Bien que la microscopie électronique à balayage (SEM) soit largement utilisée pour l'analyse ultra-structurale de divers échantillons biologiques et non biologiques, les méthodes impliquées dans le traitement de différents échantillons biologiques impliquent des pratiques uniques. Toutes les pratiques conventionnelles décrites dans la littérature pour le traitement des échantillons trouvent encore des applications utiles, mais des changements subtils dans la préparation de l'échantillon peuvent modifier la qualité de l'image, ainsi que, introduire des artefacts. Par conséquent, l'utilisation d'une technique unique de préparation d'échantillons spécifique au type de tissu analysé est nécessaire pour obtenir une image de bonne qualité avec une résolution ultrastructurale. L'objectif de cette étude est de fournir les protocoles optimaux de préparation de l'échantillon pour l'imagerie des embryons, des coquilles d'œufs rigides et des cultures fongiques à l'aide de SEM. Les optimisations suivantes ont été recommandées pour donner de bons résultats pour les trois différents échantillons biologiques délicats étudiés. L'utilisation de fixatifs plus doux comme le paraformaldéhyde de 4 % ou le glutaraldéhyde de 3 % suivi de la déshydratation avec la série d'éthanol est obligatoire. Le mycélium fongique sur les blocs d'agar obtenus par les cultures de diapositives donne une meilleure intégrité ultrastructurale par rapport aux cultures prises directement à partir de plaques d'agar. Le séchage chimique des embryons avec HMDS permet le séchage sans introduire d'artefacts de tension de surface par rapport au séchage à points critiques. Le SMDM empêche la fissuration causée par le rétrécissement, car les échantillons sont moins cassants pendant le séchage. Cependant, pour la culture fongique, le séchage par point critique offre une qualité d'image acceptable par rapport au séchage chimique. Les coquilles d'œufs peuvent être représentées sans étapes de préparation spéciales, sauf pour un lavage complet et un séchage à l'air avant le montage. Les méthodes de préparation ont été normalisées en fonction de la qualité d'image acceptable obtenue à chaque essai.