رسم خرائط عالية الدقة للتفاعلات البروتينية-الحمض النووي في الخلايا العصبية المشتقة من الخلايا الجذعية الماوس باستخدام Chromatin immunoprecipitation-Exonuclease (ChIP-Exo)
Summary
ومن المهم تحديد المواقع التي تربط البروتينات عبر الجينوم بدقة لفهم تنظيم الجينات. هنا نصف طريقة رسم الخرائط الجينومية التي تعالج الحمض النووي المنامونة مناعية الكروماتين مع الهضم exonuclease (ChIP-exo) تليها تسلسل عالية الإنتاجية. هذه الطريقة بالكشف عن البروتين والحمض النووي التفاعلات مع قرب قاعدة زوج قرار رسم الخرائط وارتفاع نسبة الإشارة إلى الضوضاء في الخلايا العصبية الثديية.
Abstract
تحديد تفاعلات محددة البروتين والحمض النووي على الجينوم مهم لفهم تنظيم الجينات. يستخدم على نطاق واسع Chromatin المناعية إلى جانب تسلسل عالية الإنتاجية (ChIP-seq) لتحديد مواقع الربط على نطاق الجينوم من البروتينات التي تُربط الحمض النووي. ومع ذلك، فإن أسلوب ChIP-seq محدود من خلال عدم تجانسه في طول شظايا الحمض النووي سونيكاتيد والحمض النووي الخلفية غير محددة، مما يؤدي إلى انخفاض دقة رسم الخرائط وعدم اليقين في مواقع ربط الحمض النووي. للتغلب على هذه القيود ، فإن الجمع بين ChIP مع الهضم exonuclease (ChIP -exo) يستخدم 5 ‘إلى 3’ هضم exonuclease لتقليم الحمض النووي غير المتجانسة الحجم المناعي إلى موقع الربط عبر الحمض النووي البروتين. العلاج exonuclease يزيل أيضا الحمض النووي الخلفية غير محددة. ويمكن إرسال الحمض النووي المعد للمكتبة والمهضم من قبل المكتبات لتسلسل عالي الإنتاجية. يسمح أسلوب ChIP-exo بدقة تعيين زوج قاعدة قريبة مع حساسية الكشف أكبر وإشارة خلفية مخفضة. ويرد أدناه وصف لبروتوكول ChIP-exo الأمثل لخلايا الثدييات وتسلسل الجيل التالي.
Introduction
توفر مواقع تفاعلات البروتين والحمض النووي نظرة ثاقبة على آليات تنظيم الجينات. وقد استخدمت كروماتين المناعي إلى جانب تسلسل عالية الإنتاجية (ChIP-eq) لعقد من الزمن لدراسة التفاعلات على نطاق الجينوم البروتين والحمض النووي في الخلايا الحية1,2. ومع ذلك، فإن طريقة ChIP-seq محدودة بسبب التغايرية في تجزئة الحمض النووي وتلوث الحمض النووي غير المقيد الذي يؤدي إلى دقة رسم خرائط منخفضة، وإيجابيات كاذبة، ومكالمات لم يتم الحصول عليها، وإشارة خلفية غير محددة. مزيج من ChIP مع الهضم exonuclease (ChIP-exo) يحسن على طريقة ChIP-seq عن طريق تقليم الحمض النووي ChIP إلى نقاط الربط بين البروتين والحمض النووي، وتوفير قرب قاعدة القرار زوج وإشارة خلفية منخفضة3،4،5. قرار رسم الخرائط المحسن بشكل كبير والخلفية المنخفضة التي يوفرها ChIP-exo تسمح بتحديد مواقع ربط البروتين والحمض النووي الدقيقة والشاملة عبر الجينوم. ChIP-exo قادرة على الكشف عن زخارف متميزة وظيفيا الحمض النووي ملزمة، والتفاعلات التعاونية بين عوامل النسخ (TF)، ومتعددة مواقع ربط البروتين والحمض النووي في موقع معين ملزم الجينوم، لا يمكن الكشف عنها من قبل طرق أخرى لرسم الخرائط الجينومية3،4،6،7.
