typage de Campylobacter jejuni Ssp. doylei Les isolats utilisant PhyloProteomics basés sur la spectrométrie de masse (MSPP)

Andreas E. Zautner; Raimond Lugert; Wycliffe O. Masanta; Michael Weig; Uwe Groß; Oliver Bader

doi:10.3791/54165

Method Article

typage de Campylobacter jejuni Ssp. doylei Les isolats utilisant PhyloProteomics basés sur la spectrométrie de masse (MSPP)

DOI:

10.3791/54165

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October 30th, 2016

Andreas E. Zautner¹ , Raimond Lugert¹ , Wycliffe O. Masanta¹ , Michael Weig¹ , Uwe Groß¹ , Oliver Bader¹

¹Institut für Medizinische Mikrobiologie, Universitätsmedizin Göttingen

Summary

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Mass phyloproteomics la spectrométrie (MSPP) a été utilisé pour taper une collection de Campylobacter jejuni ssp. Doylei isolats au niveau de la souche par rapport à multilocus sequence typing (MLST).

Abstract

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MALDI-TOF MS offre la possibilité de différencier certaines bactéries non seulement au niveau des espèces et sous-espèces, mais même au-dessous, au niveau de la souche. isoformes alléliques des ions de biomarqueurs détectables se traduisent par des changements de masse spécifiques isolés. phyloproteomics basée sur la spectrométrie de masse (MSPP) est une nouvelle technique qui combine les spectrométriques de masse détectables masses de biomarqueurs dans un système qui permet la déduction des relations phyloproteomic de isoler des changements de masse spécifiques par rapport à un génome séquencé souche de référence. Les séquences d'acides aminés déduites sont ensuite utilisées pour calculer dendrogrammes à base de RRMS.

Nous décrivons ici le flux de travail de MSPP en tapant un ssp Campylobacter jejuni. Doylei collection isolat de sept souches. Les sept souches étaient d'origine humaine et multilocus sequence typing (MLST) ont démontré leur diversité génétique. MSPP-typage a donné lieu à sept types de séquence MSPP différents, reflétant suffisamment leur phyrelations logenetic.

C. jejuni ssp doylei régime MSPP comprend 14 ions de biomarqueurs différents, la plupart du temps des protéines ribosomiques dans la gamme de masse de 2 à 11 kDa.. MSPP peut en principe, être adapté à d'autres plates-formes de spectrométrie de masse avec une gamme étendue de masse. Par conséquent, cette technique a le potentiel de devenir un outil utile pour le typage microbien de niveau de la souche.

Introduction

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Au cours de la dernière décennie, laser assistée par matrice désorption ionisation spectrométrie à temps de vol de masse (MALDI-TOF MS) a avancé comme une méthode standard très apprécié pour le genre microbienne et l' identification des espèces en microbiologie clinique ^{^1,} ^2. L'identification des espèces est basée sur l'enregistrement des petites empreintes de protéines des cellules intactes ou des lysats cellulaires. La gamme typique de masse pour un spectromètre de masse utilisé en microbiologie clinique de routine est 2-20 kDa. En outre, les spectres résultant peut être utilisé pour distinguer les souches aux dessous-es....

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Protocol

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1. Préparer un milieu de travail sécuritaire en considérant les conditions de biosécurité

Se familiariser avec les règlements de laboratoire et de sécurité qui sont pertinentes pour travailler avec des micro-organismes. La plupart des micro - organismes pathogènes pour l' homme doivent être traitées au niveau de biosécurité 2 conditions , mais certains, tels que Salmonella enterica sérotype Typhi, exigent de biosécurité de niveau 3. Des informations sur le niveau de traitement de chaque agent pathogène peut être consulté à www.cdc.gov/biosafety.
Indépendamment de la classification des risques biologiques du micro-organisme spécifique....

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Results

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Auparavant, nous avons réussi à établir un régime MSPP pour C. ssp jejuni. jejuni ^13. Ici, nous avons cherché à étendre la méthode à la fratrie sous - espèce C. ssp jejuni. doylei. Dans ce cadre spécifique, sept C. ssp jejuni. doylei isolats ont été acquis de la collection belge de micro - organismes / Laboratoire de microbiologie UGent BCCM / LMG Gand, Belgique. Les sept souches utilisées pour le.......

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Discussion

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L'étape la plus critique dans la mise en place d'un régime MSPP est la détermination génétique sans équivoque des identités biomarqueur d'ions. S'il est impossible d'identifier un biomarqueur sans aucun doute, alors il devrait être exclu du régime ^13.

