2012: A Year In Review

Summary

Her er en titt på noen av de viktigste milepælene og høydepunkter av året 2012 i Journal of visualisert Experiments (Jove).

Abstract

Here’s a look at some of the milestones and highlights of the year 2012 in Journal of Visualized Experiments (JoVE).

At the start of 2012, JoVE reached a major milestone by publishing our 1500th article. In this publication, in JoVE Bioengineering, Yu et al. described a method for analyzing the free radical composition of cigarette smoke. This method simulated cigarette puffing with a single-port smoking device, and combined it with electron spin resonance (ESR) spectroscopy to measure the degree to which antioxidant compounds can scavenge free radicals in cigarette smoke. A possible outcome of this research is the creation of less harmful cigarettes.

JoVE Bioengineering also contained the most-viewed article of 2012. Owczarczak et al. described a method for hacking a standard inkjet printer, loading ink cartridges with a cell-suspension “bioink,” and printing lines of live cells onto glass slides. The thermal inkjet printing process creates temporary pores in the cell membrane, visualized by the incorporation of fluorescently labeled actin monomers. This concept, called “bioprinting,” has many potential applications in cell and tissue engineering.

Also in 2012, JoVE Bioengineering featured a protocol by Hsia et al. for isolating and purifying spider silk protein, spinning it into fibers, and assessing the fiber strength. This protocol for laboratory-scale production of spider silk, which is stronger than tensile steel, can potentially be extended to large-scale manufacturing.

In JoVE Clinical and Translational Medicine, we featured a number of articles related to stroke, one of which. In one article, Möbius-Winkler et al. demonstrated placement of the WATCHMAN left atrial appendage occlusion device from Boston Scientific. This device is designed to prevent strokes by trapping clots within the left atrial appendage of the heart before they exit. Our authors demonstrated how to insert the guide wire through the femoral artery into the heart, advance the device into the left atrium, and deploy the device in the left atrial appendage.

Another article focused on stroke, Hamel et al. described the use of a driving simulator to study how patients compensate for visual field defects following stroke. By analyzing the compensatory gaze behavior of patients as they navigated through virtual driving courses with varying degrees of complexity, our authors see great potential for the use of driving simulators in stroke rehabilitation.

In JoVE Immunology and Infection, we published an article by Keyel et al. describing the real-time kinetics of immune cell responses to bacterial toxins using live cell microscopy. Combined with high-speed 3D confocal microscopy, this technique can also visualize the cellular repair response.

Also in JoVE Immunology and Infection, we featured an article by Yap et al. describing methods for diagnosing helminth infections in children. Helminths are parasitic worms that can infect the intestinal tract of humans and animals, and may be distinguished based on their morphology. The same article demonstrated how to measure the impact of helminth infections on physical fitness in children, which is a measure of overall health.

In JoVE Neuroscience, we featured a method by Hoffmann et al., who used tiny headphones to alter the auditory feedback in songbirds, and analyzed the computational and neurophysiological basis of vocal learning in birds when they adjust their singing in response to altered acoustic signals.

Also in JoVE Neuroscience, we moved from birds to bees with a method that assesses associative and non-associative tactile learning in honeybees. This method, by Mujagić et al., allowed bees to scan different metal surfaces with their antennae, then conditioned them to expect sugar water when their antennae touched particular surfaces, and analyzed the corresponding changes in antennal movement.

In 2012, we launched a brand-new section: JoVE Applied Physics, which features articles on subjects ranging from plasma physics to material science. The Applied Physics section also contained JoVE’s 2000th video article, filmed in a synchrotron radiation facility, where Borisenko et al. showed how to determine the electronic structure of complex materials using angle-resolved photoemission spectroscopy.

In the JoVE General section, we published an article by Artioli et al. demonstrating the use of a portable gas analyzer to measure oxygen consumption during complex exercise – such as judo. By analyzing oxygen consumption and collecting blood for measuring plasma lactate concentration, this method can determine the relative contributions of different energy systems to specific aspects of complex exercise.

Finally, JoVE followed Dolhi et al. to a permanently ice-covered saline lake in Antarctica. There, scientists drilled through the ice to study single-celled microorganisms called protists that live in the harsh conditions of Antarctica.

This Year in Review was just a brief glimpse of a few of over 600 video articles that JoVE offered in 2012. Browse the JoVE archives to see thousands of other videos, and stay tuned for what’s coming up this year in JoVE: The Journal of Visualized Experiments.

