Påvisning af cirkulerende ribonukleinsyre (cRNA) fra blodet er et udækket behov i klinisk diagnostik. Her beskriver vi metoder, der kendetegner cRNA fra ikke-småcellet lungekræft kræftpatienter ved hjælp af følsom og specifik digital polymerase kædereaktion. Prøverne opfylder design at opdage fusion varianter inden for 72 timer.
Vi har udviklet nye metoder til isolering og karakterisering af tumor-afledte cirkulerende ribonukleinsyre (cRNA) for blod-baseret flydende biopsi. Robust påvisning af cRNA inddrives fra blod repræsenterer en løsning til en kritisk udækket behov i klinisk diagnostik. Testen begynder med samling af fuldblod i blod indsamling rør der indeholder konserveringsmidler, at stabilisere cRNA. Celle-fri, exosomal og trombocyttal-associerede RNA er isoleret fra plasma i denne testsystem. CRNA er omvendt transskriberet til supplerende DNA (cDNA) og forstærkes ved hjælp af digital polymerase kædereaktion (dPCR). Prøver evalueres for både mål biomarkør samt et kontrol-genet. Test validering inkluderet grænsen afsløring, nøjagtighed og robusthed undersøgelser med analytiske prøver. Den metode, der er udviklet på baggrund af disse undersøgelser reproducerbar opdage flere fusion varianter for ROS1 (C-Ros proto-oncogene 1; 8 varianter) og RET (omarrangeret under Transfektion proto-oncogene; 8 varianter). Prøve behandling workflow er blevet optimeret således, testresultater kan konsekvent genereres inden for 72 timer efter prøven modtagelse.
Op til 25% af ikke-småcellet lungekræft (NSCLC) kan patienter ikke har tilstrækkeligt væv tilgængelige for afprøvning på tidspunktet for diagnosen. Selv i tilfælde, hvor væv er tilgængelige, kan det ikke i tilstrækkelig mængde eller kvalitet at udføre anbefales molekylære test1,2. I tilfælde hvor der er nok væv fra en biopsi for Molekylær profilering, patienter kan have til at vente flere uger eller længere på resultater, eller begynde behandling uden molekylære resultater3,4. Det er imidlertid afgørende at informative molekylære diagnose være tilgængelige givet fremkomsten af flere målrettede behandlingsmuligheder for patienter med diagnosen NSCLC. Afprøvning af cirkulerende celle-gratis DNA (cfDNA) fra flydende biopsi er en løsning på udfordringerne af traditionelle væv test4,5,6. Nuværende test muligheder for handlingsrettede mutationer i NSCLC ved hjælp af cfDNA og en lignende dPCR-baseret arbejdsgang for hurtigt resultat generation, omfatter epidermal vækstfaktor receptor (EGFR) sensibiliserende mutationer ΔE746-A750 og L858R, EGFR modstand mutation T790M , KRAS Proto-Oncogene (KRAS) varianter, og B-Raf Proto-Oncogene (BRAF) variant V600E. Selv om ikke så bredt vedtaget af feltet, kan cirkulerende tumor-afledte messenger RNA (mRNA) isoleret fra flydende biopsi også give vigtige kliniske oplysninger7,8,9. Vi har tidligere udviklet og rapporteret om multipleksede påvisningsmetoder pighuder og mikrotubulus forbundet Protein som 4-Anaplastisk lymfom Receptor tyrosin Kinase (EML4-ALK) fusion varianter fra blodplasma10. I denne undersøgelse udvidet vi disse metoder til at omfatte højere-ordens multipleksede RNA mål for ROS1 og RET, der dækker otte fusion varianter i hvert assay. Formålet var at udvikle en hurtig, følsomme, specifikke og reproducerbare teknik til påvisning af disse fusion varianter fra plasma af patienter med tidligere diagnosen NSCLC.
