Bu yayın, özelleştirilebilir ışık rejimlerine sahip laboratuvar fotobiyoreaktörlerinin (PBR’ler) tasarımını açıklamaktadır. Karbon kaynağı olarak bikarbonat kullanan siyanobakterilerin veya mikroalglerin büyümesi, hacimsel oksijen üretimi ölçülerek sürekli olarak izlenir. Bu PBR’ler, deneyler sırasında çok az kullanıcı müdahalesi ile hızlı, çoğaltılmış laboratuvar büyüme karşılaştırmalarını kolaylaştırır.
Mikroalglerin laboratuvar çalışması deneysel olarak zor olabilir. Fotosentetik olmayan mikroorganizmaların yetiştirme gereksinimlerine ek olarak, fototroflar da aydınlatma gerektirir. Rutin olarak, araştırmacılar özel ışık malzemeleri sağlamaya çalışırlar, yani ışık yoğunluğunu ve teslim edildiği zamanı değiştirirler. Bu esneklik, standart tezgah üstü ışıklarla zordur. Genellikle, yetiştirme çalışmaları deneysel tedaviler arasında büyüme karşılaştırmaları da gerektirir. Sıklıkla, büyüme uzun bir süre boyunca değerlendirilir, örneğin, bir hafta süren bir deneme boyunca günde birkaç kez. Manuel ölçümler zaman alıcı olabilir ve veri çözünürlüğünden yoksun olabilir. Bu nedenle, otomatik büyüme izleme ve özelleştirilebilir ışık beslemesine sahip fotobiyoreaktörler (PBR’ler), çoklu tedavilerle çoğaltılmış deneyler için yararlıdır. Mevcut çalışma, laboratuvar PBR’lerinin tasarımını, yapımını ve çalışmasını sunmaktadır. Malzemeler kolayca tedarik edilir ve nispeten ucuzdur. Tasarım ılımlı bir beceri ile çoğaltılabilir. Her yapının ~ 40cm2’lik bir ayak izi vardır ve üçlü çoğaltma için üç adet 1 L cam şişeye ev sahipliği yapar. Şişeler manyetik karıştırıcılar içeren platformlara dayanır ve 1 m yüksekliğinde ve 15 cm çapında polivinil klorür (PVC) boru içinde dikey olarak düzenlenir. Boru içi ışık yayan diyotlarla (LED’ler) kaplıdır. Bu LED’ler, fotosentetik olarak aktif radyasyonun (PAR) 0-2400 μmol fotonları m-2 s-1’den sürekli ışık yoğunlukları üretir. Kullanıcılar özel bir aydınlatma programı tasarlarlar. Işık yoğunluğu her saniye ayarlanabilir veya daha uzun süreler boyunca sabit tutulabilir. Fotosentezden üretilen oksijen, her şişeden tek yönlü bir volümetrik gaz sensörü aracılığıyla çıkar. Yazılım gaz sensörü verilerini kaydetmek için kullanılır. Üretilen oksijen miktarı biyokütle büyümesi ile ilişkilendirilebilir. Biyokütle örnekleri gerekiyorsa, kültürü çıkarmak için bir şırınga kullanılabilir. Yöntem, karbon kaynağı olarak bikarbonatla yetiştirilen mikroalgler için uygundur. Bu PBR’ler, çoğaltılmış deneyler, ışık rejimi esnekliği ve sürekli yüksek çözünürlüklü büyüme verileri gerektiren bir laboratuvar için değerlidir.
Basitlik için toplu olarak mikroalgler olarak adlandırılan mikroalgler ve siyanobakteriler, sürdürülebilir biyoteknolojideki potansiyelleri nedeniyle savunulmaktadır. Hızlı büyümeleri, ekilebilir olmayan arazilerde yetiştirilebilme yetenekleri ve karbondioksitin biyokütleye dönüşümünü sağlamak için güneş ışığını kullanmaları nedeniyle cazip adaylardır 1,2,3. Mikroalgal biyokütle, petrol veya gaz şeklinde biyoenerji gibi ürünlere, gıda boyalarına ve besin takviyelerine ve biyopolimerler 1,4,5,6,7 gibi malzemelere dönüştürülebilir. Ek olarak, atık suyu arıtmak veya aşırı besin maddeleri tüketerek su kütlelerini iyileştirmek için kullanılabilirler 8,9. Bu göz önüne alındığında, mikroalgal araştırmalar yaygındır ve kurulmuştur. Toplum, mevcut üretim ve enerji üretimi yaklaşımlarının karbon yoğunluğunu ve çevresel sürdürülebilirliğini yeniden gözden geçirdikçe alan büyüyor.