تم استخدام ChIP-exo في البداية في الخميرة الناشئة لفحص ربط الحمض النووي للتسلسل المحدد من TFs ، لدراسة التنظيم الدقيق لمجمع النسخ قبل البدء ، وبنية النوية الفرعية للستونات الفردية عبر الجينوم4،8،9. منذ إدخالها في 20114، تم استخدام ChIP-exo بنجاح في العديد من الكائنات الحية الأخرى بما في ذلك البكتيريا والفئران والخلايا البشرية7،10،11،12،13،14،15،16،17. في عام 2016 ، استخدم Rhee etal. 14 ChIP-exo في الخلايا العصبية الثديية لأول مرة لفهم كيفية الحفاظ على التعبير الجيني العصبي بعد التنظيم الهابط للبرمجة TF Lhx3 ، والتي تشكل مجمع heterodimer مع برمجة أخرى TF Isl1. وأظهرت هذه الدراسة أنه في غياب Lhx3، Isl1 يتم تجنيدها إلى معززات الخلايا العصبية الجديدة ملزمة Onecut1 TF للحفاظ على التعبير الجيني للجينات أثر الخلايا العصبية. في هذه الدراسة، كشف ChIP-exo كيف أن العديد من TFs تتعرف بشكل حيوي على نوع الخلية والعناصر التنظيمية للحمض النووي الخاصة بالمرحلة الخاصة بالخلايا بطريقة الجمع بين النوكليوتيدات القريبة من دقة رسم الخرائط. واستخدمت دراسات أخرى أيضا طريقة ChIP-exo لفهم التفاعل بين البروتينات والحمض النووي في خطوط خلايا الثدييات الأخرى. استخدم Han etal. 7 ChIP-exo لفحص تنظيم على نطاق الجينوم لـ GATA1 و TAL1 TFs في خلايا erythroid الماوس باستخدام ChIP-exo. وجدت هذه الدراسة أن TAL1 يتم تجنيده مباشرة إلى الحمض النووي بدلا من غير مباشر من خلال التفاعلات البروتين البروتينية مع GATA1 في جميع أنحاء التمايز erythroid. كما استخدمت الدراسات الحديثة ChIP-exo لتحديد مواقع الربط على نطاق الجينوم من مركز الـ CTCF، RNA Polymerase II، وعلامات Histone لدراسة الآليات الجينومية والنسخية في خطوط الخلايا البشرية18،19.
هناك عدة إصدارات من بروتوكول ChIP-exo متاح3،5،20. ومع ذلك، هذه البروتوكولات ChIP-exo يصعب متابعة للأبحاث الذين ليسوا على دراية إعداد مكتبة تسلسل الجيل التالي. تم نشر نسخة ممتازة من بروتوكول ChIP-exo مع تعليمات سهلة المتابعة والفيديو21، ولكنها تضمنت العديد من الخطوات الأنزيمية التي تتطلب قدرا كبيرا من الوقت لإكمال. هنا نقوم بالإبلاغ عن نسخة جديدة من بروتوكول ChIP-exo يحتوي على خطوات انزيمية مخفضة وأوقات حضانة، وتفسيرات لكل خطوة انزيمية21. يتم الجمع بين إصلاح نهاية وdA-الذيل التفاعلات في خطوة واحدة باستخدام نهاية الإنزيم الإعدادية. يتم تقليل أوقات الحضانة لمؤشر والخطوات الربط محول عالمي من 2 ساعة إلى 15 دقيقة باستخدام محسن الربط. يتم إزالة رد فعل kinase بعد الخطوة ربط محول الفهرس الموضحة في بروتوكول ChIP-exo السابقة. بدلا من ذلك، يتم إضافة مجموعة الفوسفات أثناء تخليق الحمض النووي القلوي إلى واحدة من 5 ‘نهايات من محول مؤشر (الجدول 1) ، والتي سوف تستخدم لخطوة الهضم exonuclease لامدا. في حين أن بروتوكول ChIP-exo السابق استخدم هضم RecJf exonuclease للقضاء على ملوثات الحمض النووي التي تقطعت بها السبل واحدة ، تتم إزالة خطوة الهضم هذه هنا لأنها ليست حاسمة لجودة مكتبة ChIP-exo. وبالإضافة إلى ذلك، لتنقية الحمض النووي العكسي crosslinked بعد elution ChIP، يتم استخدام طريقة تنقية الخرز المغناطيسي بدلا من طريقة استخراج الفينول: الكلوروفورم:ايساميل الكحول (PCIA). وهذا يقلل من وقت حضانة استخراج الحمض النووي. الأهم من ذلك، فإنه يزيل غالبية خافمات محول شكلت أثناء ربط محول مؤشر، والتي قد تؤثر على كفاءة PCR بوساطة الربط.