Testprocessen er indledt i en læge kontor ved hjælp af RNA stabilisere blodet indsamling rør11. Disse rør indeholder en celle konserveringsmiddel samt RNase hæmmere. Prøverne er afsendt prioritet natten til de centraliserede College af amerikanske patologer CAP-akkrediteret/klinisk laboratorium forbedring ændringsforslag (CLIA)-certificeret laboratorium (Clinical Laboratory) til behandling af kompetent personale. Når modtaget af den kliniske laboratorium, er hvert trin af behandlingen gennemført under godkendte Standard Operating Procedures (SOP). Fuldblod centrifugeres for at inddrive plasma, som derefter bruges til at isolere cirkulerende RNA, der er enten gratis i blodet eller inden for indkapsling fraspaltning, såsom exosomes og blodplader7,8,9. For at isolere RNA fra disse rum, valgte vi systemet for RNA opsving baseret på sammenligninger af flere udvindingsmetoder. Den isolerede RNA er koncentreret og omvendt transskriberet til cDNA. Flere reverse transkriptase enzymer og gen-specifikke primere blev evalueret under optimering af cDNA syntese metode til at maksimere ROS1 og RET target udskrift konvertering10. Dette er kritisk for lav overflod udskrifter, såsom tumor-afledte fusion varianter i omløb. Endelig, vi optimeret dPCR primer og sonde koncentrationer at tillade multipleksede påvisning af RET eller ROS1 fusion varianter og kontrol-genet, glucuronidasesystemer-β (GUSB). Vi kombineret så de bedste betingelser fra hver af undersøgelserne, optimering i en låst slutprotokollen før du udfører analytisk valideringsundersøgelserne beskrevet i denne betænkning. Denne protokol og disse resultater danner grundlag for en hurtig og følsomme arbejdsproces til rutinemæssig påvisning af sjældne fusion varianter i omløb.
RET og ROS1 rearrangementer tilsammen udgør ~ 3% af driver mutationerne i NSCLC befolkning18. Selv om sjældne, er påvisning af disse genetiske ændringer afgørende. NSCLC patienter med disse ændringer kan drage fordel af målrettede therapeutics, der specifikt hæmmer den afvigende kinase aktivitet, at resultaterne fra Kræftpsykologisk-protein13. Nogle sådanne behandlinger er allerede godkendt af FDA til brug i ROS1 positive NSCLC, mens andre har vist sig for at være effektiv mod RET i kliniske forsøg19.
Digital PCR teknologien giver følsomhed, der er ideel til flydende biopsi programmer20. Der har været betydelige vedtagelse af denne teknologi til brug med cirkulerende celle-gratis DNA til måling af tumor mutationer hos patienter med NSCLC4,6,21,22,23 . Ud over cfDNA udviklede vi en protokol, der er designet til robuste måling af de mest udbredte fusion varianter hos patienter med NSCLC fra cirkulerende tumor RNA (fig. 1A)10.
Vores etableret protokol giver mulighed for analytisk påvisningsgrænser ned til 0,2% (figur 2). Mens RT-dPCR er usædvanlig særlige og følsomme, er assays begrænset til panelet af kendte fusion varianter, der er valgt og multipleksede til påvisning i PCR assay. Således skal fusioner skal medtages i multipleksede assays vælges omhyggeligt at sikre ordentlig dækning i population af patienter med NSCLC. Vi har med succes udviklet assays til RET og ROS1 der samtidig registrerer otte fusion varianter resulterende fra rearrangementer af RET eller ROS1 loci og dækker 99% og 88% af den RET og ROS1 positive befolkning, henholdsvis (figur 1B-C )17.
Den endelige test arbejdsproces som beskrevet i denne undersøgelse omfatter batch kontrol for at sikre konsistens af resultater. Disse kontrolelementer omfatter både en positiv analytiske standard samt to negative kontroller, der i fællesskab sørge for der er ingen forurening eller PCR hæmning indtræffer inden for batch (figur 3). For at sikre robusthed af analysen, blev en undersøgelse udført ved hjælp af batch kontrol over en 21-dages periode (figur 3D, H). Disse data at påvise sammenhængen af RNA-processen som fastsat i denne protokol.