Laboratuvar tabanlı mikroalgal çalışmaların üç temel gereksinimi, bir kültür kabı, ışık kaynağı ve büyümeyi ölçmek için kullanılan yöntemdir. Fotobiyoreaktör (PBR) terimi, kültür kaplarının aydınlatıldığı bir kurulumu tanımlar10. Genellikle, mikroalglerle ilgili çalışmalar, iki veya daha fazla tedavi arasındaki büyümeyi karşılaştırmayı amaçlamaktadır, örneğin, farklı büyüme ortamları, ışık rejimleri veya türler11,12,13. İstatistiksel alaka düzeyi için, her durum, örneğin tedavi ve kontrol, çoğaltılmalıdır. Kontrol ve tedavi aynı anda çalıştırılırsa, bu, bir deneme süresince birçok PBR’nin izlenmesi ve örneklenmesi gerektiği anlamına gelir. Birden fazla PBR’nin çalıştırılmasıyla ilgili zorluk iki katlıdır. İlk olarak, her PBR’ye eşit bir ışık yoğunluğu sağlamak, tekrarlanabilirlik için gereklidir, ancak zor olabilir. Gemi yüzeyindeki ışık olayının miktarı, ışık kaynağından uzaklığından, bitişik gemilerden gölgelenmesinden ve arka plan ışığı dalgalanmalarından etkilenir14. İkincisi, büyümeyi doğru bir şekilde ölçmek için bir yöntem seçilmelidir.
Büyüme genellikle hücre sayısı, optik yoğunluk (OD), klorofil A içeriği, kuru ağırlık (DW) yoğunluğu ve külsüz kuru ağırlık (AFDW) yoğunluğu15 ile ölçülür. Hücre sayımları, klorofil A içeriği ve gravimetrik yöntemler, ayrı veri noktaları üreten manuel işlemlerdir. OD, AFDW yoğunluğu15 gibi başka bir yönteme karşı iyi kalibre edilmiş olması koşuluyla, bir spektrofotometre ile sürekli ve invaziv olmayan bir şekilde ölçülebilir. Bununla birlikte, OD ölçümleri ve Klorofil A içeriği, sonuçlar farklı kültür koşulları altında, örneğin türler arasında ve büyüme döngüsü boyunca değiştiğinden güvenilmez olabilir15,16. Klorofil A için, ekstraksiyon yöntemi pigment verimini de etkileyebilir17. Klorofil A içeriği, fotosentetik olmayan organizmalar da içeren mikrobiyal topluluklar içindeki mikroalglerin büyümesini izlemede özellikle yararlıdır17,18. Büyümeyi belirlemek için bir yöntem seçerken, süspansiyonun morfolojisini dikkate almak önemlidir. Organizmalar kümelendiğinde ve iyi karışmadığında, OD ve hücre sayıları mümkün değildir15. Tek bir yöntem tüm deneysel uygulamalar için uygun değildir – araştırmacılar hangi yöntemlerin pratik ve deneysel hedefleriyle alakalı olduğuna karar vermelidir.
AFDW, çeşitli kültür koşulları arasında, özellikle türler ve kültür medyası arasında büyüme karşılaştırmaları sağlayan güvenilir bir yöntemdir15,19,20. AFDW’yi hesaplamak için, bir mikroalg kültürü örneği önce filtrasyon veya santrifüjleme yoluyla konsantre edilir ve kurutulur. Bu aşamada DW belirlenebilir. DW numunesi genellikle tuzlar ve partikül madde 15 gibi en az %8-10 oranında kül-inorganik madde içerir. DW büyüme eğilimlerini takip ediyor, ancak inorganiklerin katkısı değişirse çarpıtılabilir. AFDW yoğunluğunu belirlemek için, kuru biyokütle yüksek sıcaklıkta yakılır; bu, organik veya faydalı kısmı buharlaştırırken, külü (inorganik)19’un arkasında bırakır. AFDW’yi hesaplamak için, kül fraksiyonunun ağırlığı DW fraksiyonunkinden çıkarılır. Tipik olarak, mikroalgal süspansiyonlarda, AFDW 0.1-3 g / L12,21,22 arasında değişir. Küçük hacimli seyreltik süspansiyonlar, <10 mg olan az miktarda kuru biyokütle verir. Yanmadan sonra, kül sadece 1 mg ağırlığında olabilir. Bu nedenle, kültür yoğunluğuna bağlı olarak, bu yöntem 5-100 mL arasında hacimler ve 0.1 mg 12,15,19,22'ye kadar doğru analitik ölçekler gerektirir. Laboratuvar PBR’leri tipik olarak küçüktür, en fazla birkaç litredir, bu nedenle her sıvı numune kültür hacmini tüketir. Ayrıca, AFDW yöntemi manueldir ve 2-3 gün sürer. Çoğaltılmış ve tekrarlanan deneyler için, otomatik ve sürekli bir süreç tercih edilir.
