Dieses Papier zeigt eine einzigartige Methodik auf der Fernbetätigung in einem bakteriellen Biofilm und die Entwicklung von speziellen magnetischen Pinzette, um in-situ-Messung der lokalen mechanischen Eigenschaften des Komplexes lebendiges Material durch Mikroorganismen an Grenzflächen gebaut ausgesät magnetischen Partikeln.
Bakterielle Adhäsion und das Wachstum von Schnittstellen führen zur Bildung von dreidimensionalen heterogenen Strukturen sogenannten Biofilmen. Die Zellen Wohnung in diesen Strukturen werden durch physikalische Wechselwirkungen von einem Netzwerk von extrazellulären polymeren Substanzen vermittelte zusammengehalten. Bakterielle Biofilme Einflüsse auf viele Aktivitäten des Menschen und das Verständnis ihrer Eigenschaften ist entscheidend für eine bessere Kontrolle über ihre Entwicklung – Wartung oder Tilgung – in Abhängigkeit von ihrer negativen oder wirtschaftlichen Ergebnis. Dieses Dokument beschreibt ein neues Verfahren mit dem Ziel, in situ Messung der lokalen physikalischen Eigenschaften des Biofilms war, bis jetzt untersuchten nur aus einem homogenen Material und makroskopischen Perspektive. Das hier beschriebene Experiment beinhaltet die Einführung magnetischen Teilchen in einen wachsenden Biofilm zu lokalen Sonden, die aus der Ferne, ohne die strukturellen Eigenschaften des Biofilms zu stören betätigbaren Samen. Dedicated magnetischen Pinzette waren Entwickelt, um eine definierte Kraft auf jedes Teilchen im Biofilm eingebettet auszuüben. Das Setup ist auf der Bühne eines Mikroskops montiert, um die Aufnahme von Zeitraffer-Aufnahmen der Partikel-Ziehen Zeitraum zu ermöglichen. Die Trajektorien werden dann von der Ziehsequenz extrahiert und die lokalen viskoelastischen Parameter von jedem Teilchen-Kurve abgeleitet, wodurch die 3D-räumliche Verteilung der Parameter. Einblicke in den Biofilm mechanischen Profil ist wichtig, aus der Sicht eines Ingenieurs für Biofilm-Kontrolle, sondern auch aus fundamentaler Sicht, um die Beziehung zwischen den architektonischen Eigenschaften und der spezifischen Biologie dieser Strukturen zu klären.
Bakterielle Biofilme sind Gemeinschaften von Bakterien, die mit biologischen oder künstlichen Oberflächen 1-3 verbunden. Sie sind durch eine Haftwachstumsmechanismus gekoppelt mit der Herstellung von Polysaccharid-reichen extrazellulären Matrix, schützt und stabilisiert das Gebäude 4,5. Diese Biofilme sind nicht nur passive Assemblagen von Zellen an Oberflächen stecken, aber organisiert und dynamische, komplexe biologische Systeme. Wenn Bakterien wechseln von planktonischen, um die Biofilm Lebensstil, sind Veränderungen in der Genexpression und Zellphysiologie und beobachtet, wie erhöhte Resistenz gegen antimikrobielle Mittel und Gastgeber Immunabwehr als der Ursprung von vielen persistenten und chronischen Infektionen 6. Allerdings ist die kontrollierte Entwicklung dieser lebenden Strukturen bieten auch Chancen für Industrie-und Umweltanwendungen, wie Sanierung von Altlasten, Bio-Filtration von Brauchwasser oder die Bildung von Bio-Barrieren für Boden und Grundwasser aus Contamin schützenation.
Während spezifische Biofilm Lebens molekularen Eigenschaften werden zunehmend beschrieben, sind die Mechanismen, die die Entwicklung der Gemeinschaft und Ausdauer unklar. Mit den jüngsten Fortschritten auf mikro-elektrochemischen Messungen unter Verwendung von Scanning-oder Fluoreszenzmikroskopie sind diese lebenden Organisationen wurde gezeigt, weisen erhebliche strukturelle, chemische und biologische Heterogenität 7. Doch bis jetzt Biofilmmechanik wurden hauptsächlich makroskopisch untersucht. Zum Beispiel Beobachtung von Biofilm Schlangen Verformung aufgrund von Variationen in Fluidströmungsraten 8,9, uniaxiale Kompression der Biofilm Stücke heben von Agar-Medium gezüchtet oder auf der Hülle gleitet, 10,11, Scherung von Biofilm aus der Umgebung aufgefangen und dann in einen parallel übertragen Platte-Rheometer 12,13, Atomkraftspektroskopie mit einer Glasperle und beschichtet mit einer bakteriellen Biofilm zu einer AFM-Cantilever 14 oder einem dedizierten MICR befestigtocantilever Verfahren zur Messung der Zugfestigkeit von Biofilm abgelöst 15,16 Fragmente wurden in den letzten zehn Jahren umgesetzt worden, die nützliche Informationen über die viskoelastischen Eigenschaften des Materials 17. Jedoch ist es wahrscheinlich, dass die Informationen über in situ Biofilm mechanischen Eigenschaften gehen verloren, wenn das Material aus seiner nativen Umgebung, die häufig in diesen Ansätzen der Fall war entfernt. Darüber hinaus ist die Behandlung des Biofilms als homogenes Material fehlt die Information über die mögliche Heterogenität der physikalischen Eigenschaften innerhalb der Gemeinschaft. Daher können die genauen Auswirkungen der Strukturmechanik in der Biofilmbildung und biologische Eigenschaften wie Genexpression Strukturierung oder chemischen Gradienten kaum erkannt werden. Um zu einer Mikro Beschreibung der physikalischen Eigenschaften Biofilm fortschreiten, werden neue dedizierte Werkzeuge erforderlich.