God laboratorie praksis og passende RNA håndtering er centrale elementer til at sikre robuste og præcise resultater. Laboratorie plads og udstyr dedikeret til brug med RNA, rengøring af udstyr efter hver brug, ved hjælp af RNase-fri reagenser og forbrugsvarer, og anvender en RNase inaktivering spray til arbejdsplads alle bidrage til at reducere forurenende RNases. Omhyggelig håndtering af RNA prøver af teknikere, herunder en dedikeret laboratoriekittel, hyppige handske ændringer, arbejder hurtigt gennem ekstraktionsmetode RNA og holde prøver på is er af yderste vigtighed at bevare prøve integritet. Når RNA er blevet omvendt transskriberet til cDNA, er prøven i en mere stabil form, der er mindre udsat for nedbrydning. Ud over praksis, der understøtter RNA integritet, bør PCR komponenter og prøver opretholdes i adskilte områder for at undgå krydskontaminering, der kan føre til falsk-positive resultater. Stock PCR-reagenser og forberedelse af PCR master mix bør holdes adskilt fra PCR skabeloner og stor omhu bør tages til at adskille forstærket skabelon (post-PCR) fra alle pre forstærkede materialer herunder reagenser, RNA og cDNA prøver. Endelig, ordentlig generation og håndtering af emulgerede PCR blander før forstærkning er central for vedligeholdelse dråben integritet og optimale dPCR betingelser. Forholdsregler som disse er kritisk under udførelsen af denne protokol til at opnå ensartede og præcise resultater. Alle data bør undersøges af uddannet personale før udgivelsen af resultater være sikker på at alle QC målinger er blevet opfyldt. Ved suboptimale resultater (figur 4), kladden skal revideres af teknisk personale og laboratorie instruktør og kan kræve genbehandling.
RT-dPCR resultater kan fremstilles så tidligt som i 24 timer fra prøve modtagelsen og 95% af prøveresultater inden for de test, der anvendes i denne undersøgelse (n = 984) blev rapporteret til den bestilling læge i mindre end 72 timer fra modtagelsen (figur 5). Denne turn-around tid giver læger med meget behov for Molekylær information i en tidsramme, der giver mulighed for indledningen af den passende behandling. Disse resultater er typisk tilgængelige tidligere end dem, der opnås ved hjælp af en konventionel væv biopsi. Yderligere biomarkører for NSCLC og andre kræftformer kan udvikles ved hjælp af tilsvarende cirkulerende RNA-baserede metoder, og vil drage fordel af de samme hurtige tid-til-resultater. For eksempel, kunne måling af programmeret død Ligand 1 (PD-L1) mRNA udskrift ved hjælp af RT-dPCR oplyse læger om immunterapi muligheder. Der er også en voksende interesse for nytten af flydende biopsi og dPCR i overvågning for terapeutisk virkning. Tidligere angivelser af genopblussen af tumor ved hjælp af genomisk testning for bestemte varianter kan tillade læger til at justere behandlingsregimer før patienterne er symptomatisk af standard pleje foranstaltninger såsom imaging24. Protokoller som rapporteret i denne undersøgelse er ideel til overvågning på grund af deres ikke-invasiv, følsomhed, hurtig turn-around tid og omkostningseffektivitet. Analysen beskrevet heri giver resultater indenfor 72 timer fra prøven modtagelse med minimal falsk-positive opdagelse takster, som letter hurtig behandling beslutninger og omgår nogle begrænsninger opleves med væv-baserede test4.
Vores protokol og data viser en robust testsystem til identifikation af lav overflod RNA varianter samt potentialet for blod-baserede mutation testning i klinisk praksis. For de patienter, der ikke har en handlingsrettede driver tilgange mutation identificeret ved hurtig målrettet flydende biopsi som denne ene, tilsætning af mere omfattende genomet og proteomet test fra både væv og blod kan give endnu bredere kliniske oplysninger til støtte for planlægning af behandling.
The authors have nothing to disclose.
Vi takker vores samarbejdspartnere, Stephen Jones, Nia Charrington, Dr. Dianna Maar og Dr. Samantha Cooper fra Digital biologi Center (Bio-Rad Inc. CA) for deres design, assay støtte; Nezar Rghei og Dr. Moemen Abdalla (Norgen Biotek, Canada) for kritiske rådgivning når du optimerer RNA udvinding protokol; og Shannon Campbell, Scott Thurston, Jeff Fensterer, Shannon Martello og Joellyn Enosh for bistand med test krav og kommercielle overvågning.
