Swab Méthode d'échantillonnage pour la détection des norovirus humains sur les surfaces

Résumé

Une méthodologie d’échantillonnage basée sur la macromousse a été développée et évaluée pour la détection et la quantification des norovirus sur les surfaces dures de l’environnement.

Résumé

Les norovirus humains sont une cause majeure de l'épidémie et la gastro-entérite sporadique dans le monde entier. Parce que la plupart des infections sont soit répartis directement par la voie de personne à personne ou indirectement par l'intermédiaire de surfaces ou de la nourriture de l'environnement, matières contaminées et les surfaces inanimées sont des véhicules importants pour la propagation du virus au cours des flambées de norovirus.

Nous avons développé et évalué un protocole utilisant des tampons de macromousse pour la détection et le typage des norovirus humains des surfaces dures. Comparé avec des tampons de fibres à pointe ou des lingettes antistatiques, des tampons de macromousse permettent la récupération du virus (plage de 1,2 à 33,6%) des surfaces de siège de toilette jusqu'à 700 cm ^2. Le protocole comporte les étapes d'extraction du virus à partir des tampons et une plus grande concentration de l'ARN viral en utilisant des colonnes de centrifugation. Au total, 127 (58,5%) des 217 échantillons de frottis qui avaient été recueillies à partir de surfaces à bord des navires de croisière et les établissements de soins de longue durée où norovirus gastro-entérite avait étérapporté testé positif pour GII norovirus par RT-qPCR. 29 d'entre eux (22,8%) pourrait être génotypés avec succès. En conclusion, la détection des norovirus sur des surfaces environnementales en utilisant le protocole que nous avons développé peut aider à déterminer le niveau de contamination de l'environnement pendant les épidémies, ainsi que la détection du virus lorsque les échantillons cliniques ne sont pas disponibles; il peut également faciliter le suivi de l'efficacité des stratégies d'assainissement.

Introduction

Les norovirus humains sont une cause majeure de l' épidémie et de gastro - entérite aiguë sporadique dans le monde entier ^{1, 2, 3.} Le virus est extrêmement contagieux et la transmission se fait par personne directement à l'interaction personne ou indirectement par le contact avec des aliments contaminés, l'eau ou des surfaces environnementales. Les norovirus peuvent être versées pour des périodes prolongées et prolongé la survie du virus sur des surfaces environnementales a été documentée ^{1, 2,....}

Protocole

1. Swab échantillonnage dans le domaine

1. Porter une paire de gants propres.
2. Mesurer la taille de la zone d'échantillonnage sans toucher la surface en utilisant un ruban à mesurer ou d'une règle. Essayez d'estimer la superficie aussi précisément que possible et de remplir un formulaire de rapport (tableau supplémentaire 1).
3. Vérifiez le kit de prélèvement pour les fuites éventuelles et le transport des sacs de prélèvement de l'étiquette et des kits d'écouvillon.
4. Déplacer l'écouvillon dans la zone d'échantillonnage comme suit: un coup dans le sens horizontal, d'un s....

Résultats

La figure 1 présente un organigramme du protocole tampon d'échantillonnage. Ce protocole se compose de quatre étapes principales; 1) la collecte d'échantillon, 2) le stockage et le transport d'échantillons, 3) la purification de l'ARN viral et de la concentration, et 4) l'essai de RT-PCR quantitative et génotypage.

Discussion

Les norovirus ont une dose infectieuse humaine de 50% entre 18 et 10 ³ particules virales ^20. Par conséquent, la contamination même de bas niveau des surfaces peut poser un risque pour la santé publique. Plusieurs aspects du protocole écouvillon d'échantillonnage ont été évalués, y compris: 1) différents matériaux écouvillon, 2) écouvillons de condition de stockage pendant le transport, 3) la concentration de l'ARN viral, et 4) coliphage MS2 que le contrôle de l'extraction .......

Matériaux

Liste des matériaux utilisés dans cet article

Nom	Entreprise	Numéro de catalogue	Commentaires
Nom générique des kits
Écouvillon Macrofoam	Prehumidened EnviroMax Swabkit  ;	Puritan	2588060PFUW
Tampon de lyse d>ARNfort  ;	CDC Tampon UNEX	Microbiologics	N° MR0501
Extraction de l’ARN	Midi Colonne	Omega Biotek	N° de Cat R6664-02
RNA purification spin column	Zymol RNA Clean and Concentrator kit  ;	Zymo Research	Cat No R1016
Kit RT-PCR en temps réel	AgPath Kit RT-PCR en une étape Life	Technologies	Cat No 4387391
Kit RT-PCR conventionnel	Qiagen Kit RT-PCR en une étape	Kit Qiagen	Cat No 210212
Kit d’extraction de gel	Qiagen QIAkit d’extraction de gel rapide	Qiagen Kit	Cat N° 28704 ou 28706
	Coliphage MS2	ATCC	N° de Cat 15597-B1
	Transcriptions d’écoulement de l’ARN Plateforme
	de PCR en temps réel Applied	Biosystems	Modèle ABI 7500
	Plaque de réaction optique à 96 puits	Thermo Scientific	Cat N° 4316813
	MicroAmp Clear Adhesive Film  ;	Thermo Scientific	Cat No 4306311

<