Dieses Papier Details einen originellen Ansatz entwickelt, um zu erreichenMessung der lokalen mechanischen Parameter in situ, ohne den Biofilm zu stören und damit Zeichnung der räumlichen Verteilung der Mikromaterialeigenschaften und dann die mechanische Heterogenität. Das Prinzip des Experiments beruht auf der Dotierung des wachsenden Biofilm mit magnetischen Mikropartikeln, gefolgt von deren Fernladen mit magnetischen Pinzette in der reifen Biofilm. Partikelverschiebung unter kontrollierten Magnetkraft-Anwendung unter dem Mikroskop abgebildet ermöglicht lokalen viskoelastischen Parameter Ableitung, jedes Teilchen seine eigene lokale Berichterstattung Umwelt. Aus diesen Daten kann die mechanische 3D-Profil des Biofilms gezogen werden, offenbart räumlichen und ökologischen Zustand Abhängigkeiten. Das ganze Experiment wird hier auf einem E. gezeigt werden, coli Biofilm von einer gentechnisch veränderten Stamm, der eine dereprimierten F-Plasmid wie gemacht. Die Ergebnisse in einer aktuellen Papier 18 beschrieben eine einzigartige Sicht des Inneren des intakten Biofilm Mechanik.
Diese Magnetpartikel Säen und Ziehen Experiment in situ 3D-Mapping der viskoelastischen Parameter eines wachsenden Biofilm in seinen ursprünglichen Zustand aktiviert. Dieser Ansatz zeigte die mechanische Heterogenität der E. coli Biofilm hier aufgewachsen und gab Hinweise darauf hinweisen, die Biofilm-Komponenten unterstützen die Biofilm-physikalischen Eigenschaften, was stark darauf hindeutet eine fundamentale Implikation der extrazellulären Matrix und genauer den Grad der Vernetzung.
<p clas…The authors have nothing to disclose.
Diese Arbeit wurde zum Teil durch Zuschüsse von der Agence Nationale pour la Recherche, PIRIbio Programm Dynabiofilm und vom CNRS Interdisziplinäre Risiko Programm unterstützt. Wir danken Philippe Thomen für die kritische Durchsicht des Manuskripts und Christophe Beloin für die Bereitstellung der E. coli-Stamm in dieser Arbeit verwendet.
Table 1: Reagents and cells | ||||
Magnetic particles | Life technologies | 14307D | Micrometric magnetic particle, 2.8 µm diameter | |
Ampicillin (Antibiotic) | Sigma-Aldrich | A9518 | ||
Tetracycline (Antibiotic) | Sigma-Aldrich | 87128 | ||
Bacterial strain MG1655gfpF | UGB, Institut Pasteur, France | produces F pili at its surface, resistant to Ampicilllin and tetracycline | ||
Table 2: Capillaries and tubing | ||||
Filters for pediatric perfusion | Prodimed-Plastimed | 6932002 | ||
Hollow Square Capillaries | Composite Metal Scientific | 8280-100 | Manufactured in Borosilicate glass. Square 0.8mm x0.8mm | |
Tubing silicone peroxyde | VWR international | 228-0512 | Diameter 1mm | |
Tubing silicone peroxyde | VWR international | 228-0700 | Diameter 3mm | |
Table 3: Biofilm growth | ||||
Lysogeny Broth (LB) solution | Amresco-VWR | J106-10PK | standard medium used to grow bacteria | |
M63B1 solution | Home-made | Standard minimum medium used to grow bacteria | ||
Glucose | Sigma-Aldrich | G8270 | Used to make M63B1 medium with 0.4% glucose | |
Table 4: Electronics | ||||
Camera EMCCD | Hamamatsu | C9100-02 | ||
Heater controller | World precision instruments | 300354 | ||
Function generator | Agilent technologies | 33210A | ||
Power amplifier | Home-made | It gives a current signal with amplitudes up to 4 A. | ||
Syringe pumps | Kd Scientific | KDS-220 | ||
Shutter | Vincent Associates | Uniblitz T132 | ||
Magnetic tweezers | Home-made | Two electromagnetic poles, each made of a copper coil with 2,120 turns of 0.56 mm in diameter copper wire and soft magnetic alloy cores (Supra50-Arcelor Mittal, France) square shaped according to the blueprint shown in Fig. 10. The two cores are mounted north pole facing south pole, in order to generate a magnetic force in one direction along the length of the capillary. See coil wiring details in Figure 11. | ||
Table 5: Optics | ||||
Inverted microscope | Nikon | TE-300 | ||
S Fluor x40 Objective (NA 0.9, WD0.3) | Nikon | This a long working distance ojective enabling observation of the biofilm in the depth | ||
Epifluorescence filters: 1) for green fluorescence: Exc 480/20 nm; DM 495; Em 510/20 2) for Red fluorescence: Exc 540/25 nm; DM 565; Em 605/55 | Chroma | 1)#49020 2)#31002 | Particle displacement upon force application is recorded using the red fluoresecnce filter block. | |
Table 6: Image analysis | ||||
ImageJ | NIH – particle tracker plugin |