Ultrapure Distilled Water (DNAse, RNAse Free) (500 mL) | Life Technologies | 10977-015 | 1604071 |
Ultrapure Distilled Water (DNAse, RNAse Free) (500 mL) | Life Technologies | 10977-015 | 1809353 |
Nuclease-free water (molecular grade) | Ambion | AM9938 | 1604071 |
Nuclease-free water (molecular grade) | Ambion | AM9938 | 1606077 |
Phosphate Buffered Saline 1X, Sterile | Amresco | K812-500mL | 1446C189 |
Phosphate Buffered Saline 1X, Sterile – 500 mL | Invitrogen | 10010023 | 1916C092 |
RNase Zap (Life Tech) (250 mL) | Ambion | AM9780 | 353952 |
Beta-Mercaptoethanol (BME) (250 mL) | CalbioChem | 6050 | W105B |
OmniPur Ethyl Alcohol | CalbioChem | 4455-4L | 56054611 |
OmniPur Ethyl Alcohol | CalbioChem | 4455-4L | 56238638 |
Isopropyl Alcohol | VWR | 0918-4L | 2116C416 |
TranscriptAid T7 High Yield Transcription Kit | Thermo Scientific | K0441 | 403648 |
TranscriptAid T7 High Yield Transcription Kit | Thermo Scientific | K0441 | 288461 |
DNase I | Thermo | K0441 | 371299 |
QIAzol Lysis Reagent | Qiagen | 79306 | 54809699 |
20x TE buffer pH 8.0 | Alfa Aesar | J62388 | R13C548 |
UltraPure Agarose | Invitrogen | 16500-100 | 552730 |
10x TBE buffer | Invitrogen | AM9863 | 353065 |
Cell-Free RNA BCT | Streck | 218976 | 60110327 |
Cell-Free RNA BCT | Streck | 218976 | 61900327 |
Cell-Free RNA BCT | Streck | 218976 | 61480327 |
Cell-Free RNA BCT | Streck | 218976 | 62320327 |
Plasma/Serum Circulating and Exosomal RNA Purification Kit (Slurry Format) 50 preps | Norgen | 42800 | 585849 |
Plasma/Serum Circulating and Exosomal RNA Purification Kit (Slurry Format) 50 preps | Norgen | 42800 | 588308 |
Lysis Buffer | Norgen | 21205 | A5F61E |
RNA Cleanup and Concentration Micro-Elute Kit (Norgen) 50 preps | Norgen | 61000 | 585848 |
RNA Cleanup and Concentration Micro-Elute Kit (Norgen) 50 preps | Norgen | 61000 | 588309 |
DNA Clean and ConcentratorTM- 5 200 preps (samples) | Zymo | D4014 | ZRC186976 |
DNA Clean and ConcentratorTM- 5 200 preps (samples) | Zymo | D4014 | ZRC188077 |
DNA Clean and ConcentratorTM- 5 200 preps (samples) | Zymo | D4014 | ZRC188413 |
Collection Tubes 500 pack | Zymo | C1001-500 | N/A |
SuperScript IV First Strand Synthesis System 200 rxn (samples) | Life Technologies | 18091200 | 391657 |
SuperScript IV First Strand Synthesis System 200 rxn (samples) | Life Technologies | 18091200 | 392504 |
SuperScript IV First Strand Synthesis System 200 rxn (samples) | Life Technologies | 18091200 | 448001 |
SuperScript IV Reverse Transcriptase | Life Technologies | 18090200 | 451702 |
Qubit HS RNA Assay Kit (500) | Life Technologies | Q32854 | 1745264 |
Qubit assay tubes (500) | Life Technologies | Q32856 | 13416Q311 |
ddPCR Supermix for Probes (no dUTP) | Bio-Rad | 1863023 | 64031651 |
ddPCR Supermix for Probes (no dUTP) | Bio-Rad | 1863023 | 64063941 |
ddPCR Supermix for Probes (no dUTP) | Bio-Rad | 1863023 | 64065740 |
