Multiplex fluorescente Microarray per salivare umana Protein Analysis Utilizzando polimerici Microsfere e fasci di fibre ottiche
Summary
Descriviamo una procedura per la profilatura proteine salivari utilizzo di matrici di anticorpi a base di microsfere-multiplex. Gli anticorpi monoclonali sono stati legati covalentemente a colorante fluorescente con codifica 4.5 micron microsfere polimeriche utilizzando la chimica carbodiimmide. Le microsfere modificati sono stati depositati in pozzetti in fibra ottica per misurare i livelli di proteine nella saliva mediante saggi immunologici panino fluorescenza.
Abstract
Qui, si descrive un protocollo per misurare simultaneamente sei proteine nella saliva utilizzando una matrice anticorpo basato microsfere fibra ottica. La tecnologia immuno-array impiegato unisce i vantaggi di base microsfere sospensione matrice fabbricazione con l'uso della microscopia a fluorescenza. Come descritto nel protocollo video, disponibili in commercio microsfere polimeriche 4,5 micron sono stati codificati in sette tipi diversi, differenziati per la concentrazione di due coloranti fluorescenti fisicamente intrappolati all'interno delle microsfere. Le microsfere codificati contenenti gruppi carbossilici superficiali sono stati modificati con anticorpi monoclonali di cattura attraverso EDC / NHS chimica di accoppiamento. Per assemblare il microarray di proteine, i diversi tipi di microsfere codificati e funzionalizzati sono stati mescolati e depositati in modo casuale in 4,5 micron pozzetti, che sono state incise chimicamente in corrispondenza dell'estremità prossimale di un fascio di fibre ottiche. Il fascio di fibre ottiche è stato utilizzato sia come vettore per l'imaging e la microspheres. Una volta assemblato, il microarray è stata utilizzata per catturare proteine nel supernatante saliva raccolti dalla clinica. Il rilevamento è basata su un immunodosaggio a sandwich utilizzando una miscela di anticorpi biotinilati rilevamento per diversi analiti con una sonda fluorescente streptavidina coniugata, R-ficoeritrina. Il microarray è stato ripreso al microscopio a fluorescenza in tre diversi canali, due per la registrazione microsfere e uno per il segnale di test. Le micrografie fluorescenza sono stati poi decodificati e analizzati utilizzando un algoritmo in casa in MATLAB.
Introduction
Dal primo microarray riportato da Mark Schena e colleghi nella metà degli anni 1990, questo potente strumento è stato utilizzato in molti campi della ricerca biologica 1. Microarray anticorpo in grado di rilevare simultaneamente molteplici proteine nei fluidi diagnostici, come il sangue, hanno importanti applicazioni in diagnostica clinica e biomarker di screening 2-10. Saliva, che contiene molti degli stessi analiti come sangue, è stato considerato come un'alternativa preferibile al sangue poiché la raccolta saliva è sicuro, non invasivo, e può essere effettuata da minimamente addestrato personale medico 11-13. Attualmente, l'analisi delle proteine multiplex utilizzando campioni di saliva è limitata da diversi fattori importanti, tra cui la bassa concentrazione di analita bersaglio 14 e l'ampia gamma di concentrazione di diversi biomarker 15.
.Qui, dimostriamo l'analisi di sei proteine: fattore di crescita vascolare endoteliale umana (VEGF), proteina interferone gamma-indotta 10 (IP-10), interleuchina-8 (IL-8), fattore di crescita epidermico (EGF), metallopeptidasi matrice 9 (MMP-9), interleuchina-1 beta (IL-1β) . Le prestazioni del metodo è stata inizialmente verificata utilizzando soluzioni standard costituendo proteine ricombinanti analiti e tampone di bloccaggio. Campioni di saliva reali raccolti dai pazienti di diverse malattie respiratorie croniche nonché controlli sani sono stati anche testati con prestazioni soddisfacenti. Il protocollo dovrebbe essere applicabile ad altri analiti proteici e altri saggi a base di microsfere. Questa piattaforma offre notevoli vantaggi nel campo Analytical Chemistry quanto consente rapido, preciso e riproducibile analisi simultanea di basse concentrazioni di diverse proteine con un'ampia gamma dinamica, minime interazioni non specifiche, consumi campione ridotto e basso costo rispetto ad un analogo immunoenzimatici Assay (ELISA).
