Fibröz Proteinler gerin ve Tedbir Roman Yerçekimi Kuvveti Spektrometresi kullanır gösterilmesi
Summary
Bu amaç, işletme ve roman yerçekimi kuvveti spektrometresi temsilcisi sonuçları gösteren bir adım adım kılavuz.
Abstract
Makromoleküler yapısının çalışmada, moleküler mekanizmaları ve fonksiyon aydınlatılması için kritik hale gelmiştir. Proteinlerin yapısal özellikleri kuvvet bağımlılığı test etme yeteneğine sahip, sınırlı, ama önemli birkaç bioinstruments vardır. Ölçeği araştırmacılar, nükleik asitler, enzimler ve yaşam sürdürme çalışma yapan motor protein molekülleri, nanomechanical dünyaya eş ne kadar doğru bir sınırlama parametre olmuştur. Atomik kuvvet mikroskobu (AFM), elektron mikroskobu ile eşit bir mesafe çözünürlüğü ile lifli proteinler doğal yapıları belirlemek için ayarlanmıştır. Ancak, AFM kuvvet çalışmaları, güçleri genellikle tek bir molekülün daha yüksek 1, 2 yaşayabilirsiniz. Optik tuzakları (OT), tuzağa boncuk arasındaki göreceli mesafeyi belirleyen çok iyi ve çok küçük kuvvetlerle 3 aktarabilir . Ancak, bu çalışma kapsamında moleküllerin doğru mutlak uzunluk vermeyecektir. Moleküler simülasyonlar, bu tür deneylere destekleyici bilgileri sağlar, ama aynı büyük moleküler boyutlarda, uzun zaman dilimlerini, sap ve destekleyen diğer kanıtlar 2, 4 yokluğunda bazı araştırmacılar, ikna yeteneği sınırlıdır.
Yerçekimi kuvveti spektrometresi (GDS) yeteneklerinin benzersiz bir kombinasyonu sunarak bir araştırmacının cephanelik kritik bir boşluğu doldurmaktadır. Bu cihaz genellikle% 98 veya daha yüksek doğruluk femtonewton aralığı nanonewton aralığı ile güçlerini üretme yeteneğine sahiptir. Mesafe ölçümleri şu anda aşağı beş nanometre ve hassas optik yakalamak için benzer bir göreceli boncuk çifti ayırma mesafeleri mutlak moleküler uzunluğu çözme yeteneğine sahiptir. Ayrıca, GFS germe veya kuvvet denge yakın olduğu uncoiling belirlemek veya ölçülen herhangi bir yapısal değişikliklere karşı yan yana getirmek kademeli güç sağlamak. Bu fizyolojik kuvvet yükleri 2 maddesi uyarınca olayları uncoiling kaç amino asit kalıntıları yer belirlemek için bile mümkün. GFS aksine, herhangi bir tahlil önce kapsamlı bir gücü kalibrasyon var, diğer yöntemler gibi kuvvet kalibrasyonu 5 gerektirir. Güçlü diğer yöntemleri tamamlayıcı olarak, GDS hayati proteinlerin ve diğer makromoleküllerin nanomekanik anlayış boşlukları arasında köprü olacak.
Protocol
Discussion
Dijital eşiklenir bir temsili bir film dönüştürürken, bu, video, her çerçeve içinde aynı bölgede korumak için eşiklenir bir görüntü için çok önemlidir. , Bir boncuk çifti boncuk birbirlerinden bağımsız hareket nedeniyle, eşiklenir alanlarda herhangi bir sürüklenme boncuk sentroidler arasındaki izafi mesafeleri önemli bir hata da sürüklenme ve tanıtmak için neden olabilir. Eşik alanı kontrol 5 nm 26 nm mesafe ölçümlerinde hata beş kat azalttı. Ayrıca, mesafe ve kuvvet değerleri ve…
Divulgations
The authors have nothing to disclose.
Acknowledgements
Bu malzeme, çalışma, Ulusal Bilim Vakfı Hibe No: 0842736 altında tarafından desteklenen dayanmaktadır.
Materials
| Material Name | Type | Company | Catalogue Number | Comment |
|---|---|---|---|---|
| 3-Aminopropyltriethoxysilane | Poly Sciences | 919-30-2 | ||
| Acetone | Fisher Scientific | A18P-4 | ||
| Pyridine | Sigma Aldrich | 110-86-1 | ||
| Glutaraldehyde | Fisher Scientific | G7776 | ||
| Glycine | Research Organics | BP381-1 | ||
| Tris | Sigma | 9682T | ||
| Sodium azide | Amresco | 71289 | ||
| BSA | Sigma Aldrich | AMR-0332-100G | ||
| NaCl | Sigma | S7653 | ||
| EDTA | MSI | E9884 | ||
| Nitrocellulose | Sigma | 60443 | ||
| N-N Dimethyl Formamide | Extracted from Large New | D4254 | ||
| Rabbit skeletal myosin II | Zealand White Rabbits (7-8) | NA | ||
| MF30 antibody (9-10) | Developmental Studies | MF30 | ||
| MF20 antibody (6) | Hybridoma Bank | MF20 | ||
| Lab microscope | Boreal | WW57905M00 | ||
| Equatorial mount | Celestron | CG-5 | ||
| Digital video cam | Sony | XCDV60 | ||
| Caliper release | Cabelas | IA-415482 | ||
| Compression spring | Jones Spring Co. | 723 | ||
| Extension spring | Jones Spring Co. | 770 | ||
| ImageJ | NIH | NA | ||
| Fire-i drivers & application | Unibrain | 3.80 | ||
| Excel | Microsoft | NA |
References
- Schwaiger, I., Sattler, C., Hostetter, D. R., Rief, M. The myosin coiled-coil is a truly elastic protein structure. Nat. Mater. 1, 232-235 (2002).
- Root, D. D., Yadavalli, V. M., Forbes, J. G., Wang, K. Coiled-coil nanomechanics and uncoiling and unfolding of the superhelix and alpha-helices of myosin. Biophysical Journal. 90, 2852-2866 (2006).
- Nishizaka, T., Miyata, H., Yoshikawa, H., Ishiwata, S., Kinosita, K. Unbinding force of a single motor molecule of muscle measured using optical tweezers. Nature. 377, 251-254 (1995).
- Gawalapu, R. K., Root, D. D. Fluorescence labeling and computational analysis of the strut of myosin’s 50 kDa cleft. Arch. Biochem. Biophys. 456, 102-111 (2006).
- Kellermayer, M. S. Z. Visualizing and manipulating individual protein. Molecules Physiol. Meas. 26, R119-R153 (2005).
- Shimizu, T., Dennis, J. E., Masaki, T., Fischman, D. A. Axial arrangement of the myosin rod in vertebrate thick filaments: immunoelectron microscopy with a monoclonal antibody to light meromyosin. J. Cell Biol. 101, 1115-1123 (1985).
- Godfrey, J. E., Harrington, W. F. Self-association in the myosin system at high ionic strength. I. Sensitivity of the interaction to pH and ionic environment. Biochimie. 9, 886-893 (1970).
- Root, D. D., Stewart, S., Xu, J. Dynamic docking of myosin and actin observed with resonance energy transfer. Biochimie. 41, 1786-1794 (2002).
- Xu, J., Root, D. D. Conformational Selection during Weak Binding at the Actin and Myosin Interface. Biophys. J. 79, 1498-1510 (2000).
- Sattin, B. D., Pelling, A. E., Goh, M. C. DNA base pair resolution by single molecule force spectroscopy. Nucleic Acids Res. 32, 4876-4883 (2004).