ddPCR Supermix for Probes (no dUTP) | Bio-Rad | 1863023 | 64065741 |
ddPCR Supermix for Probes (no dUTP) | Bio-Rad | 1863023 | 64079083 |
ddPCR Buffer Control for Probes | Bio-Rad | 1863052 | 64025320 |
ddPCR Buffer Control for Probes | Bio-Rad | 1863052 | 64052358 |
gBlock KIF5B-RET K15:R12 | IDT | 151004172 | 4-Oct-16 |
gBlock KIF5B-RET K16:R12 | IDT | 151004173 | 4-Oct-16 |
gBlock KIF5B-RET K22:R12 | IDT | 151004174 | 4-Oct-16 |
gBlock KIF5B-RET K23:R12 | IDT | 151004175 | 4-Oct-16 |
gBlock KIF5B-RET K24:R11 | IDT | 151004176 | 4-Oct-16 |
gBlock KIF5B-RET K24:R8 | IDT | 151004177 | 4-Oct-16 |
gBlock CCDC6-RET C1:R12 | IDT | 151004178 | 4-Oct-16 |
gBlock TRIM33-RET T14:R12 | IDT | 151004179 | 4-Oct-16 |
RET exon 8 RT Gene Specific Primer | IDT | 150554385 | 28-Sep-16 |
5’-CTCCACTCACACCTG-3’ | IDT | 150554385 | 28-Sep-16 |
RET exon 11 RT Gene Specific Primer | IDT | 150554384 | 28-Sep-16 |
5’-GCAAACTTGTGGTAGCAG-3’ | IDT | 150554384 | 28-Sep-16 |
RET exon 12 RT Gene Specific Primer | IDT | 150554383 | 28-Sep-16 |
5’-CTGCCTTTCAGATGGAAG-3’ | IDT | 150554383 | 28-Sep-16 |
gBlock CD74-ROS1 C6:R34 | IDT | 152324366 | 15-Nov-16 |
gBlock CD74-ROS1 C6:R32 | IDT | 152324367 | 15-Nov-16 |
gBlock SDC4-ROS1 S2:R32 | IDT | 152324368 | 15-Nov-16 |
gBlock SDC4-ROS1 S2:R34 | IDT | 152324369 | 15-Nov-16 |
gBlock S13del2046-ROS1 S13del2046:R32 | IDT | 152324370 | 15-Nov-16 |
gBlock S13del2046-ROS1 S13del2046:R34 | IDT | 152324371 | 15-Nov-16 |
gBlock EZR-ROS1 E10:R34 | IDT | 152324372 | 15-Nov-16 |
gBlock TPM3-ROS1 T8:R35 | IDT | 152324373 | 15-Nov-16 |
ROS1 exon 34 RT Gene Specific Primer | IDT | 152704983 | 21-Nov-16 |
5’-CCTTCCTTGGCACTTT-3’ | IDT | 152704983 | 21-Nov-16 |
ROS1 exon 35 RT Gene Specific Primer | IDT | 152704985 | 21-Nov-16 |
5’-CTCTTGGGTTGGAAGAGTATG-3’ | IDT | 152704985 | 21-Nov-16 |
ALK Gene Specific Primer | IDT | 140035422 | 26-Aug-16 |
5’-CAGTAGTTGGGGTTGTAGTCG-3’ | IDT | 140035422 | 26-Aug-16 |
EML4-ALK Cell line pellet | Horizon Discovery | N/A | 11-Jun-15 |
SLC34A2-ROS1 Cell line pellet | Horizon Discovery | N/A | 11-Jun-15 |
CCDC6-RET Cell line pellet | Horizon Discovery | N/A | 11-Jun-15 |
Human Brain Total RNA | Ambion | AM7962 | 1703548 |
PrimePCR ddPCR Expert Design Assay: K15:R12 | Bio-Rad | N/A | 17-Aug-16 |
PrimePCR ddPCR Expert Design Assay: K16:R12 | Bio-Rad | N/A | 17-Aug-16 |
PrimePCR ddPCR Expert Design Assay: K22:R12 | Bio-Rad | N/A | 17-Aug-16 |
PrimePCR ddPCR Expert Design Assay: K23:R12 | Bio-Rad | N/A | 17-Aug-16 |
PrimePCR ddPCR Expert Design Assay: K24:R11 | Bio-Rad | N/A | 17-Aug-16 |
PrimePCR ddPCR Expert Design Assay: K24:R8 | Bio-Rad | N/A | 17-Aug-16 |
PrimePCR ddPCR Expert Design Assay: C1:R12 | Bio-Rad | N/A | 17-Aug-16 |
PrimePCR ddPCR Expert Design Assay: T14:R12 | Bio-Rad | N/A | 17-Aug-16 |
PrimePCR ddPCR Expert Design Assay: C6:R34 | Bio-Rad /Biodesix | N/A | 6-Dec-16 |