Karbon kaynağı olarak bikarbonat kullanan mikroalgler için, iki ek büyüme metriği sürekli olarak ölçülebilir. Fotosentez bikarbonat tüketir ve oksijen üretir. Bikarbonat tüketimi orta pH23’ü yükseltir. Daldırılmış bir pH probu bu değişikliği ölçebilir. Fotosentetik oksijen üretimi, ortam doygun hale gelene kadar ortamın çözünmüş oksijen (DO) konsantrasyonunu arttırır. Doygunluğun ötesinde, oksijen kabarcıklar halinde var olur. Oksijen üretimi birçok farklı teknikle ölçülür: problar DO konsantrasyonunu ölçer, manometrik cihazlar kafa boşluğu basıncını değerlendirir, gaz kromatografisi kafa boşluğu bileşimini ölçer ve hacimsel sensörler gaz çıkışını24,25,26,27 kaydeder. Oksijen bir büyüme vekili olarak kullanıldığında, kültür damarları tamamen kapatılmalı veya sadece gaz çıkışına izin vermelidir. pH ve oksijen ölçümleri için karbon, CO2 serpme ile değil, bikarbonat formunda sağlanmalıdır. CO2 serpişmesi, orta pH23’ü azaltır ve bir gaz olarak oksijen ölçümlerini bozabilir. pH ve oksijenin optik yoğunluğa göre bir avantajı, mikroalglerin kümeler oluşturması durumunda yöntemden ödün verilmemesidir. Dolaylı olmasına rağmen, hem pH hem de oksijen, tedaviler arasındaki büyümeyi karşılaştırmada etkilidir.
Günümüzde kullanılan PBR’ler karmaşıklık bakımından çeşitlilik göstermektedir. Laboratuvarlar basit tezgah üstü şişeler, özel prototipler veya ticari olarak temin edilebilen ürünler kullanabilir. Şişelerden yükseltmek isteyen araştırma grupları için, ticari PBR’lerin maliyeti veya birçok prototip oluşturmak için gereken teknik beceri ve parça üretimi bir engel olabilir. Bu makale, bu boşluğu dolduran laboratuvar PBR’lerinin adım adım tasarımını, yapımını ve işletimini tanımlamayı amaçlamaktadır. Bu PBR’ler özelleştirilebilir bir ışık rejimine sahiptir ve hacimsel oksijen üretimini kaydederek büyümeyi sürekli olarak izler. Bu tasarım, üçlü replikasyon için üç kültür kabına ev sahipliği yapar ve orta derecede beceri ve kolay erişilebilir malzemelerle inşa edilebilir. Bu PBR, çok teknik veya pahalı ürünlere yatırım yapmadan mikroalgal araştırma kapasitesini genişletmek isteyen bir laboratuvara değerli bir katkıdır. Bir PBR edinmeyi veya inşa etmeyi seçerken, araştırmacılar bir tasarımın kültür koşullarına, finansal durumlarına ve araştırma sorularına uygunluğunu göz önünde bulundurmalıdır.