Protocol

En protokoll for å oppdage og scavenging Gass-fase frie radikaler i Mainstream sigarettrøyk Long-Xi en Yu, Boris G. 2 Dzikovski, Jack H. 3 Freed, 2 1 CDCF-AOX Lab, 2 National Biomedisinsk Senter for Avansert ESR Technology (ACERT), Institutt for kjemi og kjemisk biologi, Cornell University, 3 ACERT Forskning, Center Institutt for kjemi og kjemisk biologi, Baker Laboratory, Cornell University Spin-fangst ESR spektroskopi ble brukt til å studere effekten av anlegget antioksidanter lycopene, Pycnogenol og druefrøekstrakt på scavenging gass-fase frie radikaler i sigarettrøyk. Vekteren Venstre Atrial vedheng Closure Device for atrieflimmer Sven Möbius-Winkler, Marcus Sandri, Norman Mangner, Phillip Lurz, Ingo Dähnert, Gerhard Schuler Universitetet i Leipzig Heart Center Den medfølgende video beskriver en prosedyre for perkutan plassering av WATCHMAN Venstre atrial vedheng (LAA) enhet. Vaktmann er en Nitinol enhet konstruert for å være permanent implantert i eller rett distalt, åpningen av den venstre atrial vedheng (LAA) å felle blodpropp før de kommer ut av LAA, forebygge tromboembolisk slag. Bestemme bidraget fra Energy Systems Under trening Guilherme G. 1 Artioli, Romulo C. 2 Bertuzzi, Hamilton Roschel 1, 3, Sandro H. 1 Mendes, Antonio H. Lancha en Jr, Emerson Franchini 4 1 Laboratory of Applied Nutrition, School of Physical Education and Sport, University of Sao Paulo, 2 Aerobic Performance Research Group, School of Physical Education and Sport, University of Sao Paulo, 3 Laboratorium for Neuromuskulære Tilpasninger til Strength Training, School of Physical Education and Sport, University of Sao Paulo, 4 Martial Arts og Combat Sport Research Group, School of Physical Education and Sport, Universitetet i Sao Paulo Denne protokollen tillater forskerne fokusert på trening og idrett vitenskap å bestemme den relative bidraget av tre forskjellige energisystemer til den totale energiforbruk under et stort utvalg av øvelser. Etablering av mikrobiell Eukaryote berikelse kulturer fra en kjemisk Stratifisert Antarktis Lake og vurdering av Carbon Fiksering Potential Jenna M. Dolhi, Nicholas Ketchum, Rachael M. Morgan-Kiss Institutt for mikrobiologi, Miami University Mikrobielle eukaryoter er både en kilde til photosynthetically-avledet karbon og topp rov arter i permanent islagte Antarktis innsjøer. Denne rapporten beskriver en berikelse kultur tilnærming for å isolere metabolsk allsidige mikrobielle eukaryoter fra Antarktis innsjø, Lake Bonney, og vurderer uorganisk karbon fiksering potensial ved hjelp av en radioisotop analysen for ribulose-bifosfatase-karboksylase/oksygenase-proteinet-1 ,5-bisphophate carboxylase oksygenase (RubisCO) aktivitet. Syntetisk Spider Silk Produksjonen på en laboratorieskala Yang Hsia, Eric Gnesa, Ryan Pacheco, Kristin Kohler, Felicia Jeffery, Craig Vierra Institutt for biologi, Universitetet i Stillehavet Til tross for de utmerkede mekaniske og biokjemiske egenskaper av edderkopp silke, kan dette materialet ikke blir høstet i store mengder ved hjelp av konvensjonelle midler. Her har vi descRibe en effektiv strategi for å spinne kunstige edderkopp silke fiber, som er en viktig prosess for etterforskerne studerer edderkopp silke produksjon og deres bruk som neste generasjons biomaterialer. Bestemme Soil-overført helminth smittestatus og fysisk form for skolebarn Peiling 1 Yap, 2, Thomas 1 Fürst, 2, Ivan Müller 1, 2, Susi Kriemler 1, 2, Jürg Utzinger 1, 2, Peter Steinmann 1, 2 1 Institutt for epidemiologi og folkehelse, sveitsiske Tropical og Public Health Institute, Basel, Sveits, 2 University of Basel, Basel, Sveits Kronisk infeksjon med jord-overførbare helminths (STHs) fører malabsorpsjon, stunting, og sløse