PrimePCR ddPCR Expert Design Assay: C6:R32 | Bio-Rad /Biodesix | N/A | 6-Dec-16 |
PrimePCR ddPCR Expert Design Assay: S2:R32 | Bio-Rad /Biodesix | N/A | 6-Dec-16 |
PrimePCR ddPCR Expert Design Assay: S2:R34 | Bio-Rad /Biodesix | N/A | 6-Dec-16 |
PrimePCR ddPCR Expert Design Assay: S13del2046:R32 | Bio-Rad /Biodesix | N/A | 6-Dec-16 |
PrimePCR ddPCR Expert Design Assay: S13del2046:R34 | Bio-Rad /Biodesix | N/A | 6-Dec-16 |
PrimePCR ddPCR Expert Design Assay: E10:R34 | Bio-Rad /Biodesix | N/A | 6-Dec-16 |
PrimePCR ddPCR Expert Design Assay: T8:R35 | Bio-Rad /Biodesix | N/A | 6-Dec-16 |
(version 2) | Bio-Rad | 12003909 | 213939881 |
PrimePCR ddPCR Expert Design Assay: ROS1 Multiplex (version 3.2) | Bio-Rad | N/A | 13-Dec-16 |
PrimePCR ddPCR Expert Design Assay: ROS1 Multiplex (version 3.2) | Bio-Rad | N/A | 20170112v3.2 |
PrimePCR ddPCR Gene Expression Probe Assay: GUSB, Human | Bio-Rad | 10031257 | 212851151 |
PrimePCR ddPCR Gene Expression Probe Assay: GUSB, Human | Bio-Rad | 10031257 | 207383915 |
PrimePCR ddPCR Gene Expression Probe Assay: GUSB, Human | Bio-Rad | 10031257 | 195995635 |
PrimePCR ddPCR Gene Expression Probe Assay: GUSB, Human | Bio-Rad | 10031257 | 212851152 |
PrimePCR ddPCR Gene Expression Probe Assay: GUSB, Human | Bio-Rad | 10031257 | 213949301 |
PrimePCR ddPCR Expert Design Assay: EML4-ALK | Bio-Rad | 12003909 | 20160914 |
PrimePCR ddPCR Expert Design Assay: EML4-ALK | Bio-Rad | 12003909 | 211383227 |
Droplet Generation Oil for Probes | Bio-Rad | 186-3005 | 1065C220 |
Droplet Generation Oil for Probes | Bio-Rad | 186-3005 | 64052953 |
Droplet Generation Oil for Probes | Bio-Rad | 186-3005 | 64052358 |
Automated Droplet Generation Oil for Probes (20×96) | Bio-Rad | 186-4110 | 1065C320 |
Automated Droplet Generation Oil for Probes (20×96) | Bio-Rad | 186-4110 | 64052952 |
Automated Droplet Generation Oil for Probes (20×96) | Bio-Rad | 186-4110 | 64064127 |
DG8 Cartridges for QX100/QX200 Droplet Generator | Bio-Rad | 186-4008 | C000065883 |
DG8 Cartridges for QX100/QX200 Droplet Generator | Bio-Rad | 186-4008 | C000084276 |
DG8 Cartridges for QX100/QX200 Droplet Generator | Bio-Rad | 186-4008 | C000079928 |
DG8 Cartridges for QX100/QX200 Droplet Generator | Bio-Rad | 186-4008 | C000084395 |
DG8 Cartridges for QX100/QX200 Droplet Generator | Bio-Rad | 186-4008 | C000084634 |
Droplet Generator DG8 Gasket | Bio-Rad | 186-3009 | 20160627 |
Droplet Generator DG8 Gasket | Bio-Rad | 186-3009 | 20161107 |
Droplet Generator DG8 Gasket | Bio-Rad | 186-3009 | 20161206 |
Droplet Generator DG8 Gasket | Bio-Rad | 186-3009 | 20161216 |
Droplet Generator DG8 Gasket | Bio-Rad | 186-3009 | 20170125 |
Pipet Tips for Automated Droplet Generator | Bio-Rad | 1864120 | PR125340 |
DG32 Cartridge for Automated Droplet Generator (10-96 well plates) | Bio-Rad | 186-4108 | 206894 |