Bu protokol içinde, aşağıdaki adımlara odaklanmak, yeniden üretilebilir, yüksek kaliteli veriler oluşturma olasılığını artırır. Reaktör standını inşa ederken (adım 1), taban iyi tutuşmuş dikey desteklerle sağlam olmalıdır. Oluklu çelik keskin kenarlara sahiptir, bu nedenle emniyet kapaklarının eklenmesi esastır. Şişe platformu yüzeyleri tamamen düz olmalıdır, manyetik karıştırıcı ve cıvata kafalarının her ikisi de üst tabaka yüzeyinin altına oturmalıdır (adım 3.2-3.6). Üreticinin talimatına göre, gaz sensörü ambalaj sıvısı, doğru oksijen ölçümleri için “sıvı seviyesi için izleme vidasına” doldurulmalıdır. Bu sıvı seviyesi düzenli olarak kontrol edilmelidir, çünkü ambalaj sıvısının buharlaşması ölçüm hücresine kısa devre yapabilir. Adım 5.2’de yapılan üç gaz hattının tümü aynı uzunlukta olmalıdır; çoğalan bu enures aynı kafa boşluğu hacimlerine sahiptir. Bir deneye başlamadan önce, programlanmış ışık rejimini 24 saatlik bir süre boyunca ışık yoğunluğunu kaydederek test etmeniz önerilir (adım 6.11). Sıvı sıcaklığındaki artışlar endişe vericiyse, bu test aynı zamanda dahili sıcaklık problu kapalı bir şişe içermelidir (adım 6.11). Günlük tutarken, veri toplama yazılımı penceresinden çıkmayın; bu, günlüğü sonlandırır. Kültür örnekleri alıyorsanız, valfleri yanlış sırada açarak kafa boşluğu gazını serbest bırakmamaya dikkat edin (adım 8.2-8.8). Deneysel verileri incelerken, veri toplama yazılımının otomatik olarak akış hızının hareketli bir ortalamasını oluşturduğu unutulmamalıdır. Bu, bir gecede üretilen bir veya iki akış hızı okumasının değerini şişirir. Bunu düzeltmek için gaz sensörü günlüklerini manuel olarak düzenleyin.
Bu yöntemdeki en yaygın aksilik, sıvı paketleme seviyesinin düşmesi durumunda gaz sensörünün kısa devre yapma potansiyelidir. Bunun iki yolu vardır. İlk olarak, buharlaşma sıvı seviyesini yavaşça azaltabilir. Bununla birlikte, bu kısa süreli (<7 gün) bir deney29 boyunca olası değildir. İkincisi, yüksek solunum hızları oksijeni çözeltiye çekebilir ve basınç altında bir kafa boşluğu oluşturabilir. Işık enerjisi mevcut olmadığında, mikroalgler hücresel bakım ve onarım için gereken enerjiyi sağlamak için aerobik solunum kullanır28. Bu nedenle, aydınlatılmamış saatlerde yoğun kültürlerde, oksijen tüketimi ve bunun sonucunda ortaya çıkan düşük basınç önemli olabilir. Bu, ambalaj sıvısını gaz sensörlerinden gaz hattına emer. Ambalaj sıvısının kat ettiği mesafe, gece solunum miktarı ile orantılıdır. Ambalaj sıvısı şişelere girerse, bu sıvı yüzeyinde bir yağ kayması oluşturur.
Yüksek gece solunum hızları bekleniyorsa, protokolde değişiklikler yapılabilir. Düşük basınçtan kaçınmanın en basit yolu, şişe boşluklarını gece boyunca açık bırakmaktır. Bu aynı zamandaO2’nin kısmi kafa boşluğu basıncını azaltarak DO seviyelerini hafifletme avantajına sahiptir. Yüksek DO konsantrasyonlarının büyümeye zararlı olduğuna inanılmaktadır, çünküO2 Rubisco’nun aktivitesini engelleyebilir ve oksidatif stresi tetikleyebilir30,31. Kültür süspansiyonlarının atmosferle temas halinde bile 4x aşırı doygunluğa ulaşması nadir değildir25,32. Kafa boşluğunu açmak için, gaz hattını kauçuk tıpayı kapsayan iğneden ayırın. Gece saatleri, gaz sensörü ambalaj sıvısını doldurmak veya veri toplama üzerinde çok az etkiyle sürekli deneyleri manipüle etmek için bir pencere görevi görebilir. Örneğin, kültür yoğunluğunu değiştirebilir, besinleri yenileyebilir, bir değişiklik ekleyebilir veya bir patojen getirebilir. Şişeler yeniden kapatılmalı ve ışıklar tekrar açılmadan önce gaz sensörü hattı yeniden bağlanmalıdır. Kapalı ve açık gece kafa boşlukları ile yapılan deneylerden toplanan oksijen ölçümleri farklı olacaktır.
