Ce protocole montre comment utiliser le logiciel Auto-CHO pour la synthèse hiérarchique et programmable d'oligosaccharides. Il décrit également la procédure générale pour les expériences de détermination RRV et la glycosylation d'un pot de SSEA-4.
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Article de méthode
Synthèse hiérarchique et programmable d'oligosaccharide d'un pot
Dans cet article
Résumé
Résumé
Cet article présente un protocole expérimental général pour la synthèse programmable d'oligosaccharide d'un pot et démontre comment utiliser le logiciel Auto-CHO pour générer des solutions synthétiques potentielles. L'approche programmable de synthèse d'oligosaccharide d'un pot est conçue pour permettre la synthèse rapide d'oligosaccharide de grandes quantités utilisant des blocs de construction de thioglycoside (BBLs) avec l'ordre séquential approprié des valeurs relatives de réactivité (RRV). Auto-CHO est un logiciel multiplateforme avec une interface utilisateur graphique qui fournit des solutions synthétiques possibles pour la synthèse programmable d'oligosaccharide d'un pot en recherchant une bibliothèque BBL (contenant environ 150 BBL validés et 50 000 BBL virtuels) avec régression des vIV par le soutien de la régression vectorielle. L'algorithme de synthèse hiérarchique d'un pot a été implémenté dans Auto-CHO et utilise des fragments générés par des réactions d'un pot comme nouveaux BBLs. En outre, Auto-CHO permet aux utilisateurs de donner des commentaires pour les BBL virtuels pour garder ceux de valeur pour une utilisation ultérieure. La synthèse d'un pot de l'antigène embryonnaire 4 (SSEA-4), qui est un marqueur embryonnaire pluripotent de cellules souches embryonnaires, est démontrée dans ce travail.
Introduction
Les glucides sont omniprésents dans la nature1,2, mais leur présence et leur mode d'action restent un territoire inexploré, principalement en raison de l'accès difficile à cette classe de molécules3. Contrairement à la synthèse automatisée des oligopeptides et des oligonucléotides, le développement de la synthèse automatisée des oligosaccharides reste une tâche formidable, et les progrès ont été relativement lents.
Pour s'attaquer à ce problème, Wong et coll. ont mis au point la première méthode automatisée de synthèse des oligosaccharides à l'aide d'un logic....
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Protocole
1. Manipulation logicielle Auto-CHO
- Installation Java Runtime Environment : assurez-vous que l'environnement De course Java (JRE) a été installé dans l'appareil. Si JRE a été installé, passez à l'étape suivante, « initialisation logicielle »; sinon, téléchargez et installez JRE selon le système d'exploitation de l'utilisateur à l'adresse suivante : https://www.oracle.com/technetwork/java/javase/downloads/index.html.gt;.
- Initialisation du logiciel: aller sur le site Auto-CHO à l'un(https://sites.google.com/view/auto-cho/home-gt; et télécharger le logiciel selon le système d'exploitation. Actuellement, Auto-CHO prend en charge Windows, macOS et Ubunt....
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Résultats
Le résultat de recherche Auto-CHO basé sur les paramètres par défaut indique que SSEA-4 peut être synthétisé par une réaction d'un pot [2 à 1 3]. La figure 3 montre la capture d'écran logicielle du résultat de recherche SSEA-4. Lorsqu'un accepteur final de réduction du trisaccharide est sélectionné(figure 3, étiquette 1), le programme présente quatre solutions potentielles pour la requête. La première solution a un fragment (
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Discussion
Le logiciel Auto-CHO a été développé pour aider les chimistes à procéder à la synthèse hiérarchique et programmable d'oligosaccharides5. Auto-CHO a été construit par le langage de programmation Java. Il s'agit d'un logiciel GUI et multi-plateforme, qui prend actuellement en charge Windows, macOS, et Ubuntu. Le logiciel peut être téléchargé gratuitement pour le site Web auto-CHO à l'adresse suivante : https://sites.google.com/view/auto-cho/home-gt;, et son code source avec licence MIT peut être con.......
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Déclarations de divulgation
Les auteurs n'ont rien à révéler.
Remerciements
Ce travail a été appuyé par l'Academia Sinica, y compris le Programme du Sommet, le ministère des Sciences et de la Technologie [MOST 104-0210-01-09-02, MOST 105-0210-01-13-01, MOST 106-0210-01-15-02] et NSF (1664283).
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Matériaux
| Nom | Entreprise | Numéro de catalogue | Commentaires |
|---|---|---|---|
| Acétonitrile | Sigma-Aldrich | 75-05-8 | |
| Sulfate de magnésium anhydre | Sigma-Aldrich | 7487-88-9 | |
| Cérium et molybdate d’ammonium | TCI | C1794 | |
| Dichlorométhane | Sigma-Aldrich | 75-09-2 | |
| Dryérite | Sigma-Aldrich | 7778-18-9 | |
| Acétate d’éthyle | Sigma-Aldrich | 141-78-6 | |
| Méthanol | Sigma-Aldrich | 67-56-1 | |
| Tamis moléculaires 4 & Aring ; | Sigma-Aldrich | ||
| n-Hexane | Sigma-Aldrich | 110-54-3 | |
| N-Iodosuccinimide | Sigma-Aldrich | 516-12-1 | |
| Bicarbonate de sodium | Sigma-Aldrich | 144-55-8 | |
| Thiosulfate de sodium | Sigma-Aldrich | 10102-17-7 | |
| Toluène | Sigma-Aldrich | 108-88-3 | |
| Acide trifluorométhanesulfonique | Sigma-Aldrich | 1493-13-6 |
Références
- Apweiler, R., Hermjakob, H., Sharon, N. On the frequency of protein glycosylation, as deduced from analysis of the SWISS-PROT database. Biochimica Et Biophysica Acta. 1473 (1), 4-8 (1999).
- Sears, P., Wong, C. -H. Toward Automated Synthesis of Ol....
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Réimpressions et autorisations