i det voksende barnet. Derfor er det sannsynlig at disse infeksjonene også redusere Physical egnethet av barn. Her visualiserer vi to teknikker for diagnostisering av STHs og 20-meter shuttle run test for å vurdere barns fysiske form. Kjøring Simulering i Clinic: Testing Visual utforskende oppførsel i dagliglivet Aktiviteter hos pasienter med Synsfeltinnskrenkninger Johanna en Hamel, 2, Antje Kraft 1, Sven Ohl 3, Sophie De en Beukelaer, Heinrich J. en Audebert, 2, Stephan A. Brandt 1 1 Nevrologisk avdeling, Universitätsmedizin Charité, 2 Senter for Stroke forskning Berlin (CSB), Universitätsmedizin Charité, 3 Berlin School of Mind and Brain, Humboldt Universität zu Berlin Pasienter med visuelle underskudd etter hjerneslag rapport om ulike begrensninger i dagliglivet mest sannsynlig på grunn av variabelkompenserende strategier, som er vanskelig å skille i klinisk rutine. Vi presenterer en klinisk set-up som tillater måling av ulike kompenserende hode-og øye-bevegelse-strategier og evaluere deres virkninger på kjøreegenskapene. Visualisering av bakteriell Toxin Utførte Responses ved hjelp av Live Cell fluorescensmikroskopi Peter A. 1 Keyel, Michelle E. en Heid, Simon C. 2 Watkins, Russell D. Salter en 1 Institutt for immunologi, University of Pittsburgh School of Medicine, 2 Institutt for cellebiologi og fysiologi, Universitetet i Pittsburgh School of Medicine Metoder for å rense kolesterol bindende toksin streptolysin O fra rekombinant E. coli og visualisering av toksin binding til leve eukaryote celler er beskrevet. Lokalisert levering av toksin induces raske og komplekse endringene i målrettede celler avslører nye sider ved toksin biologi. Vinkel-løst photoemission Spectroscopy At Ultra-lave temperaturer Sergey V. Borisenko 1, Volodymyr B. 1 Zabolotnyy, Alexander A. 1 Kordyuk, 2, Danil V. Evtushinsky 1, Timur K. Kim 1, 3, Emanuela Carleschi 4, Bryan P. Doyle 4, Rosalba Fittipaldi 5, Mario Cuoco 5, Antonio 5 Vecchione, Helmut Berger 6 1 Institutt for Solid State Research, IFW-Dresden, 2 Institutt for Metal Physics of National Academy of Sciences of Ukraine, 3 Diamond Light Source LTD, 4 Institutt for fysikk, Universitetet i Johannesburg, 5 CNR-SPINN, og Dipartimento di Fisica "ER Caianiello ", Università di Salerno, 6 Institute ofFysikk Complex Matter, École Polytechnique Federale de Lausanne Det overordnede målet med denne metoden er å bestemme lavenergi elektronisk struktur av faste stoffer ved svært lave temperaturer ved hjelp av Vinkel-Løst photoemission spektroskopi med synkrotronstråling. En lett, hodetelefoner-basert system for å manipulere Auditiv tilbakemelding i Songbirds Lukas A. 1 Hoffmann, 2, Conor W. 1 Kelly, 3, David A. 1 Nicholson, 2, Samuel J. Sober en 1 Institutt for biologi, Emory University, 2 Neuroscience Graduate Program, Emory University, 3 Program i nevrovitenskap og Behavioral Biology, Emory University Vi beskriver prosjektering og montering av miniatyriserte hodetelefoner egnet til å erstatte en sangfugl naturlige auditiv tilbakemeldingmed en manipulert akustisk signal. Online lydbehandling hardware brukes til å manipulere sang utgang, innføre real-time feil i auditiv tilbakemelding via hodetelefonene, og kjøre vokal motorisk læring. Tactile Conditioning and Movement Analysis Of antennal Prøvetaking strategier i Honey Bees (Apis mellifera L.) Samir Mujagić, Simon Michael Würth, Sven Hellbach, Volker Dürr Biologiske kybernetikk, CITEC – Kognitiv Interaction Technology – Center of Excellence, Bielefeld Universitetet I denne protokollen viser vi hvordan du tilstand utnyttet honningbier til taktile stimuli og innføre en 2D motion capture teknikk for å analysere kinematikken i fin-skala antennal sampling mønster.