DG32 Cartridge for Automated Droplet Generator (10-96 well plates) | Bio-Rad | 186-4108 | 206893 |
Pierceable Foil Heat Seal | Bio-Rad | 1814040 | 1409850 |
Pierceable Foil Heat Seal | Bio-Rad | 1814040 | 100402 |
Pierceable Foil Heat Seal | Bio-Rad | 1814040 | 145851 |
Microseal 'B' seals | Bio-Rad | MSB1001 | BR00428490 |
ddPCR Droplet Reader Oil | Bio-Rad | 186-3004 | 64039089 |
ddPCR Droplet Reader Oil | Bio-Rad | 186-3004 | 64049253 |
ddPCR Droplet Reader Oil | Bio-Rad | 186-3004 | 64049255 |
ddPCR Droplet Reader Oil | Bio-Rad | 186-3004 | 64081870 |
DNA Lo Bind Tube 0.5 mL | Eppendorf | 22431005 | E1629620 |
DNA Lo Bind Tube 1.5 mL | Eppendorf | 22431021 | F16698K |
DNA Lo Bind Tube 2 mL | Eppendorf | 22431048 | E160610I |
50 mL Conicals, Polypropylene (25) | Thermo | 339652 | G5ZF5W8118 |
TempAssure PCR 8-Strips, Optical Caps, Natural, polypropylene (120) | USA Scientific | 1402-4700 | 16202 |
For Rainin LTS Pipettors 0.5-20 µL tips | Pipette.com | LF-20 | 40155-642C4-642C |
For Rainin LTS Pipettors 5-200 µL tips | Pipette.com | LF-250 | 40154-642C4-642B |
Tips LTS 200 ul Filter 960/10 RT-L200F (10 boxes) | Rainin | 17002927 | 1635 |
Pipet Tips, 10 ul TipOne RPT ultra low retention filter tip refill cassette, sterile | USA Scientific | 1181-3710 | F1175551-1108 |
Pipet Tips, 10 ul TipOne RPT ultra low retention filter tip refill cassette, sterile | USA Scientific | 1181-3710 | F118054L-1720 |
Pipet Tips, 100 ul TipOne RPT ultra low retention filter tip refill cassette, sterile (10×96) | USA Scientific | 1180-1740 | 0014961Q-2501 |
Pipet Tips, 200 ul TipOne RPT ultra low retention filter tip refill cassette, sterile | USA Scientific | 1180-8710 | E116684P-1540 |
Pipet Tips, 1000 ul XL TipOne RPT ultra low retention filter tip refill cassette, sterile (10×96) | USA Scientific | 1182-1730 | F118815P |
5 mL Standard Racked Gilson-fit Reference Tips | Scientific Specialties | 4411-00 | 14312 |
Combitips advanced, 0.1 mL Biopur | Eppendorf | 003 008 9618 | F165414H |
Combitips advanced, 0.2 mL Biopur | Eppendorf | 0030 089.626 | F166689J |
Combitips advanced, 5 mL Biopur | Eppendorf | 0030.089 669 | F166054J |
Combitips advanced, 50 mL Biopur | Eppendorf | 003.008.9693 | F166055I |
Reagent Reservoir | VWR | 89094-680 | 141500 |
Twin tec PCR Plate 96, semi-skirted, Clear | Eppendorf | 951020303 | E163697P |
Twin tec PCR Plate 96, semi-skirted, Clear | Eppendorf | 951020303 | F165029I |
Twin tec PCR Plate 96, semi-skirted, Clear | Eppendorf | 951020303 | F165028G |
Twin tec PCR Plate 96, semi-skirted, Clear | Eppendorf | 951020303 | E163697P |
Twin tec PCR Plate 96, semi-skirted, Green | Eppendorf | 951020346 | F166183K |
Equipment Type | Equipment ID | ||
Analytical Balance | EQP0125 | ||
Cryogenic Freezer 1, -80oC | EQP0095 | ||
Refrigerator 6.1 cu ft GP06W1AREF | EQP0139 | ||
-20oC Freezer | EQP0140 | ||