تم تحسين بروتوكول ChIP-exo المعروض هنا للكشف عن تفاعلات دقيقة للبروتين والحمض النووي في الخلايا العصبية الثديية المتمايزة عن خلايا الجذع الجنينية الفأر (ES). لفترة وجيزة، يتم حصادها والخلايا العصبية crosslinked lysed، للسماح chromatin أن يتعرض ل sonication، ثم سونيكاتيد بحيث يتم الحصول على شظايا الحمض النووي الحجم المناسب (الشكل 1). ثم يتم استخدام الخرز المغلفة بالأجسام المضادة للتشخيط المناعي بشكل انتقائي مجزأ ، الكروماتين القابل للذوبان إلى البروتين الذي يثير الاهتمام. في حين أن الحمض النووي المناعي لا يزال على الخرز ، يتم تنفيذ الإصلاح النهائي ، وربط محولات التسلسل ، رد فعل التعبئة و 5 ‘ إلى 3 ‘ لامدا خطوات الهضم exonuclease. خطوة الهضم exonuclease هو ما يعطي ChIP-exo لها دقة عالية جدا وارتفاع نسبة الإشارة إلى الضوضاء. لامدا exonuclease تقليم الحمض النووي المناعي عدد قليل من أزواج قاعدة (bp) من موقع crosslinking، مما تسبب في تحلل الحمض النووي الملوث. يتم استخلاص الحمض النووي ChIP المعالج من الخرز المغلف بالأجسام المضادة ، ويتم عكس الروابط المتقاطعة بين البروتين والحمض النووي ، ويتم تحلل البروتينات. يتم استخراج الحمض النووي وتحريفه إلى الحمض النووي ChIP الذي تقطعت به السبل، يليه الوَحن التمهيدي والامتداد لصنع الحمض النووي المزدوج (DsDNA). بعد ذلك، يتم تنفيذ ربط محول عالمي إلى نهايات المعالجة exonuclease. يتم تنقية الحمض النووي الناتج، ثم تضخيم PCR، هلام تنقية، وتخضع لتسلسل الجيل القادم.
بروتوكول ChIP-exo أطول من بروتوكول ChIP-seq، ولكن لا يشكل تحدياً تقنياً للغاية. يمكن إخضاع أي الحمض النووي ChIP المثبط المناعي بنجاح لـ ChIP-exo ، مع العديد من الخطوات الأنزيمية الإضافية. المزايا البارزة لـ ChIP-exo، مثل دقة رسم الخرائط العالية للغاية، وإشارة الخلفية المنخفضة، وانخفاض الإيجابيات والسلبيات الكاذبة، فيما يتعلق بمواقع الربط الجينومي، تفوق التكلفة الزمنية.
Protocol
Representative Results
Discussion
في هذا البروتوكول، يتم استخدام ChIP متبوعاً بعملية الهضم exonuclease للحصول على مكتبات الحمض النووي لتحديد التفاعلات البروتين والحمض النووي في خلايا الثدييات في دقة رسم الخرائط عالية جداً. العديد من المتغيرات تساهم في جودة تجربة ChIP-exo. المعلمات التجريبية الحرجة تشمل نوعية الأجسام المضادة، الأم?…
Divulgations
The authors have nothing to disclose.
Acknowledgements
نشكر عضو مختبر ري على تبادل البيانات غير المنشورة والمناقشات القيمة. وقد تم دعم هذا العمل من قبل مجلس البحوث الطبيعية والهندسية في كندا (NSERC) منحة RGPIN-2018-06404 (H.R.).
