L’autophagie est une voie de dégradation lysosomale essentielle à l’homéostasie, à la fonction et à la différenciation cellulaires. Dans des conditions de stress, l’autophagie est induite et cible diverses cargaisons, telles que le cytosol en vrac, les organites endommagés et les protéines mal repliées, pour la dégradation dans les lysosomes. Les molécules nutritives résultantes sont recyclées dans le cytosol pour la synthèse de nouvelles protéines et la production d’ATP. La régulation positive de l’autophagie a des effets bénéfiques contre la pathogenèse de nombreuses maladies, et des stratégies pharmacologiques et physiologiques pour activer l’autophagie ont été rapportées. L’exercice aérobique a récemment été identifié comme un inducteur d’autophagie efficace dans plusieurs organes chez la souris, notamment les muscles, le foie, le cœur et le cerveau. Ici, nous montrons des procédures pour induire l’autophagie in vivo par un exercice forcé sur tapis roulant ou une course volontaire à la roue. Nous démontrons également des méthodes microscopiques et biochimiques pour analyser quantitativement les niveaux d’autophagie dans les tissus de souris, en utilisant les protéines marqueurs LC3 et p62 qui sont transportées et dégradées dans les lysosomes avec les autophagosomes.