C. ssp. doylei régime jejuni comprend 14 ions de biomarqueurs différents. Ceux - ci sont 5 moins par rapport à C. ssp jejuni. schéma jejuni MSPP ¹³ .......

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Disclosures

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Les auteurs n’ont rien à divulguer.

Acknowledgements

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Nous sommes reconnaissants à Hannah Kleinschmidt pour son excellent support technique. Cet article a été financé par le programme de soutien à l’Open Access de la Deutsche Forschungsgemeinschaft et le fonds de publication de la Georg August Universität Göttingen.

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Materials

List of materials used in this article
Name	Company	Catalog Number	Comments
acétonitrile	Sigma-Aldrich, Taufkirchen, Allemagne	34967
Système Autoflex III TOF/TOF 200	Bruker Daltonics, Brême, Allemagne	GT02554 G201	Spectromètre de masse
norme d’essai bactérien BTS	Bruker Daltonics, Brême, Allemagne	604537
BioTools 3.2 SR1	Bruker Daltonics, Brême, Allemagne	263564	Progiciel
Étalon de test bactérien Bruker IVD	Bruker Daltonics, Brême, Allemagne	8290190	5 tubes
Campylobacter jejuni subsp. doylei isolat ;	Belgique collection coordonnée de micro-organismes/Laboratoire de microbiologie UGent BCCM/LMG Gand, Belgique	LMG8843	ATCC 49349 ; IMVS 1141 ; NCTC 11951 ; souche 093
Campylobacter jejuni subsp. doylei isolat ;	Belgique collecte coordonnée de micro-organismes/Laboratoire de microbiologie UGent BCCM/LMG Gand, Belgique	LMG9143	Goossens Z90
Campylobacter jejuni subsp. doylei isolat ;	Belgique coordination de la collecte de micro-organismes/Laboratoire de microbiologie UGent BCCM/LMG Gand, Belgique	LMG7790	ATCC 49350 ; CCUG 18265 ; Kasper 71 ; LMG 8219 ; NCTC 11847
Campylobacter jejuni subsp. doylei isolat ;	Belgique collecte coordonnée de micro-organismes/Laboratoire de microbiologie UGent BCCM/LMG Gand, Belgique	LMG9243	Goossens N130
Campylobacter jejuni subsp. doylei isolat ;	Belgique collecte coordonnée de micro-organismes/Laboratoire de microbiologie UGent BCCM/LMG Gand, Belgique	LMG8871	NCTC A603/87
Campylobacter jejuni subsp. doylei isolat ;	Belgique collecte coordonnée de micro-organismes/Laboratoire de microbiologie UGent BCCM/LMG Gand, Belgique	LMG9255	Goossens B538
Campylobacter jejuni subsp. doylei isolat ;	Belgique collecte coordonnée de micro-organismes/Laboratoire de microbiologie UGent BCCM/LMG Gand, Belgique	LMG8870	NCTC A613/87
Base de gélose Columbia ;	Merck, Darmstadt, Allemagne	1.10455 .0500	500 g
Boussole pour FlexSeries 1.2 SR1	Bruker Daltonics, Brême, Allemagne	251419	Progiciel
de sang de mouton défibriné ;	Oxoid Deutschland GmbH, Wesel, Allemagne	SR0051
	éthanol Sigma-Aldrich, Taufkirchen, Allemagne	02854 Acide
	Sigma-Aldrich, Taufkirchen, Allemagne	F0507
Matrice HCCA	Bruker Daltonics, Brême, Allemagne	604531
Tissu en papier Kimwipes	Kimtech Science via Sigma-Aldrich, Taufkirchen, Allemagne
MALDI Biotyper 2.0	Bruker Daltonics, Brême, Allemagne	259935	Progiciel
Mât Cryobank flacons	Mast Diagnostica, Reinfeld, Allemagne	CRYO/B
MSP 96 cible en acier poli	Bruker Daltonics, Brême, Allemagne	224989
QIAamp DNA Mini Kit ;	Qiagen, Hilden, Allemagne	51304
insuline humaine recombinante	Sigma-Aldrich, Taufkirchen, Allemagne	I2643
acide trifluoroacétique	Sigma-Aldrich, Taufkirchen, Allemagne	T6508
eau, biologie moléculaire	Sigma-Aldrich, Taufkirchen, Allemagne	W4502

formique Fluka Z188956

References

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Seng, P., et al. Ongoing revolution in bacteriology: routine identification of bacteria by matrix-assisted laser desorption ionization time-of-flight mass spectrometry. Clin Infect Dis. 49 (4), 543-551 (2009).
Bader, O.

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