Tek Virüs Genomik (SVG) tek Virons en genom izole etmek ve yükseltmek için bir yöntemdir. Karışık malzeme grubuyla viral süspansiyonları böylece virion yakalama ve alt işleme sırasında genom kesme azaltarak, agaroz içeren ayrık kuyu ile bir mikroskop lamı üzerine akım sitometri kullanılarak sıralanır. Tüm genom amplifikasyonu sekanslama için uygun olan genomik malzeme ile sonuçlanan birden fazla yer değiştirme amplifikasyonu (MDA) kullanılarak elde edilir.
Tek mikrobiyal hücrelerin tüm genom amplifikasyon ve sıralama ekimi 1-3 en gerek kalmadan genomik karakterizasyonu sağlar. Her yerde ve gezegenimizin 4 üzerindeki en çok sayıda varlıklar ve tüm ortamlarda 5 içinde önemli olan Virüsler,, benzer yaklaşımlar yoluyla ortaya çıkmak için henüz. Burada 'Tek Kişilik Virüs Genomik' (SVG) adı verilen tek virionlar genom izole ve karakterize için bir yaklaşım tarif. SVG daha sonraki dizi analizi reaksiyonlar otelinin ikinci el kullanılabilen, yüksek molekül ağırlığı genomik DNA (gDNA) elde etmek üzere tek tek virüs ve Bütün Genom Dizileme Sistemi amplifikasyon izole etmek için akım sitometri kullanır.
SVG yaklaşımlar uygularken önemli bir dizi faktör dikkate alınmalıdır. Genotipleme, proof-of-concept deney 13 sırasında yapılan gibi, korunmuş astarlar tüm viral gruplarında mevcut değildir gibi çevresel veya bilinmeyen izolatların için geçerli bir seçenek değil. Ayrıca, arka plan DNA sentezi ya da spesifik olmayan amplifikasyon sık MDA reaksiyon 14 kullanılarak amplifikasyon sırasında bildirilir. Spesifik olmayan amplifikasyon reaksiyonu reaktif maddeler ve / veya reaksiyo…
The authors have nothing to disclose.
Biz yazının hazırlık süreci boyunca onun fikir ve tavsiye için Ken Nealson teşekkür etmek istiyorum.
Material Name | Company | Catalogue Number | Comments |
1X TE buffer | Invitrogen | 12090-015 | |
Buffer-saturated Phenol | Invitrogen | 15513-039 | |
GenomiPhi HY kit | GE Healthcare | 25-6600-22 | |
Glycoblue | Invitrogen | AM9516 | 15 mg/ml |
LMP agarose | Invitrogen | 16520100 | |
PTFE microscope slide | Electron Microscopy Sciences | 63430-04 | 24 well, 4 mm Diameter |
SybrGreen | Invitrogen | S7585 | 10,000X |
β-agarase | New England Biolabs | M0392S |