Le traçage du chemin anatomique est d’une importance cruciale pour déchiffrer la relation entre le cerveau et le comportement. Cependant, il est techniquement difficile de démêler la formation des circuits neuronaux au cours de la maturation embryonnaire du cerveau, car la plupart des méthodes de traçage transsynaptique développées à ce jour dépendent de l’injection de traceur stéréotaxique. Pour surmonter ce problème, nous avons développé une stratégie génétique binaire pour le traçage génétique transsynaptique conditionnel dans le cerveau de la souris. À cette fin, nous avons généré deux souches de souris knock-in complémentaires pour exprimer sélectivement le traceur transsynaptique bidirectionnel lectine d’orge (BL) et le fragment C de la toxine tétanique transsynaptique rétrograde à partir du locus ROSA26 après recombinaison médiée par Cre. La production de traceurs spécifiques aux cellules chez ces souris est codée génétiquement et ne dépend pas de l’injection mécanique de traceurs. Par conséquent, notre approche expérimentale est adaptée pour étudier la formation des circuits neuronaux dans le cerveau murin embryonnaire. De plus, étant donné que le transfert de traceurs entre les synapses dépend de l’activité synaptique, ces souches de souris peuvent être utilisées pour analyser la communication entre des populations neuronales génétiquement définies pendant le développement du cerveau à une résolution cellulaire unique. Nous fournissons ici un protocole détaillé pour le traçage transsynaptique dans les embryons de souris à l’aide des nouveaux allèles recombinants ROSA26. Nous avons utilisé cette technique expérimentale afin de délimiter les circuits neuronaux sous-jacents à la maturation de l’axe reproducteur dans le cerveau de souris femelle en développement.