Materials
| Agarose, UltraPure | Invitrogen | 16500 | Checking Sonication (Section 4.3.6) and Gel Purification of LM-PCR Amplified DNA (Section 19.1) |
| Albumin, Bovine Serum (BSA), Protease Free, Heat Shock Isolation, Min. 98% | BioShop | ALB003 | Blocking Solution |
| Antibody against Isl1 | DSHB | 39.3F7 | Antibody incuation with beads (Section 5.6) |
| Bioruptor Pico | Diagenode | B01060010 | Sonicating Chromatin (Section 3.3) |
| Bovine serum albumin (BSA), Molecular Biology Grade | New England BioLabs | B9000S | Fill-in Reaction on Beads (Section 10.2) and Denaturing, Primer Annealing and Primer Extension (Section 14.2) |
| Centrifuge 5424 R | Eppendorf | 5404000138 | Sonicating Chromatin (Section 3.5), Checking Sonication (Section 4.3.1, 4.3.3 and 4.3.4) |
| Centrifuge 5804 R | Eppendorf | 22623508 | Harvest, cross-linking and freezing cells (Section 1.3), Cell lysis (Section 2.2 and 2.3), Sonicating Chromatin (Section 3.1) |
| cOmplete, Mini, EDTA-free Protease Inhibitor Cocktail | Roche | 4693159001 | Added to all buffers, except Proteinase K buffer and ChIP Elution buffer |
| dATP Solution | New England BioLabs | N0440S | dA-Tailing Reaction (Section 15.1) |
| Deoxycholic Acid Sodium Salt | fisher scientific | BP349 | Lysis Buffer 3, High Salt Wash Buffer and LiCl Wash Buffer |
| dNTP Mix, Molecular Biology Grade | Thermo Scientific | R0192 | Fill-in Reaction on Beads (Section 10.2) and Denaturing, Primer Annealing and Primer Extension (Section 14.2) |
| DreamTaq Green PCR Master Mix, 2x | Thermo Scientific | K1081 | Ligation-Mediated PCR (Section 18.1) |
| EDTA, 0.5 M, Sterile Solution, pH 8.0 | BioShop | EDT111 | Lysis Buffer 1-3, Checking Sonication (Section 4.1), High Salt Wash Buffer, LiCl Wash Buffer and ChIP Elution Buffer |
| Ethyl Alcohol Anhydrous, 100% | Commercial alcohols | P006EAAN | Checking Sonication (Section 4.3.3) |
| Formaldehyde, 36.5-38%, contains 10-15% methanol | Sigma | F8775 | Harvest, cross-linking and freezing cells (Section 1.1) |
| Glycerol, Reagent Grade, min 99.5% | BioShop | GLY002 | Lysis Buffer 1 |
| Glycine, Biotechnology Grade, min. 99% | BioShop | GLN001 | Harvest, cross-linking and freezing cells (Section 1.2) |
| Glycogen, RNA Grade | Thermo Scientific | R0551 | Checking Sonication (Section 4.3.3) |
| HEPES, 1 M Sterile-filtered Solution, pH 7.3 | BioShop | HEP003 | Lysis Buffer 1, High Salt Wash Buffer |
| Klenow Fragment (3->5 exo-) | New England BioLabs | M0212S | dA-Tailing Reaction (Section 15.1) |
| Lambda exonuclease | New England BioLabs | M0262S | Lambda Exonuclease Digestion on Beads (Section 11.2) |
| Ligase Enhancer | New England BioLabs | E7645S | NEBNext Ultra II DNA Library Kit. Index Adapter Ligation on Beads (Section 9.1) and Universal Adapter Ligation (Section 16.1) |
| Ligase Master Mix | New England BioLabs | E7645S | NEBNext Ultra II DNA Library Kit. Index Adapter Ligation on Beads (Section 9.1) and Universal Adapter Ligation (Section 16.1) |
| Lithium Chloride (LiCl), Reagent grade | Bioshop | LIT704 | LiCl Wash Buffer |
| Magnetic beads for ChIP (Dynabeads Protein G) | Dynabeads Protein G (magnetic beads for ChIP) | Dynabeads Protein G (magnetic beads for ChIP) | Antibody incubation with beads (Section 5) |
| Magnetic beads for DNA purification (AMPure XP Beads) | Beckman Coulter | A63880 | DNA Extraction (Section 13.3) and DNA Clean-up (Section 17.1) |
| Magnetic rack (DynaMag-2 Magnet) | Invitrogen | 12321D | Used in many steps in Sections: 5 – 11, 13 |
| MinElute Gel Extraction Kit | Qiagen | 28604 | Gel Purification of PCR Amplified DNA (Section 19.2) |
| N-Lauroylsarcosine sodium salt solution, 30% aqueous solution, ≥97.0% (HPLC) | Sigma | 61747 | Lysis Buffer 3 |
