Un protocole a été mis au point pour surmonter les difficultés liées à l'isolement et à la caractérisation de rares lymphocytes T spécifiques de pathogènes, tels que le papillomavirus humain (HPV), responsables d'infections localisées. Les étapes impliquées consistent à identifier la ou les régions des protéines du HPV contenant un ou plusieurs épitopes pour les lymphocytes T chez un sujet donné, à sélectionner les lymphocytes T spécifiques des peptides en se basant sur la sécrétion d'interféron-γ (IFN-γ), puis à cultiver et caractériser les clones de lymphocytes T (Fig. 1). Le sujet 1 était un patient récemment diagnostiqué avec une lésion intraépithéliale squameuse de haut grade par biopsie et ayant subi une conisation par boucle diathermique le jour même du prélèvement des lymphocytes T1. Une région des protéines E6 et E7 du papillomavirus humain de type 16 (HPV 16) contenant un épitope pour les lymphocytes T a été identifiée à l’aide d’un test ELISPOT (enzyme-linked immunospot) mesurant l’IFN-γ, réalisé avec des peptides synthétiques chevauchants (Fig. 2). Les données de ce test ont permis non seulement d’identifier une région contenant un épitope pour les lymphocytes T, mais aussi d’estimer le nombre de lymphocytes T spécifiques de cet épitope et de les isoler en fonction de leur sécrétion d’IFN-γ, à l’aide de billes magnétiques commerciales (kit d’isolement des lymphocytes T CD8, Miltenyi Biotec, Auburn CA). Les lymphocytes T sécrétant l’IFN-γ sélectionnés ont été dilués et cultivés individuellement en présence d’un mélange de cellules nourricières irradiées afin de favoriser la croissance d’un seul lymphocyte T par puits. Ces clones de lymphocytes T ont été criblés à l’aide d’un test ELISPOT mesurant l’IFN-γ, en présence de peptides recouvrant la région identifiée et de cellules B lymphoblastoïdes autologues transformées par le virus d’Epstein-Barr (LCLs, obtenues comme décrit par Walls et Crawford)2, afin de réduire au minimum le nombre de cellules nécessaires par clone. Plutôt que d’utiliser les 1 x 105 cellules par puits habituellement employées dans les tests ELISPOT1,3, seulement 1 000 cellules du clone de lymphocytes T en présence de 1 x 105 LCLs autologues ont été utilisées, réduisant ainsi de façon spectaculaire le nombre de cellules requises. Les LCLs autologues ont servi non seulement à présenter les antigènes peptidiques aux cellules du clone de lymphocytes T, mais aussi à maintenir une densité cellulaire élevée dans les puits, permettant aux cellules du clone spécifiques de l’épitope de sécréter l’IFN-γ. Ceci garantit la réussite du test ELISPOT mesurant l’IFN-γ. De manière similaire, des tests ELISPOT mesurant l’IFN-γ ont été utilisés pour caractériser la séquence peptidique minimale et optimale de l’épitope pour les lymphocytes T CD8 (HPV 16 E6 52-61 FAFRDLCIVY) ainsi que son élément de restriction de classe I du CMH (B58). Le test ELISPOT mesurant l’IFN-γ a également été réalisé en utilisant des LCLs autologues infectées par un virus vaccinia exprimant la protéine E6 ou E7 du HPV 16. Le résultat a démontré que l’épitope T du E6 était traité de façon endogène. La reconnaissance croisée de l’épitope T homologue d’autres types de HPV à haut risque a été mise en évidence. Cette méthode peut également être utilisée pour décrire des épitopes pour les lymphocytes T CD44.