Perfiles de Células Madre Embrionarias Humanas individual por RT-PCR cuantitativa
Summary
Se necesita ensayo de expresión de un solo gen celular para comprender las heterogeneidades de células madre.
Abstract
La heterogeneidad de la población de células madre dificulta la comprensión detallada de la biología de células madre, tales como su propensión hacia la diferenciación de diferentes linajes. Un único ensayo transcriptoma de células puede ser un nuevo enfoque para la disección de la variación individual. Hemos desarrollado el método de QRT-PCR de una sola célula, y confirmado que este método funciona bien en varios perfiles de expresión génica. En el nivel de una sola célula, cada célula madre embrionarias humanas, ordenados por OCT4 :: células positivas EGFP, tiene una alta expresión en OCT4, pero un nivel diferente de expresión NANOG. Nuestro ensayo de expresión solo gen celular debe ser útil para interrogar a las heterogeneidades de la población.
Introduction
Poblaciones eucariotas más altas son heterogéneos por lo tanto con el análisis de la población total combinada, a menudo es difícil de interpretar sus características celulares. Las células individuales dentro de una población pueden ser sutilmente diferente, y estas diferencias pueden tener consecuencias importantes para la propiedad y el funcionamiento de toda la población de 1, 2. Especialmente, las células madre embrionarias humanas (hESCs) son conocidos por ser heterogéneo, lo que provoca diferentes niveles de pluripotencia y diversas posibilidades para la especificación de linaje en delicadamente formas distintivas 3, 4. Por ejemplo, diferentes antígenos de superficie celular se pueden utilizar para clasificar las células madre pluripotentes no diferenciadas, 5 y el grupo de Austin Smith propuesto diferentes niveles de la pluripotencia en células madre embrionarias de ratón, sobre la base de su morfología, la propensión diferenciación y la dependencia de la vía de señalización 6. Este fenómeno se planteó la hipótesis de embrión humanolas células madre de la NIC 7. Mientras que los estudios se realizaron en general entre las diferentes líneas de células madre, las células madre no solo individuo, que podría ser muy interesante para analizar los diferentes niveles de la pluripotencia en el nivel de células individuales, lo que potencialmente afecta a su capacidad de diferenciación hacia todos los linajes de células somáticas.
Heterogeneidad celular y molecular podría ser dictada por la transcripción de perfiles, que se llama la 'transcriptoma de células individuales "y hace hincapié en nuevos enfoques para cuantificar los niveles de expresión de genes 8-10. Para el análisis de los niveles de expresión de genes en células individuales, hemos desarrollado un protocolo sencillo, pero robusto de una sola célula RT-PCR cuantitativa. Se confirmó la eficacia y la viabilidad de nuestro protocolo mediante la comparación de cada mitad de lisados de células individuales, así como diluidos en serie RNAs totales de hESCs, dando como resultado variaciones técnicas mínimas y las diferencias. Además, se utilizó una línea reportero genética para aislar p homogéneaoblación de hESCs utilizando sistema de selección de genes. El vector donante para la orientación locus Oct4 (Oct4-2A-EGFP-PGK-Puro construir) y un par de plásmidos TALEN se utilizaron 11. El vector de donantes y un par de plásmidos Talen se introdujeron en hESCs (H9, WA09) utilizando nuestra nucleofection y protocolo de selección clonal y el mantenimiento de hESCs se realizó sobre la base de nuestro protocolo de rutina 12. Se confirmó esta línea genética reportero expresar EGFP para la expresión OCT4 en OCT4 :: EGFP hESCs.
Nuestro resultado demuestra que hESCs individuales (ordenados por OCT4 :: células fuertemente positivas EGFP) mantienen altos niveles de expresión OCT4, pero diferentes niveles de expresión de NANOG. Así, nuestro ensayo de expresión solo gen celular debe ser útil para estudiar las heterogeneidades de la población de células madre pluripotentes.
Protocol
Representative Results
Discussion
Solo gen celular de perfiles podría ser una herramienta importante para predecir la funcionalidad de una sola célula o una población entera. Debido a limitaciones técnicas, todo el análisis de perfiles de genes se ha restringido a los promedios de la población. Se han propuesto variaciones en los patrones y niveles entre las células individuales y las subpoblaciones de expresión de genes para causar una interpretación errónea. Estos aspectos celulares diversos se pueden encontrar en hESCs y su heterogeneidad h…
Divulgations
The authors have nothing to disclose.
Acknowledgements
Nos gustaría dar las gracias a los miembros del laboratorio Lee valiosa para los debates sobre el manuscrito. El trabajo en el laboratorio de Lee fue apoyado por becas de Robertson Investigator Award de la Fundación de Células Madre de Nueva York y de Maryland Stem Cell Research Fund (TEDCO).
Materials
| 96 wll PCR Plate | USA scientific | 1402-8900 | |
| Ambion Cell Lysis Kit | Life Technologies | 4458235 | |
| SMARTScribe Reverse Transcriptase | Clonetech | 639536 | |
| ExoSAP-IT | USB | 78200 | |
| Platinum Taq DNA polymerase High Fidelity | Invitrogen | 11304 | |
| 10mM dNTP Mix, PCR Grade | Invitrogen | 18427 | |
| SYBR Universal 2X Master Mix | Kapa biosystem | KR0389 | |
| Accutase | Innovative Cell Tech | S-1100-1 | |
| FACS buffer | 45 ml PBS, 5 ml a-MEM, 100 ul DNase, filter sterilized | ||
| 35 μm cell strainer cap tubes | BD Biosciences | 352235 |
References
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