सूखे रक्त और सीरम स्पॉट नमूना भंडारण के लिए एक उपयोगी उपकरण के रूप में कैंसर के लिए मार्क्स का मूल्यांकन
Summary
इस प्रोटोकॉल एक सरल और उपयोगी विधि का वर्णन करने के लिए परिधीय रक्त और सीरम की दुकान ऐसे एकल न्यूक्लियोटाइड बहुरूपता (SNP) मूल्यांकन और एलिसा परख के रूप में बहाव के विश्लेषण के लिए/
Abstract
रक्त नमूना गुणवत्ता वास्तविक समय पीसीआर या एलिसा के रूप में सटीक बहाव का विश्लेषण सुनिश्चित करने के लिए महत्वपूर्ण है । जैविक सामग्री का सही भंडारण reproducible और विश्वसनीय परिणाम प्राप्त करने के लिए प्रारंभिक बिंदु है । सभी नमूनों का इसी तरह से ब्लड कलेक्शन से लेकर स्टोरेज तक में इलाज होना चाहिए । विश्लेषण करने के लिए किया जा करने के लिए पर निर्भर करता है, पूरे रक्त और सीरम नमूने-20 डिग्री सेल्सियस या-८० ° c उपयोग तक संग्रहित किया जाना चाहिए. मल्टीपल फ्रीज-गल से बचने के लिए रक्त/सीरम के नमूने भी aliquoted होने चाहिए । एक अंय महत्वपूर्ण मुद्दा शिपमेंट के दौरान एक प्रयोगशाला से दूसरे करने के लिए नमूना शर्तों है । यदि सूखी बर्फ उपलब्ध नहीं है या शिपमेंट कुछ दिनों से अधिक समय लेता है, वैकल्पिक दृष्टिकोण की जरूरत है । एक विकल्प के लिए रक्त संग्रह के लिए फिल्टर पेपर का उपयोग है । यहां, हम रक्त और सीरम नमूना संग्रह है कि सूखे रक्त धब्बे (डीबीएस) और सूखे सीरम स्पॉट (DSS) का लाभ लेता है के लिए एक विधि का प्रस्ताव । हम प्रक्रिया विकसित वास्तविक समय पीसीआर द्वारा कुछ एकल न्यूक्लियोटाइड बहुरूपताओं (SNPs) के बहाव मूल्यांकन के लिए डीबीएस से डीएनए निकालने के लिए । हम भी एक एलिसा DSS से eluted प्रोटीन से शुरू परख अनुकूलित । इस विधि अंय एलिसा परख या प्रोटीन का मूल्यांकन प्रक्रियाओं के साथ इस्तेमाल किया जा सकता है ।
Introduction
कैंसर जैव मार्क्स में अनुसंधान का मुख्य उद्देश्य नए जैविक मापदंडों की पहचान है कि निदान के लिए इस्तेमाल किया जा सकता है, रोगी पूर्वानुमान की भविष्यवाणी के लिए, और निर्धारित करने के लिए कि क्या एक मरीज को एक विशिष्ट उपचार का जवाब होगा । यह अनुसंधान क्षेत्र अभिनव कैंसर उपचार की खोज के लिए मौलिक है और सिलवाया उपचार में एक महत्वपूर्ण भूमिका निभाता है ।
प्रक्रिया के दौरान बाहर किया गया है के प्रत्येक कदम के लिए मार्की पहचान और मांयता विश्वसनीय और reproducible होना चाहिए । शोधों के अनुसार शोध की सफलता के लिए एक आधारशिला रक्त और सीरम जैसे जैविक नमूनों का सही भंडारण है । यह उच्च गुणवत्ता जैविक सामग्री है कि आणविक जीव विज्ञान प्रयोगों या प्रोटीन परख प्रदर्शन करने के लिए इस्तेमाल किया जा सकता प्राप्त करने की दिशा में पहला कदम है ।
