Salmonella spp /Shigella spp sont pathogènes courants attribués à la diarrhée. Ici, nous décrivons une plate-forme haut débit pour la détection de Salmonella spp /Shigella spp., à l’aide de la PCR en temps réel combinée avec la culture guidée.
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Article de méthode
Une plate-forme haut débit pour la détection de Salmonella spp /Shigella spp.
Dans cet article
Résumé
Résumé
La transmission fécale-orale de gastro-entérite aiguë se produit de temps en temps, surtout quand les personnes qui manipulent les aliments et l’eau sont infectées par Salmonella spp/Shigella spp. La méthode de l’étalon-or pour la détection de Salmonella spp/Shigella spp est culture directe mais c’est long et fastidieux. Nous décrivons ici une plate-forme haut débit pour Salmonella spp/Shigella spp de dépistage, à l’aide de la PCR en temps réel (PCR) combiné avec la culture guidée. Il y a deux grandes étapes : PCR en temps réel et la culture guidée. Pour la première étape (PCR temps réel), nous expliquer chaque étape de la méthode : échantillons de collection, pré-enrichissement, extraction d’ADN et la PCR en temps réel. Si le résultat de la PCR en temps réel est positif, la deuxième étape (culture guidée) est réalisée : la culture sélective, identification biochimique et caractérisation sérologique. Nous illustrons aussi résultats représentatifs générés à partir d’elle. Le protocole décrit ici serait une plate-forme utile pour le dépistage rapide, précise, sensible et haut débit de Salmonella spp /Shigella spp.
Introduction
La diarrhée est toujours un problème de santé courant à forte incidence taux globalement1,2. Bien que la mortalité est relativement faible, certains patients présentent des symptômes divers pendant des semaines (par exemple, molles et aqueuses tabourets, une urgence à aller aux toilettes), qui rendent l’impact socioéconomique très élevé3,4. Plus sérieusement, certains patients peuvent même développer le syndrome du côlon irritable si laissé non traité5. Il existe différents types de bactéries, les virus et les parasites qui peuv....
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Protocole
Le protocole suit les lignes directrices établies par le Comité d’éthique de la recherche humaine de Zhuhai International Travel Centre de soins de santé. S’il vous plaît utiliser opération stérile standard pendant l’expérience.
1. préparation et Composition de milieux de Culture
- Préparer le bouillon nutritif : Dissoudre 1 % de peptone, 0,3 % d’extrait de boeuf, chlorure de sodium 0,5 %, 0,1 % de glucose en H2O, ajuster le pH à 7,5 et stériliser à 121 ° C pendant 15 min.
- Préparer le milieu Selenite Cystine : dissoudre la peptone de 0,5 %, 1 % Na2HCO3, 0,4 % de lactose, 0,4 % de sélénite d....
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Résultats
Le protocole a été appliqué pour le dépistage des espèces de Salmonella ouShigella spp tabouret anal échantillons de personnes qui traiterait de nourriture et eau.
Dans l’étape PCR en temps réel, comme illustré à la Figure 5A, il y avait une amplification réussie en canal HEX, ce qui signifie que l’échantillon mélangé est positif pour Salmonella spp. Puis .......
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Discussion
Depuis Salmonella spp /Shigella spp. sont souvent associés aux intoxications alimentaires et transmission fécale-orale de la gastro-entérite aiguë28,29 , et la méthode de routine est beaucoup de travail ou de longue durée 7, nous décrivons une plate-forme haut débit pour la Salmonella spp / le dépistageShigella spp., à l’aide de la PCR en temps réel combinée avec la culture guidée.
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Déclarations de divulgation
Les auteurs n’ont rien à divulguer.
Remerciements
Ce travail a été soutenu par la Science et technologie Programme de Zhuhai, Chine (subvention numéro 20171009E030064), la Science et technologie Programme de Guangdong, Chine (subvention numéro 2015A020211004) et la Science et technologie Programme de l’Administration générale de la Supervision de la qualité, Inspection et la quarantaine de la République populaire de Chine (numéro grant 2016IK302, 2017IK224).
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Matériaux
| Nom | Entreprise | Numéro de catalogue | Commentaires |
|---|---|---|---|
| Tris | Sigma | 10708976001 | |
| EDTA | Sigma | 798681 | |
| NP40 | Sigma | 11332473001 | |
| ddH2O | Takara | 9012 | |
| PrimeSTAR HS (Premix) | Takara | R040Q | |
| Bouillon nutritif | LandBridge | CM106 | |
| Gélose nutritive | LandBridge | CM107 | |
| Sélénite Cystine moyenne | LandBridge | CM225 | |
| XLD | LandBridge | CM219 | |
| MAC ; | LandBridge | CM908 | |
| Salmonella gélose chromogène | CHROMagar | SA130 | |
| Salmonella sérum diagnostique | Tianrun | SAL60 | |
| Shigella sérum diagnostique | Tianrun | SHI54 | |
| écouvillon anal (tube collecteur plus) | Huachenyang | ||
| diapositive | Mingsheng | 7102 | |
| micro-boucle | Weierkang | W511 | |
| incubateur | Jinghong | DNP-9082 | |
| autoclave | AUL | SS-325 | |
| bain sec | Jinghong | KB-20 | |
| système automatisé d’identification microbienne | bioMé ; rieux | VITEK2 | un autre système équivalent pourrait être utilisé |
| PCR fluorescente en temps réel | ThermoFisher | ABI7500 | autre machine équivalente pourrait être utilisée |
Références
- Roy, S. L., Scallan, E., Beach, M. J. The rate of acute gastrointestinal illness in developed countries. Journal of Water and Health. 4, Suppl 2 31-69 (2006).
- Wilking, H., et al. Acute gastrointestinal illness in adults in G....
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Réimpressions et autorisations