| Octylphenol Ethoxylate (IGEPAL CA630) | BioShop | NON999 | Lysis Buffer 1 and LiCl Wash Buffer |
| Phenol:Chloroform:Isoamyl Alcohol, Biotechnology Grade (25:24:1) | BioShop | PHE512 | Checking Sonication (Section 4.3.1) |
| phi29 DNA Polymerase | New England BioLabs | M0269L | Fill-in Reaction on Beads (Section 10.2) and Denaturing, Primer Annealing and Primer Extension (Section 14.3 and 14.4) |
| Phosphate-Buffered Saline (PBS), 1x | Corning | 21040CV | Harvest, cross-linking and freezing cells (Section 1.3) and Sonicating Chromatin (Section 3.1), Antibody incuation with beads (Section 5.1) |
| PowerPac Basic Power Supply | BioRad | 1645050 | Checking Sonication (Section 4.3.6) and Gel Purification of LM-PCR Amplified DNA (Section 19.1) |
| ProFlex PCR System | Applied Biosystems | ProFlex PCR System | Used in Sections: 14.2, 14.4, 15.2, 16.2 and 18.2 |
| Protein LoBind Tube, 2.0 mL | Eppendorf | 22431102 | Antibody Incubation with Beads (Section 5.2) and Chromatin Immunoprecipitation (Section 6.3) |
| Proteinase K Solution, RNA Grade | Invitrogen | 25530049 | Checking Sonication (Section 4.2) and Elution and Reverse Crosslinking (Section 12.3) |
| Qubit 4.0 Fluorometer | Invitrogen | Q33226 | Gel Purification of PCR Amplified DNA (Section 19.3) |
| Quibit dsDNA BR assay kit | Invitrogen | Q32853 | Gel Purification of PCR Amplified DNA (Section 19.3) |
| Rnase A, Dnase and Protease-free | Thermo Scientific | EN0531 | Checking Sonication (Section 4.3.2) and DNA Extraction (Section 13.2) |
| Sodium chloride (NaCl), BioReagent | Sigma | S5886 | Lysis Buffer 1-3, High Salt Wash Buffer |
| Sodium Dodecyl Sulfate (SDS), Electrophoresis Grade | BioShop | SDS001 | Checking Sonication (Section 4.1), High Salt Wash Buffer and ChIP Elution Buffer |
| Sonication beads and 15 mL Bioruptor Tubes | Diagenode | C01020031 | Sonicating Chromatin (Section 3.1 and 3.2) |
| ThermoMixer F1.5 | Eppendorf | 5384000020 | Section 4.2, 4.3.2, 4.3.5, 8.2, 9.2, 10.3, 11.2, 12.2, 12.3, 13.2 and 16.2 |
| Trizma hydrochloride solution (Tris-HCl), BioPerformance Certified, 1 M, pH 7.4 | Sigma | T2194 | 10 mM Tris-HCl Buffer |
| Trizma hydrochloride solution (Tris-HCl), BioPerformance Certified, 1 M, pH 8.0 | Sigma | T2694 | Lysis Buffer 2, Lysis Buffer 3, Checking Sonication (Section 4.1), LiCl Wash Buffer and ChIP Elution Buffer |
| Ultra II End Repair/dA-Tailing Module (24 rxn -> 120 rxn) | New England BioLabs | E7546S | End Prep Reaction mix and End Prep Enzyme mix. End-repair and dA-Tailing Reaction on Beads (Section 8.2) |
| VWR Mini Tube Rocker, Variable Speed | VWR | 10159-752 | Used in many steps in sections: 1, 2, 5, 6 and 7 |
| 2-[4-(2,4,4-trimethylpentan-2-yl)phenoxy]ethanol, Triton X-100, Reagent Grade | BioShop | TRX506 | Lysis Buffer 1, Sonicating Chromatin (Section 3.4) and High Salt Wash Buffer |
References
- Johnson, D. S., Mortazavi, A., Myers, R. M., Wold, B. Genome-wide mapping of in vivo protein-DNA interactions. Science. 316 (5830), 1497-1502 (2007).
- Patten, D. K., Corleone, G., Magnani, L., A, J. e. l. t. s. c. h., Rots, M. G. Epigenome Editing: Methods and Protocols. Methods in Molecular Biology. 1767, 271-288 (2018).
- Serandour, A. A., Brown, G. D., Cohen, J. D., Carroll, J. S. Development of an Illumina-based ChIP-exonuclease method provides insight into FoxA1-DNA binding properties. Genome Biology. 14 (12), 147 (2013).
- Rhee, H. S., Pugh, B. F. Comprehensive genome-wide protein-DNA interactions detected at single-nucleotide resolution. Cell. 147 (6), 1408-1419 (2011).
- Rhee, H. S., Pugh, B. F. ChIP-exo method for identifying genomic location of DNA-binding proteins with near-single-nucleotide accuracy. Current Protocols in Molecular Biology. Chapter 21, 21-24 (2012).