Şişeler kapalı kaldığında, gece oksijen tüketimi kafa boşluğundakiO2 mollerinin sayısını azaltır. Bu, ambalaj sıvısının, kafa boşluğu basıncını korumak için gaz sensörü hattını sürünmesine neden olur. Işıklar yandığında, oksijen üretimi devam eder. Ambalaj sıvısı, akış hızı okumaları başlamadan önce gaz sensörüne geri itilmelidir. Bu gecikme bu nedenle gece solunum derecesi ile orantılıdır. Bu şekilde, kafa boşluğu kapalı kaldığında, O2 okumaları netO2 üretimini (fotosentetik üretim – solunum tüketimi) temsil eder. Tersine, kafa boşluğu geceleri açık olduğunda, atmosferik gaz,O2’nin tüketildiği kafa boşluğunun yerini alır ve gaz hattına hiçbir ambalaj sıvısı girmez. Sonuç olarak, solunum yolu O2 tüketimiO2 üretim verilerinde hesaba katılmamaktadır. Bu, AFDW biyokütle büyüme tahminlerinin doğruluğunu azaltabilir. Bununla birlikte, tedaviler arasındaki büyümeyi karşılaştırmak için gündüzO2 üretimini bir metrik olarak kullanmanın faydasını etkilememelidir.
Tüm laboratuvar PBR’leri aynı sınırlamadan etkilenir; yapay ışıklar güneş spektrumunu kopyalayamaz. Mikroalgler, fotosentez için 400-700 nm arasındaki ışık dalga boylarını kullanır. Bu bölge fotosentetik olarak aktif radyasyon (PAR)33 olarak adlandırılır. Güneş ışığı ve yapay ışık, bu aralıktaki dalga boylarının göreceli katkılarına göre değişir. Bu, uygun sıcaklıklar ve sabit bir ışık kaynağının yanı sıra, laboratuvar büyüme verilerinin genellikle dış mekan koşullarına güvenilir bir şekilde tahmin edilemeyeceği anlamına gelir. Ancak bu PBR’ler, laboratuvar PBR ışık beslemesinin sınırlamalarından birini ele alabilir. Güneş ışığı yoğunluğu gün boyunca oldukça değişkendir ve bulut örtüsü olay PAR’da geçici dalgalanmalara neden olur. Aydınlatma kontrol yazılımı ve DMX aydınlatma kontrolörü, 0 ila 2400 μmolfotonlar m-2 s-1 ve ötesinde ışık yoğunlukları sağlayabilir. Işık rejimleri, 1 s kadar kısa bireysel artışlara ayrılabilir. Ayarlanabilir ışık yoğunluğu, kullanıcının dış mekan ışık desenlerini standart PBR kurulumlarından daha yakından taklit etmesini sağlar. Burada, simüle edilmiş 30 dakikalık şafak ve alacakaranlık aralıkları gündüz ve gece döngülerini birlikte soluyor (Ek Tablo 1).
AFDW yoğunluğu büyümenin standart ölçüsü haline gelmiş olsa da, bu yöntem önemli kültür hacimleri, 2-3 günlük bir işlem süresi gerektirebilir ve her seferinde bir veri noktası oluşturur. Ayrıca, koşullar elverişsiz hale gelirse ve hücreler ölürse, AFDW yoğunluğu aktif olarak fotosentez yapan hücreler ile ayrışan hücreler arasında ayrım yapmaz. Fotosentetik oksijen üretim hızının ölçülmesi, alternatif bir büyüme vekili olarak hizmet eder. Bu PBR tasarımı, kültür hacmini korurken çok az kullanıcı müdahalesiyle oksijen üretimini sürekli olarak kaydedebilir. Veri çözünürlüğü, daha düşük ölçüm hücresi hacmine sahip bir gaz sensörü seçilerek geliştirilebilir, örneğin 1 mL. Ayrıca, kültürler iyi karıştırılmışsa, kullanıcılar sürekli optik yoğunluk okumaları için bir spektrofotometre kurmaya karar verebilirler. Ortamın sıcaklık kontrolü isteniyorsa, devridaim yapan bir soğutucu eklenebilir. Bu PBR’ler, ağır finansal yatırım yapmadan mikroalgal araştırma kapasitesini genişletmek isteyen bir laboratuvara değerli bir katkıdır. Özellikle Spirulina gibi yüksek alkalinite, yüksek pH’lı türlerle çalışanlar için uygundurlar. Bu PBR’ler ışık rejimi esnekliği sunar ve hızlı, çoğaltılmış, laboratuvar büyüme karşılaştırmaları için geçerlidir.
