MicroRNA Transcriptome की एक प्रतिलेखन कारक निर्भर नियमन का वर्णन
Summary
Herein we propose a strategy to study the effect of a transcription factor of interest on the microRNA transcriptome using publically available data, computational resources and high throughput data from microRNA arrays after transfecting cells with small hairpin (sh)RNA targeting a transcription factor of interest.
Abstract
प्रोटीन जीन कोडिंग के प्रतिलेखन विनियमन बड़े पैमाने पर अध्ययन किया गया था, थोड़ा microRNAs की विशेष रूप से कैसे प्रतिलेखन कारक गैर-कोडिंग RNAs के प्रतिलेखन में शामिल कर रहे हैं पर जाना जाता है। यहाँ, हम सार्वजनिक रूप से उपलब्ध डेटा, कम्प्यूटेशनल संसाधनों और उच्च throughput डेटा का उपयोग कर microRNAs की प्रतिलेखन विनियमन में प्रतिलेखन कारक की संभावित भूमिका का अध्ययन करने के लिए एक रणनीति का प्रस्ताव है। हम H3K4me3 epigenetic हस्ताक्षर का उपयोग microRNA प्रमोटरों और chromatin immunoprecipitation (चिप) microRNA प्रमोटरों कि प्रतिलेखन कारक बाध्यकारी साइटों के साथ समृद्ध कर रहे हैं की पहचान सांकेतिक शब्दों में बदलना परियोजना से -sequencing डेटा की पहचान करने के लिए। shRNA ब्याज की एक प्रतिलेखन कारक को निशाना बनाने और microRNA सरणी के लिए कोशिकाओं को subjecting के साथ ब्याज की कोशिकाओं transfecting करके, हम microRNA transcriptome पर इस प्रतिलेखन कारक के प्रभाव का अध्ययन। एक उदाहरण उदाहरण के रूप में हम पुरानी Ly के microRNA transcriptome पर Stat3 के प्रभाव पर हमारे अध्ययन का उपयोगmphocytic ल्यूकेमिया (CLL) कोशिकाओं।
Introduction
MicroRNAs अंतर्जात छोटे गैर कोडिंग विनियामक RNAs कि आम तौर पर posttranscriptional स्तर पर mRNA अभिव्यक्ति के रूप में नकारात्मक नियामकों समारोह कर रहे हैं। लगभग 1,000 गैर-कोडिंग 20 से 25 न्यूक्लियोटाइड करने के लिए लंबे microRNAs मानव जीनोम 1,2 में पाए जाते हैं। MicroRNAs microRNA और उसके पूरक बीज मैच दृश्य है, जो आमतौर पर 3 'untranslated क्षेत्र लक्ष्य mRNAs का (UTR) पर स्थित है बीज अनुक्रम के बीच विहित आधार बाँधना के माध्यम से जीन अभिव्यक्ति को विनियमित। सामूहिक रूप से, microRNAs प्रोटीन जीन कोडिंग 3 का 30% से अधिक विनियमित है, लेकिन केवल थोड़ा microRNAs के डीएनए से प्रतिलेखन के बारे में जाना जाता है। यह सुझाव दिया गया है कि microRNA प्रतिलेखन के नियमन के mRNA 4,5 के समान है। विशेष रूप से, प्रोटीन जीन कोडिंग के प्रतिलेखन को बढ़ावा देने में अपनी गतिविधि के समान है, प्रतिलेखन कारक microRNAs 6 का प्रतिलेखन सक्रिय करने के लिए लगा रहे हैं। प्रतिलेखन कारक-एमicroRNA परस्पर क्रिया जीन अभिव्यक्ति 7 की एक न्यूनाधिक कारक के रूप में सूचित किया गया है, और मई भी फीडबैक और फ़ीड आगे छोरों के रूप में। उदाहरण के लिए, Yamakuchi एट अल। एक राय पाश जिसमें P53 microRNA34a की अभिव्यक्ति है जो बदले में P53 repressor SIRT का अनुवाद और इस तरह P53 गतिविधि 8 में वृद्धि को रोकता है लाती की सूचना दी।
जबकि microRNAs की प्रतिलेखन कारक निर्भर अभिव्यक्ति के विशिष्ट उदाहरण सूचित किया गया है, एक स्वीकृत पद्धति है जिसके कैसे ब्याज की एक प्रतिलेखन कारक microRNA-transcriptome की अभिव्यक्ति को नियंत्रित करता है पर जानकारी प्रदान करता है कमी है। प्रोटोकॉल के साथ साथ सुझाव के प्रयोजन के microRNA-transcriptome का प्रतिलेखन कारक पर निर्भर विनियमन के एक में गहराई से विवरण प्रदान करना है। सार्वजनिक रूप से उपलब्ध डेटा, जैव सूचना विज्ञान उपकरणों के संयोजन और माइक्रोएरे प्रौद्योगिकी का उपयोग करके, शोधकर्ताओं ने इस एल्गोरिथ्म का पालन एक जीनोमिक पैमाने पर कब्जा करने में सक्षम हो जाएगा कि कैसे किसी भीब्याज की किसी भी प्रकार की कोशिका में प्रतिलेखन कारक microRNA-transcriptome की अभिव्यक्ति को नियंत्रित करता है और microRNA अभिव्यक्ति को विनियमित करने में प्रतिलेखन कारक-mRNA की एक ख्यात योगदान का पता लगाने के लिए।
Protocol
Representative Results
Discussion
तंत्र प्रोटीन जीन कोडिंग की शाही सेना पोलीमरेज़ द्वितीय निर्भर प्रतिलेखन अंतर्निहित बड़े पैमाने पर अध्ययन किया गया है। इन तत्वों को केवल 1% है जबकि – मानव जीनोम के 2%, सांकेतिक शब्दों में परियोजना से साक…
Divulgations
The authors have nothing to disclose.
Acknowledgements
इस अध्ययन CLL ग्लोबल रिसर्च फाउंडेशन से अनुदान द्वारा समर्थित किया गया। टेक्सास एमडी एंडरसन कैंसर सेंटर के विश्वविद्यालय में एक कैंसर केंद्र सहायता अनुदान (P30CA16672) के माध्यम से राष्ट्रीय स्वास्थ्य संस्थान के द्वारा समर्थित है।
Materials
| Lipofectamin 2000 | Life Technologies | 11668027 | |
| 0.45 um syringe filter | Thermo Scientific (Nalgene) | 190-2545 | |
| Amicon ultracentrifugal filter device with threshold of 100kDa | Merck Millipore | ||
| Polybrene | Merck Millipore | TR-1003-G | |
| TRIzol reagent | Life Tachnologies (Invitrogen) | 15596-026 | |
| 293 Cell line human | Sigma-Aldrich | 85120602 |
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