Protocol
Representative Results
Discussion
I ricercatori dovrebbero prestare particolare attenzione alle seguenti passi: per una migliore precisione di decodifica, è necessario verificare le microsfere sono omogeneamente sospesi in tutta incubazione e lavare passaggi durante la procedura di codifica microsfere. Inoltre, le microsfere codificati devono essere protetti dalla luce durante l'intero esperimento. Dopo le procedure di codifica e di conservazione appropriate, abbiamo scoperto che la precisione complessiva decodifica era al di sopra del 99%. Le micr…
Divulgations
The authors have nothing to disclose.
Acknowledgements
Questo lavoro è stato sostenuto dal National Institutes of Health (sovvenzioni 08UDE017788-05). EBP riconosce anche il sostegno della Fondazione spagnola per la Scienza e la Tecnologia (FECYT). Gli autori ringraziano Shonda T. Gaylord e Pratyusha Mogalisetti per la lettura critica del manoscritto.
Materials
| Name of Reagent | Company | Catalog Number | Comments |
| Eu-TTA dye | Fisher Scientific | AC42319-0010 | |
| THF | Sigma-Aldrich | 34865-100ML | |
| Amber glass vial | Fisher Scientific | 03-339-23B | |
| Coumarin 30 dye | Sigma-Aldrich | 546127-100MG | |
| Microspheres | Bangslabs | PC05N/6698 | |
| 1.5 ml microcentrifuge tubes | Fisher Scientific | 05-408-129 | |
| PBS 10x concentrate | Sigma-Aldrich | P5493-1L | |
| Water | Sigma-Aldrich | W4502-1L | |
| Methanol | Sigma-Aldrich | 34860-100ML | |
| Tw-20 | Sigma-Aldrich | P7949-100 ml | |
| BupH MES buffered saline | Thermo Scientific | 28390 | |
| SDS | Sigma-Aldrich | 05030-500ML-F | |
| NaOH solution | Fisher Scientific | SS256-500 | |
| Safe-lock microcentrifuge tube | VWR labshop | 53511-997 | |
| EDC | Thermo Scientific | 22980 | |
| Sulfo-NHS | Thermo Scientific | 24510 | |
| Human VEGF capture antibody | R&D Systems | MAB293 | |
| Human IP-10 capture antibody | R&D Systems | MAB266 | |
| Human IL-8 capture antibody | R&D Systems | MAB208 | |
| Human EGF capture antibody | R&D Systems | MAB636 | |
| Human MMP-9 capture antibody | R&D Systems | MAB936 | |
| Human IL-1β capture antibody | R&D Systems | MAB601 | |
| Mouse IgG1 isotype control antibody | R&D Systems | MAB002 | |
| StartingBlock (TBS) buffer | Thermo Scientific | 37542 | |
| HCl standard solution 1.0 N | Sigma-Aldrich | 318949-500 ml | |
| 0.5 ml microcentrifuge tubes | Fisher Scientific | 05-408-120 | |
| Protein-free (PBS) buffer | Thermo Scientific | 37572 | |
| Recombinant human VEGF 165 | R&D Systems | 293-VE | |
| Recombinant human IP-10 | R&D Systems | 266-IP | |
| Recombinant human IL-8 | R&D Systems | 208-IL | |
| Recombinant human EGF | R&D Systems | 236-EG | |
| Recombinant human MMP-9 | R&D Systems | 911-MP | |
| Recombinant human IL-1β | R&D Systems | 201-LB | |
| StartingBlock T20 (PBS) buffer | Thermo Scientific | 37539 | |
| Blocker BSA in PBS | Thermo Scientific | 37525 | |
| Biotinylated VEGF detection antibody | R&D Systems | BAF293 | |
| Biotinylated IP-10 detection antibody | R&D Systems | BAF266 | |
| Biotinylated IL-8 detection antibody | R&D Systems | BAF208 | |
| Biotinylated EGF detection antibody | R&D Systems | BAF236 | |
| Biotinylated MMP-9 detection antibody | R&D Systems | BAF911 | |
| Biotinylated IL-1β detection antibody | R&D Systems | BAF201 | |
| Streptavidin, R-phycoerythrin | Invitrogen | S-21388 | |
| Ethanol (200 proof) | Sigma-Aldrich | E7023-500ML |
References
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