- Starick, S. R., et al. ChIP-exo signal associated with DNA-binding motifs provides insight into the genomic binding of the glucocorticoid receptor and cooperating transcription factors. Genome Research. 25 (6), 825-835 (2015).
- Han, G. C., et al. Genome-Wide Organization of GATA1 and TAL1 Determined at High Resolution. Molecular and Cellular Biology. 36 (1), 157-172 (2016).
- Rhee, H. S., Bataille, A. R., Zhang, L. Y., Pugh, B. F. Subnucleosomal Structures and Nucleosome Asymmetry across a Genome. Cell. 159 (6), 1377-1388 (2014).
- Rhee, H. S., Pugh, B. F. Genome-wide structure and organization of eukaryotic pre-initiation complexes. Nature. 483 (7389), 295-301 (2012).
- Zhou, X. F., Yan, Q., Wang, N. Deciphering the regulon of a GntR family regulator via transcriptome and ChIP-exo analyses and its contribution to virulence in Xanthomonas citri. Molecular Plant Pathology. 18 (2), 249-262 (2017).
- Kim, D., et al. Systems assessment of transcriptional regulation on central carbon metabolism by Cra and CRP. Nucleic Acids Research. 46 (6), 2901-2917 (2018).
- Niu, B., et al. In vivo genome-wide binding interactions of mouse and human constitutive androstane receptors reveal novel gene targets. Nucleic Acids Research. 46 (16), 8385-8403 (2018).
- Uuskula-Reimand, L., et al. Topoisomerase II beta interacts with cohesin and CTCF at topological domain borders. Genome Biology. 17, (2016).
- Rhee, H. S., et al. Expression of Terminal Effector Genes in Mammalian Neurons Is Maintained by a Dynamic Relay of Transient Enhancers. Neuron. 92 (6), 1252-1265 (2016).
- Pugh, B. F., Venters, B. J. Genomic Organization of Human Transcription Initiation Complexes. Plos One. 11 (2), (2016).
- Wang, S., et al. ATF4 Gene Network Mediates Cellular Response to the Anticancer PAD Inhibitor YW3-56 in Triple-Negative Breast Cancer Cells. Molecular Cancer Therapeutics. 14 (4), 877-888 (2015).
- Barfeld, S. J., et al. c-Myc Antagonises the Transcriptional Activity of the Androgen Receptor in Prostate Cancer Affecting Key Gene Networks. Ebiomedicine. 18, 83-93 (2017).
- McHaourab, Z. F., Perreault, A. A., Venters, B. J. ChIP-seq and ChIP-exo profiling of Pol II, H2A.Z, and H3K4me3 in human K562 cells. Scientific Data. 5, 180030 (2018).
- Perreault, A. A., Sprunger, D. M., Venters, B. J. Epigenetic and transcriptional profiling of triple negative breast cancer. Scientific Data. 6, 190033 (2019).
- Rossi, M. J., Lai, W. K. M., Pugh, B. F. Simplified ChIP-exo assays. Nature Communications. 9 (1), 2842 (2018).
- Perreault, A. A., Venters, B. J. The ChIP-exo Method: Identifying Protein-DNA Interactions with Near Base Pair Precision. Journal of Visualized Experiments. (118), (2016).
- Jezek, M., Jacques, A., Jaiswal, D., Green, E. M. Chromatin Immunoprecipitation (ChIP) of Histone Modifications from Saccharomyces cerevisiae. Journal of Visualized Experiments. (130), (2017).
- Terranova, C., et al. An Integrated Platform for Genome-wide Mapping of Chromatin States Using High-throughput ChIP-sequencing in Tumor Tissues. Journal of Visualized Experiments. (134), (2018).
- Pchelintsev, N. A., Adams, P. D., Nelson, D. M. Critical Parameters for Efficient Sonication and Improved Chromatin Immunoprecipitation of High Molecular Weight Proteins. PLos One. 11 (1), (2016).
- Yamada, N., Lai, W. K. M., Farrell, N., Pugh, B. F., Mahony, S. Characterizing protein-DNA binding event subtypes in ChIP-exo data. Bioinformatics. 35 (6), 903-913 (2019).
- Yen, K., Vinayachandran, V., Pugh, B. F. SWR-C and INO80 chromatin remodelers recognize nucleosome-free regions near +1 nucleosomes. Cell. 154 (6), 1246-1256 (2013).
- Vinayachandran, V., et al. Widespread and precise reprogramming of yeast protein-genome interactions in response to heat shock. Genome Research. , (2018).