Multicenter अध्ययन अक्सर पर्याप्त मजबूत डेटा प्राप्त करने के लिए रोगियों की भर्ती करने की जरूरत है । नहीं सभी संस्थानों-८० डिग्री सेल्सियस पर नमूनों की दुकान या सूखी बर्फ में अंय अंतरराष्ट्रीय केंद्रों के लिए नमूने भेजने में सक्षम हैं । रक्त संग्रह के लिए फिल्टर पेपर का उपयोग रक्त और सीरम के भंडारण के लिए एक सरल तरीका है और इसके नमूनों की तत्काल जमने की आवश्यकता नहीं है1,2. रक्त या सीरम की एक बूंद कागज पर देखा जा सकता है, रात भर सूखी और फिर कमरे के तापमान1,2पर 14 दिनों के लिए संग्रहीत करने के लिए छोड़ दिया । इससे शोधकर्ताओं को नमूनों को अन्य प्रयोगशालाओं में भेजने का समय मिलता है । सूखे रक्त धब्बे (डीबीएस) और सूखे सीरम स्पॉट (DSS) का उपयोग इस प्रकार विकसित और विकासशील देशों में संस्थानों के बीच सहयोग को सरल कर सकता है ।
उपयोग की अपनी आसानी को देखते हुए, डीबीएस नमूना व्यापक रूप से सीरम वैज्ञानिक या आनुवंशिक बहाव के विश्लेषण के लिए परख के कई प्रकार में प्रयोग किया जाता है । उदाहरण के लिए, अतीत में, डीबीएस अक्सर विकासशील देशों में एचआईवी स्क्रीनिंग के लिए इस्तेमाल किया गया1,2,3,4,5। इस भंडारण विधि का एक और लाभ यह है कि रक्त के नमूनों को उंगली से एकत्र किया जा सकता है चुभन, इस प्रकार नवजात स्क्रीनिंग परीक्षण के लिए इसके उपयोग को सक्षम करने 6,7,8. आसान नमूना हैंडलिंग और परिवहन डीबीएस के आगे लाभ कर रहे हैं, विशेष रूप से दूरदराज के स्थलों में एकत्र नमूनों के लिए जहां कोई प्रयोगशाला उपकरण है । पिछले एक प्रकाशन में, हम डीबीएस और DSS का इस्तेमाल किया कोकेशियान और अफ्रीकी रोगियों9की एक श्रृंखला में विटामिन डी और विटामिन डी बाध्यकारी प्रोटीन (DBP) का परीक्षण । हमारे अफ्रीकी सहकर्मी सूखी बर्फ प्राप्त करने में सक्षम नहीं थे । जैविक मार्करों की तुलना करने के लिए दो जातीय आबादी के बीच विटामिन डी मार्ग में अंतर को समझने के लिए, हम आगे मानक शर्तों के तहत संग्रहीत नमूनों का उपयोग कर प्रक्रिया में सुधार और फिल्टर कागज पर । डीबीएस/DSS प्रक्रिया के अनुकूलन के बाद, हम दोनों साथियों में रोगी सीरम में DBP और विटामिन डी का विश्लेषण करने में सक्षम थे । हम भी कोकेशियान के लिए पूरे रक्त से डीएनए निष्कर्षण के बाद एकल न्यूक्लियोटाइड बहुरूपताओं (SNPs) के एक नंबर का मूल्यांकन किया और9अफ्रीकियों के लिए डीबीएस से । वर्तमान प्रोटोकॉल उच्च गुणवत्ता वाले रक्त के नमूनों की अनुमति देता है कि आणविक जीवविज्ञान से एलिसा परख को लेकर बहाव के विभिंन प्रकारों को प्रभावित किए बिना कमरे के तापमान पर संग्रहीत किया जाना है । यह उपयोग के लिए सिफारिश की है multicenter अध्ययन में जैविक सामग्री या केंद्रों है कि मानक भंडारण की स्थिति के लिए सुविधाएं नहीं है के लिए प्रबंधन । निम्न प्रोटोकॉल इन ऑप्टिमाइज़ की गई कार्यविधियों की परिणति का प्रतिनिधित्व करता है ।
Protocol
Representative Results
Discussion
इस प्रोटोकॉल फिल्टर कागज पर रक्त और सीरम भंडारण के लिए क्षमता की जांच जब प्रयोगशालाओं स्टाफ या रक्त के नमूनों की सही हैंडलिंग के लिए आवश्यक कने नहीं है । विशेष रूप से, पूरे रक्त या सीरम मानक ट्यूबों में ?…
Divulgations
The authors have nothing to disclose.
