从环境中自然产生的趋磁细菌的采集，分离和富集
Summary
我们展示了一个方法，可以应用到天然水域中收集的趋磁细菌（MTB）。 MTB可以从沉积物样品，用一个相对简单的设置，利用细菌的天然磁分离和富集。隔离MTB然后可以同时使用光学和电子显微镜详细检查。
Abstract
趋磁细菌（MTB）的水生微生物，特别是在美国马萨诸塞州的盐沼的沉积物样品于1975年1。自那时起已发现的MTB分层水和沉积物列来自世界各地的2。是，它们含有磁小，这是磁铁矿的细胞内，膜-结合的磁性纳米晶体铁（Fe 3 O 4）和/或胶黄铁矿铁（Fe 3 S 4），或两者3，4的一个共同特征的所有MTB。在北半球，MTB通常吸引到南端的一个条形磁铁，而在南半球，他们通常会吸引到北端的磁铁3,5。可以利用此属性时，试图从环境样品中分离出MTB。
丰富MTB的最常用的方法之一是使用一个透明的塑料容器收集沉淀物和水的天然来源，如一个淡水池。在北半球，南端的一个条形磁铁放在对外部的容器上面的泥沙沉积物 – 水界面。一段时间后，细菌可以从附近的容器的内部，用移液管的磁铁，然后通过使用毛细管赛马场6和磁体进一步丰富。一旦丰富，细菌可以被置于显微镜载片上，使用悬滴法，并在光学显微镜下观察到的，或沉积到铜网格，使用透射型电子显微镜（TEM）观测。
使用这种方法，被隔离MTB可以研究微观特性来确定，例如游泳行为，鞭毛，细胞形态的细胞，磁性的结晶形状，磁数，在每个单元格中的磁链数，组合物的类型和数量的的nanomineral结晶体，与细胞内空泡的存在。
Protocol
Representative Results
Discussion
趋磁细菌不一定在每一个水生环境，但是当他们这样做时，他们可以找到为100 – 1000细胞每毫升2。为了观察到的的MTB使用光学显微镜，你将需要大约50个细菌/ ml在您的样品8。如果没有或很少MTB在你的样品，然后你需要选择一个新的环境网站收集您的样品或你需要尝试的一个或多个在下一节中讨论的技术。
首先，你应该尝试从环境中收集更多的泥沙用一个大塑?…
Divulgations
The authors have nothing to disclose.
Acknowledgements
这项工作是支持由美国国家科学基金会（EAR-0920299，EAR-0745808），美国国家科学基金会东亚和太平洋夏季研究院，美国地质学会的研究资助计划和校友资助研究生研究奖学金补助从美国俄亥俄州立大学。我们要感谢编辑和两位匿名审稿人提出宝贵修改意见。
Materials
| Item Name | Company | Catalogue number | Comments (optional) |
| Glass slides | Fisher Scientific | S95933 | |
| Glass Pasteur pipets | Fisher Scientific | 13-678-6A | |
| O-ring | Hardware store | ||
| Cover slips | Fisher Scientific | 12-542B | |
| Bar magnet | Fisher Scientific | S95957 | |
| Container | Any | Any plastic or glass container that can hold at least 0.5 L and can be sealed | |
| Cotton | Any | ||
| Microscope with 60X dry lens | Zeiss | A 60X dry lens is not absolutely necessary, but this gives a high NA without using oil | |
| Diamond pen | Fisher Scientific | 08-675 | |
| 0.22 mm filter | Fisher Scientific | 09-719C | |
| 1 ml syringe | Fisher Scientific | NC9788564 | |
| Microcentrifuge tubes | Fisher Scientific | 02-681-320 | |
| Formvar/Carbon 200 mesh, copper grids | Ted Pella Inc. | 01800 | |
| Uranyl acetate | Ted Pella Inc. | 19481 | |
| Tecnai Spirit TEM | FEI | ||
| Tecnai F20 S/TEM | FEI |
References
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