De nombreux allergènes majeurs se lient à des molécules hydrophobes de type lipidique, y compris Mus m 1, Bet v 1, Der p 2 et Fel d 1. Ces ligands sont fortement retenus et ont le potentiel d’influencer le processus de sensibilisation soit en stimulant directement le système immunitaire, soit en modifiant les propriétés biophysiques de la protéine allergène. Afin de contrôler ces variables, des techniques sont nécessaires pour l’élimination des ligands liés de manière endogène et, si nécessaire, leur remplacement par des lipides de composition connue. L’allergène cafard Bla g 1 renferme une grande cavité hydrophobe qui lie un mélange hétérogène de lipides endogènes lorsqu’il est purifié à l’aide de techniques traditionnelles. Ici, nous décrivons une méthode par laquelle ces lipides sont éliminés à l’aide de la CLHP en phase inverse suivie d’un recuit thermique pour donner Bla g 1 sous sa forme Apo ou rechargée avec un mélange défini par l’utilisateur de cargaisons d’acides gras ou de phospholipides. Le couplage de ce protocole avec des analyses biochimiques indique que les cargaisons d’acides gras modifient de manière significative la thermostabilité et la résistance protéolytique de Bla g 1, avec des implications en aval pour le taux de génération d’épitope à cellule T et d’allergénicité. Ces résultats soulignent l’importance des protocoles d’élimination/rechargement des lipides tels que celui décrit ici lors de l’étude des allergènes provenant de sources recombinantes et naturelles. Le protocole est généralisable à d’autres familles d’allergènes comprenant les lipocalines (Mus m 1), PR-10 (Bet v 1), MD-2 (Der p 2) et uteroglobin (Fel d 1), fournissant un outil précieux pour étudier le rôle des lipides dans la réponse allergique.