The authors have nothing to disclose.
Bu çalışma, Doğa Bilimleri ve Mühendislik Araştırma Konseyi (NSERC), Kanada İnovasyon Vakfı (CFI), Kanada İlk Araştırma Mükemmellik Fonu (CFREF), Alberta Innovates, General Sir John Monash Vakfı, Alberta Hükümeti ve Calgary Üniversitesi tarafından desteklenmiştir. Elektrik işleri için Mark Toonen’e ve çözünürlük hesaplamaları için William Richardson’a teşekkür ederiz.
Aluminum channels Imperial: 0.90” x 39.37” Metric: 2.3 cm x 100 cm Quantity: 4 |
LED World | AC-AR1-1M | Required as a heat sink |
Bungee cords, small Quantity: 5 |
– | – | To secure bottles |
Computer – desktop/laptop Quantity: 1 |
– | – | – |
Data Logger, HOBO U30 USB Weather Station Quantity: 1 |
HOBO, Hoskin | U30-NRC-VIA-10-S100-000 | Records light sensor information |
Digital interface module, Rigamo, 4-channel Quantity: 1 |
Ritter | N/A | This is to transmit gas sensor data to the computer |
DMX decoder, 12~24 VDC, DMX-CV-4X5A Quantity: 1 |
LITECH, LED World | LT-840-6A | Transmit messages which alter the light pattern |
DMX lighting controller, SUSHI-RB-RJ Quantity: 1 |
Arcolis, Nicolaudie America Inc. | SUSHI-RB-RJ DMX | Encodes the lighting program |
Gas sensor packing liquid (Silox) Quantity: 1 L |
Ritter | https://www.ritter.de/en/data-sheets/silox | |
Gas sensor, volumetric Quantity: 3 |
Ritter | MGC-1 V3.4 PMMA (https://www.ritter.de/downloads/mgc-milligascounter-en) | Measures oxygen production |
Glass bottles, round 1 L with GL45 neck Quantity: 3 |
Corning, Capitol Scientific | 1395-1L | Culture vessels |
Hardware – end caps for slotted steel Quantity: 10 |
Paulin, Home Depot | 142-612 | To cover sharp edges of slotted steel |
Hardware – eye hooks Quantity: 6 |
– | – | To secure bottles |
Hardware – metal corner braces (large) Imperial: 4" x 4" Metric: 10 cm x 10 cm Quantity: 8 |
– | – | Larger brackets to construct metal stand |
Hardware – metal corner braces (small) Imperial: 2 1/2" x 2 1/2" Metric: 6.4 cm x 6.4 cm Quantity: 6 |
– | – | Small brackets to connect bottle platforms to PVC pipe |
Hardware – metal corner gussets Imperial: 3" x 3" Metric: 7.6 cm x 7.6 cm Quantity: 6 |
Paulin, Home Depot | 142-616 | Flat brackets to construct metal stand |
Hardware – piano hinge Imperial: 36" Metric: 91 cm Quantity: 1 |
– | – | Connects two halves of PVC pipe |
Hardware – rivets Quantity: 40 |
– | – | To attach piano hinge to PVC tubing |
Hardware – set of bolts, nuts, washers Quantity: 60 |
– | – | Long thin bolts are required to secure bottle platforms around magentic stirrers |
Hardware – set of bolts, nuts, washers Quantity: 30 |
– | – | Larger shorter bolts are required to build the metal stand |
LED driver, constant voltage, 96W 24VDC UL Listed IP65 Driver Class 2 regulated power supply Quantity: 1 |
Magnitude Lighting, LED World | CVN96L24DC | Regulates power to the lights |
LED lights, Cinco Bright LED Flex Strip Quantity: 4 m roll |
EvenBright, LED World | FA128M57-4M-24V-X | Roll is trimmed into 4 x 1 m lengths and secured inside the PVC tube |
Light meter, handheld with submersible sperical probe Quantity: 1 |
LI-COR | LA-250A | Calibrate the reactors light intensity |
Light sensors Photosynthetic Light (PAR) Smart Sensor Quantity: 2 |
HOBO, Hoskin | S-LIA-M003 | Only one is required however two would be good practice in case one malfunctioned |
