- Salmassi, T. M., Leadbetter, J. R. Analysis of Genes of Tetrahydrofolate-Dependent Metabolism from Cultivated Spirochaetes and the Gut Community of the Termite Zootermopsis Angusticollis. Microbiology. 149, 2529-2537 (2003).
- Schmitt-Wagner, D., Friedrich, M. W., Wagner, B., Brune, A. Phylogenetic Diversity, Abundance, and Axial Distribution of Bacteria in the Intestinal Tract of Two Soil-Feeding Termites (Cubitermes spp). Appl. Environ. Microbiol. 69, 6007-6017 (2003).
- Tsai, Y. L., Olson, B. H. Rapid Method for Separation of Bacterial DNA from Humic Substances in Sediments for Polymerase Chain Reaction. Appl. Environ. Microbiol. 58, 2292-2295 (1992).
