C. elegans Acompanhamento e Medição do Comportamento
Summary
Temos desenvolvido um vídeo taxa de sistema de microscópio de rastreamento que pode gravar e quantificar<em> C. elegans</em> Comportamento de alta resolução e de alta velocidade. Também desenvolvemos métodos computacionais para reduzir a dimensionalidade das imagens sem-fim de um conjunto básico de medições que descrevem completamente a forma do sem-fim.
Abstract
Nós desenvolvemos técnicas de análise de instrumentação, processamento de imagem e os dados para quantificar o comportamento locomotor de C. elegans, uma vez que rastreia na superfície de uma placa de agar. Para o estudo da base genética, bioquímica, e neuronal de comportamento, C. elegans é um organismo ideal porque é geneticamente tratável, passível de microscopia, e mostra uma série de comportamentos complexos, incluindo táxis, aprendizagem, e 1,2 interação social. Análise comportamental, baseada em acompanhar os movimentos de vermes como eles rastejar sobre placas de agar foram particularmente úteis no estudo do comportamento sensorial 3, 4 locomoção, e fenotipagem geral mutacional 5. O nosso sistema funciona movendo o sistema de câmara de iluminação e como os vermes se arrasta em uma placa de agar estacionário, o que assegura que não haverá estímulo mecânico é transmitido para o sem-fim. O nosso sistema de rastreio é fácil de utilizar e inclui uma característica de calibração semi-automático. Um challenge de todos os sistemas de seguimento de vídeo é que gera uma quantidade enorme de dados que é intrinsecamente elevado dimensional. Nossa programas de processamento de imagem e análise de dados lidar com este desafio, reduzindo a forma vermes em um conjunto de componentes independentes, os quais de forma abrangente reconstruir o comportamento vermes como uma função de apenas 3-4 dimensões 6,7. Como um exemplo do processo mostra-se que o vírus entra e sai do seu estado de inversão de fase de uma forma específica.
Protocol
Representative Results
Discussion
O estudo da locomoção e comportamento natural requer técnicas não-invasivas de rastreamento em parceria com técnicas de redução de dados. Aqui demonstramos um fácil de usar sistema de rastreamento que registra imagens detalhadas de C. elegans comportamento, uma vez que se arrasta na superfície de uma placa de agar. A quantidade de informação contida nestas imagens é vasto e de alta-dimensional, e por isso também têm desenvolvido métodos para reduzir a dimensionalidade dos dados em apenas quatro m…
Divulgations
The authors have nothing to disclose.
Materials
| Name of the part | Company | Catalogue number | Comments (optional) |
| CCD camera | Basler | A601f | |
| Lens | Edmund Optics | MMS series | |
| Fiber Illumination | Dolan Jenner | DC-950H | |
| Translation stage | Deltron | LS3-4 | |
| Stepper Motor | US digital | MS23C | |
| Stepper motor drive | Gecko | G201 | |
| Stepper motor control | SimpleStep | SSXYZ | |
| All programming code is available. Please send a request email to the corresponding author. |
References
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