Acknowledgements
हम संपादकीय सहायता के लिए Gráinne Tierney शुक्रिया अदा करना चाहूंगा ।
Materials
| Whatman protein saver cards 903 Protein saver card, 100/pk | Sigma | Z761575 | Useful to store samples at room temperature for downstream analyses |
| Falcon Serological Pipettes, 5 mL | Stem cell | #38003 | |
| 50-200 µL tips | Star-Lab | S1120-8810 | |
| 1.5 mL centrifuge tube | Eppendorf | 4036-3204 | |
| QIAamp DNA microkit | Qiagen | 56304 | This is a DNA extraction kit designed to isolate small quantities of DNA |
| Buffer ATL (included in QIAamp DNA microkit) | Qiagen | This is reported as Lysis Buffer 1 in the text | |
| Buffer AL (included in QIAamp DNA microkit) | Qiagen | This is reported as Lysis Buffer 2 in the text | |
| QIAamp mini elute column | Qiagen | This is reported as column in the text | |
| AW1 (included in QIAamp DNA microkit) | Qiagen | This is reported as Wash Buffer 1 IN THE TEXT | |
| AW2 (included in QIAamp DNA microkit) | Qiagen | This is reported as Wash Buffer 2 in the text | |
| Human Vitamin D BP Quantikine ELISA Kit | R&D systems | DVDBP0 |
References
- Bertagnolio, S., et al. HIV-1 drug resistance surveillance using dried whole blood spots. Antivir Ther. 12 (1), 107-113 (2007).
- Mei, J. V., Alexander, J. R., Adam, B. W., Hannon, W. H. Use of filter paper for the collection and analysis of human whole blood specimens. J Nutr. 131 (5), 1631S-1636S (2001).
- Garrido, C., et al. Subtype variability, virological response and drug resistance assessed on dried blood spots collected from HIV patients on antiretroviral therapy in Angola. J Antimicrob Chemoth. 61 (3), 694-698 (2008).
- Steegen, K., et al. Feasibility of detecting human immunodeficiency virus type 1 drug resistance in DNA extracted from whole blood or dried blood spots. J Clin Microbiol. 45 (10), 3342-3351 (2007).
- Costenaro, P., et al. Viral load detection using dried blood spots in a cohort of HIV-1-infected children in Uganda: correlations with clinical and immunological criteria for treatment failure. J Clin Microbiol. 52 (7), 2665-2667 (2014).
- Gong, Z. H., Tian, G. L., Huang, Q. W., Wang, Y. M., Xu, H. P. Reduced glutathione and glutathione disulfide in the blood of glucose-6-phosphate dehydrogenase-deficient newborns. BMC Pediatr. 20 (17), 172 (2017).
- Lukacs, Z., Barr, M., Hamilton, J. Best practice in the measurement and interpretation of lysosomal acid lipase in dried blood spots using the inhibitor Lalistat 2. Clin Chim Acta. 471, 201-205 (2017).
- Skogstrand, P. T., Bent, N. P., Schendel, D. E., Sørensen, L. C., Hougaard, D. M. Simultaneous measurement of 25 inflammatory markers and neurotrophins in neonatal dried blood spots by immunoassay with xMAP technology. Clin Chem. 51 (10), 1854-1866 (2005).
- Amadori, D., et al. Vitamin D receptor polymorphisms or serum levels as key drivers of breast cancer development? The question of the vitamin D pathway. Oncotarget. 8 (8), 13142-13156 (2017).
- Gupta, B. P., Jayasuryan, N., Jameel, S. Direct detection of hepatitis B virus from dried blood spots by polymerase chain reaction amplification. J Clin Microbiol. 30 (8), 1913-1916 (1992).
- Colson, K. E., Potter, A., Conde-Glez, C., Hernandez, B., RíosZertuche, D., Zúñiga-Brenes, P. Use of a commercial ELISA for the detection of measles-specific immunoglobulin G (IgG) in dried blood spots collected from children living in low-resource settings. J Med Virol. 87 (9), 1491-1499 (2015).
- Drabe, C. H., Blauenfeldt, T., Ruhwald, M. ELISA-based assay for IP-10 detection from filter paper samples. Methods Mol Biol. 1172, 27-37 (2014).
- St Julien, K. R., et al. High quality genome-wide genotyping from archived dried blood spots without DNA amplification. PLoS One. 8 (5), e64710 (2013).
- Shaner, R. L., Schulze, N. D., Seymour, C., Hamelin, E. I., Thomas, J. D., Johnson, R. C. Quantitation of fentanyl analogs in dried blood spots by flow-through desorption coupled to online solid phase extraction tandem mass spectrometry. Anal Methods. 9, 3876-3883 (2017).
