SIVQ-LCM est une approche novatrice qui exploite un algorithme informatique, spatialement invariant quantification vectorielle (SIVQ), à conduire la microdissection par capture laser (LCM) de processus. Le flux de travail SIVQ-LCM améliore grandement la vitesse et la précision de microdissection, avec des applications à la fois dans la recherche et les milieux cliniques.
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Article de méthode
Protocole SIVQ-LCM pour l'instrument ArcturusXT
* These authors contributed equally
Dans cet article
Résumé
Résumé
SIVQ-LCM est une nouvelle méthodologie qui automatise et rationalise le processus de dissection laser dépend utilisateur plus traditionnel. Il vise à créer une plate-forme technologique de dissection laser de pointe, rapidement personnalisable. Dans ce rapport, nous décrivons l'intégration du logiciel d'analyse d'image spatialement invariant quantification vectorielle (SIVQ) sur l'instrument ArcturusXT. Le système contient à la fois un ArcturusXT infrarouge (IR) et ultraviolet (UV), laser, permettant une cellule particulière ou de grandes dissections de la région. Le but principal est d'améliorer la vitesse, la précision et la reproductibilité de la dissection laser pour augmenter le débit d'échantillons. Cette nouvelle approche facilite microdissection des deux tissus animaux et humains dans la recherche et la gestion des patients.
Introduction
Initialement développé dans le milieu des années 1990, microdissection laser (LCM) permet à l'utilisateur de capturer précisément des cellules spécifiques ou des régions cellulaires à partir d'une section de tissu histologique par visualisation microscopique 1, 2. De nombreuses études comparant l'analyse moléculaire de LCM contre les éraflures de tissus illustrent l'intérêt de la méthode 3-12. En outre, il ya trois publications de protocole vidéo sur la technologie qui sont disponibles pour l'affichage 13, 14. Cependant, en dépit de sa valeur éprouvée, LCM peut être fastidieuse et laborieuse lorsque la cible d'....
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Protocole
Le protocole décrit a été utilisé conformément aux règles du NIH sur l'utilisation des échantillons de tissus humains.
1. Préparation des tissus
- Avant de commencer, obtenir des échantillons de tissus humains selon (CISR) Les protocoles d'examen institutionnel.
- Choisissez le type de bloc de tissus / cellules et la méthode de traitement correspondant [fixés au formol et inclus en paraffine (FFPE), congelés, ou de l'éthanol-fixe paraffine (EFPE)]. Fixation au formol fournit histologie optimale, suivie par la fixation de l'éthanol et surgelés. Cependant, de fixation et de tissus méthodes de traitement peuv....
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Résultats
Une section de tissu mammaire humain FFPE a été immunocoloré pour cytokératine AE1/AE3 utilisant un protocole IHC norme 23. Après coloration, la lame de tissu a été posé sur la platine et le protocole ArcturusXT SIVQ-LCM a été ouverte comme décrit ci-dessus. Depuis le tissu ne peut pas être une lamelle de microdissection, les cellules colorées + IHC peuvent être difficiles à discerner visuellement (figure 1A). Ainsi, pour assurer une meilleure adaptation d'indice et une image améliorée, l.......
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Discussion
Nous présentons un protocole pour l'application de SIVQ-LCM à microdissect cellules épithéliales immunocolorées de FFPE tissu mammaire humain. L'utilisation d'un algorithme d'analyse d'image, tel que SIVQ, réduit la quantité de mains sur le temps requis pour le processus de microdissection. Il s'agit d'un progrès potentiellement important pour le domaine de temps et d'efforts depuis l'opérateur est typiquement l'étape limitante pour la dissection précise des cellules d'intérêt.......
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Déclarations de divulgation
Michael R. Emmert-Buck est un inventeur sur les brevets NIH-détenus couvrant microdissection laser et reçoit des paiements sur la base de droits à travers le Programme de transfert de technologie NIH.
Remerciements
L'étude a été financée en partie par le Programme de recherche intra-muros des Instituts nationaux de la santé, Institut national du cancer, Centre de recherche sur le cancer.
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Matériaux
| Nom | Entreprise | Numéro de catalogue | Commentaires |
|---|---|---|---|
| Lames de verre à charge positive | Thermo Scientific | 4951Plus-001 | |
| Xylènes, réactif ACS, &ge ; 98,5 % de xylènes + base d’éthylbenzène ; | Sigma Aldrich | 247642 | ATTENTION : VEUILLEZ UTILISER LES PROCÉDURES DE SÉCURITÉ APPROPRIÉES. |
| Alcool éthylique, U.S.P. 200 Proof, anhydre | The Warner-Graham Company | 6.505E+12 | ATTENTION : VEUILLEZ UTILISER LES PROCÉDURES DE SÉCURITÉ APPROPRIÉES. |
| Arcturus CapSure Macro LCM Caps | Life Technologies | LCM0211 | |
| ArcturusXT Instrument de microdissection laser Life | Technologies | ARCTURUSXT | |
| AutoScanXT Software | Life Technologies | Un programme d’analyse d’images en option pour le dispositif de microdissection laser ArcturusXT. Il s’agit d’un logiciel requis pour SIVQ-LCM. | |
| Spatially Invariant Vector Quantization (SIVQ) | Université du Michigan | Cette suite d’outils est accessible au public pour les collaborations universitaires. Pour accéder à l’algorithme SIVQ, veuillez contacter le Dr Ulysses Balis [Ulysses@med.umich.edu] |
Références
- Bonner, R. F., et al. Laser capture microdissection: molecular analysis of tissue. Science. 278, 1481-1483 (1997).
- Emmert-Buck, M. R., et al. Laser capture microdissection. Science. 274, 998-1001 (1996).
- Edwards, R. A.
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Réimpressions et autorisations