Beckman Coulter Microfuge 22R | EQP0025 | ||
Beckman Coulter Microfuge 22R | EQP0124 | ||
Thermo Scientific Hereaus Megafuge 8 | EQP0104 | ||
Mini Centrifuge | EQP0131 | ||
Mini Centrifuge | EQP0136 | ||
Mini Centrifuge | EQP0134 | ||
Mini Centrifuge | EQP0235 | ||
Mini Centrifuge | EQP0216 | ||
Thermo Scientific HeraTherm Incubator | EQP0105 | ||
Pipette 0.1 – 2.5 μL | EQP0182 | ||
Pipette 0.1 – 2.5 μL | EQP0072 | ||
Pipette 0.1 – 2.5 μL | EQP0070 | ||
Pipette 0.5-10 μL | EQP0218 | ||
Pipette 0.5-10 μL | EQP0075 | ||
Pipette 0.5-10 μL | EQP0169 | ||
Pipette 0.5-10 μL | EQP0074 | ||
Pipette 0.5-10 μL | EQP0147 | ||
Pipette 2 – 20 μL | EQP0128 | ||
Pipette 2 – 20 μL | EQP0160 | ||
Pipette 2 – 20 μL | EQP0018 | ||
Pipette 2 – 20 μL | EQP0146 | ||
Pipette 10 – 100 μL | EQP0079 | ||
Pipette 10 – 100 μL | EQP0181 | ||
Pipette 10 – 100 μL | EQP0085 | ||
Pipette 10 – 100 μL | EQP0077 | ||
Pipette 20 – 200 μL | EQP0088 | ||
Pipette 20 – 200 μL | EQP0087 | ||
Pipette 20 – 200 μL | EQP0231 | ||
Pipette 100 – 1000 μL | EQP0050 | ||
Pipette 100 – 1000 μL | EQP0158 | ||
Pipette 100 – 1000 μL | EQP0217 | ||
Pipette 100 – 1000 μL | EQP0082 | ||
Pipette 100 – 1000 μL | EQP0183 | ||
Pipette 100 – 1000 μL | EQP0083 | ||
Pipette 5 mL | EQP0153 | ||
Timer | S/N 140623950 | ||
Hamilton SafeAire VAV Fume Hood | EQP0206 | ||
Biosafety Cabinet | EQP0205 | ||
Biosafety Cabinet | EQP0204 | ||
Qubit 3.0 | EQP0102 | ||
Benchmark Digital Heat Block | EQP0108 | ||
Benchmark Digital Heat Block | EQP0231 | ||
Polaroid Z2300 Instant Print Digital Gel Camera with WiFi and 16GB SDHC memory card | EQP0111 | ||
Electrophoresis Power Unit | EQP0113 | ||
Electrophoresis Small Gel Box | EQP0116 | ||
Maestro Transilluminator | EQP0118 | ||
Microwave | EQP0215 | ||
Multichannel 8-well Pipette 2 - 20 μL | EQP0207 | ||
Multichannel 8-well Pipette 10 – 100 μL | EQP0090 | ||
Rainin Multichannel 8-well Pipette 50 μL | EQP0094 | ||
Rainin Multichannel 8-well Pipette 50 μL | EQP0161 | ||
Rainin Multichannel 8-well Pipette 50 μL | EQP0162 | ||
Rainin Multichannel 8-well Pipette 50 μL | EQP0163 | ||
Vortex Genie 2 | EQP0052 | ||
Vortex Genie 2 | EQP0007 | ||
Vortex Genie 2 | EQP0132 | ||
Vortex Genie 2 | EQP0137 | ||
Vortex Genie 2 | EQP0135 | ||
Air Clean PCR Workstation | EQP0203 | ||
Air Clean PCR Workstation | EQP0096 | ||
Air Clean PCR Workstation | EQP0148 | ||
Air Clean PCR Workstation | EQP0097 | ||
QX200 Droplet Generator | EQP0202 | ||
QX200 Droplet Generator | EQP0121 | ||
Automated Droplet Generator | EQP0179 | ||
PX1 PCR Plate Sealer | EQP0123 | ||
PX1 PCR Plate Sealer | EQP0186 | ||
C1000 Touch Cycler w/96W FS RM | EQP0120 | ||
S1000 Cycler w/96W FS RM | EQP0174 | ||
S1000 Cycler w/96W FS RM | EQP0173 | ||
T100 Thermal Cycler | EQP0180 | ||
T100 Thermal Cycler | EQP0175 | ||
QX200 Droplet Reader | EQP0194 | ||
QX200 Droplet Reader | EQP0122 |