Magnetic stirrers (MIXdrive 1 XS) with external control units and power supply (MIXcontrol eco) Quantity: 3 |
2Mag, 2MAG USA | MF 40300 | Stirrers sit sandwiched in bottle platforms |
Metal plate Imperial: 24" x 8" Metric: 61 cm x 20.3 cm Quantity: 1 |
– | – | This is a surface on which to secure electronics, it is attached to the back of the reactor |
Pipe, white PVC Imperial: 6" diameter x 42" high Metric: 15.2 cm x 106.7 cm Quantity: 1 |
– | – | Cut lengthwise in two halves, used to house lights and bottles |
Plastic (HDPE) sheets Imperial: 4" x 4" x 1/4" Metric: 10 cm x 10 cm x 1 cm Quantity: 6 |
Inventables | 30291-01 | For bottle platforms which house magentic stirrers |
Rubber stoppers – GL45 size Quantity: 3 |
Duran, VWR | 76289-760 | Seals culture vessels |
Screw caps – with aperture and GL45 neck Quantity: 3 |
Corning, Capitol Scientific | 1395-45HTSC | Generates seal of culture vessels |
Slotted angle steel lengths Imperial: 1-1/2" X 48" x 0.074" Metric: 3.8 cm x 122 cm x 0.19 cm Quantity: 6 |
Paulin, Home Depot | 142-202 | Makes up the body of the metal stand |
Slotted flat steel lenghts Imperial: 1-3/8" x 48" x 0.074" Metric: 3.5 cm x 122 cm x 0.19 cm Quantity: 3 |
Paulin, Home Depot | 142-222 | Makes up the body of the metal stand |
Software – Easy Stand Alone (ESA) | https://www.dmxsoft.com/#apps | AKA LED control software | |
Software – Rigamo v3.1 | AKA data acquisition software | ||
Software – Storage Upgrade Tools (SUT) | https://store.dmxsoft.com// | ||
Stir bar Imperial: 1" x 5/16" Metric: 2.5 cm x 0.8 cm Quantity: 3 |
Fisherbrand | 14-513-59 | Stirs culture |
Switch box Quantity: 1 |
– | – | Turns power on/off to reactor |
Syringe, 10 mL Quantity: Multiple |
– | – | Optional if you wish to extract culture |
Tube adaptor fittings, plastic – Stopcock 1-way Quantity: 6 |
Masterflex, Cole Palmer | RK-12023-33 | Close/open culture vessel line |
Tube adaptor fittings, plastic – variety of male and female luer lock fittings Imperial: to fit 1/16" and 1/8" ID tubing Metric: to fit 1.59 mm and 3.18 mm tubing Quantity: Multiple packets |
Masterflex, Cole Palmer | RK-30800-16; RK-30800-18; RK-45518-26; RK-45501-00; RK-45501-04 | Many different combinations can achieve the same end result, best to order a variety of fittings |
Tube adaptor fittings, plastic – variety of straight connectors Imperial: to fit 1/16" and 1/8" ID tubing Metric: to fit 1.59 mm and 3.18 mm tubing Quantity: Multiple packets |
Masterflex, Cole Palmer | RK-40616-04 | Many different combinations can achieve the same end result, best to order a variety of fittings |
Tubing, flexible, transparent Imperial: ID=1/16", OD=1/8" Metric: ID = 1.59 mm, 0D = 3.18 mm Quantity: 4 m |
Masterflex, Cole Palmer | RK-06422-02 | Line from culture vessel to gas sensor |
Tubing, flexible, transparent Imperial: ID=1/8", OD=1/4" Metric: ID = 3.18 mm, 0D = 6.35 mm Quantity: 2 m |
Masterflex, Cole Palmer | RK-06422-05 | Gas sensor standard tubing size |
Tubing, rigid, transparent Imperial: ID=1/16", OD=1/8" Metric: ID = 1.59 mm, 0D = 3.18 mm Quantiy: 1 m |
Masterflex, Cole Palmer | RK-06605-27 | Spans rubber stopper allowing gas to exit |
Tubing, rigid, transparent Imperial: ID=1/8", OD=1/4" Metric: ID = 3.18 mm, 0D = 6.35 mm Quantity: 1 m |
Masterflex, Cole Palmer | RK-06605-30 | Spans rubber stopper allowing gas to exit |
Zip ties, small Quantity: 1 packet |
Secure tube fittings |