प्रोटोकॉल एक SARS-CoV-2 नैदानिक विधि का वर्णन करता है जो लार के नमूनों के RT-qPCR आणविक परीक्षण करने के लिए ओपन-सोर्स स्वचालन का उपयोग करता है। इस स्केलेबल दृष्टिकोण को नैदानिक सार्वजनिक स्वास्थ्य निगरानी के साथ-साथ छोटे विश्वविद्यालय प्रयोगशालाओं की क्षमता बढ़ाने के लिए लागू किया जा सकता है।
हाल ही में सार्स-कोव -2 वैश्विक स्वास्थ्य संकट के उद्भव ने महामारी विज्ञान अनुसंधान और नैदानिक परीक्षण के लिए प्रमुख चुनौतियों को पेश किया। संचरण की उच्च दर और कम मृत्यु दर की विशेषता, कोविड -19 महामारी ने सटीक और कुशल नैदानिक परीक्षण की आवश्यकता थी, विशेष रूप से आवासीय विश्वविद्यालयों जैसी बंद आबादी में। न्यूक्लिक एसिड परीक्षण की प्रारंभिक उपलब्धता, जैसे नासोफरीन्जियल स्वैब, आपूर्ति श्रृंखला के दबाव के कारण सीमित थी, जिसने परीक्षण परिणामों की रिपोर्टिंग में भी देरी की। लार-आधारित रिवर्स ट्रांसक्रिप्टेज मात्रात्मक पोलीमरेज़ चेन रिएक्शन (आरटी-क्यूपीसीआर) परीक्षण ने अन्य परीक्षण विधियों के लिए संवेदनशीलता और विशिष्टता में तुलनीय दिखाया है, और लार संग्रह प्रतिभागियों के लिए कम शारीरिक रूप से आक्रामक है। नतीजतन, हम Clemson विश्वविद्यालय और आसपास के समुदाय की जनसंख्या निगरानी के लिए एक मल्टीप्लेक्स आरटी-qPCR नैदानिक परख विकसित की. परख खुले स्रोत तरल हैंडलिंग रोबोट और thermocyclers जटिल नैदानिक स्वचालन प्रणालियों के बजाय वर्कफ़्लो और सिस्टम लचीलापन का अनुकूलन करने के लिए इस्तेमाल किया. लार-आधारित आरटी-क्यूपीसीआर का स्वचालन बड़े और छोटे पैमाने पर परीक्षण मांगों दोनों के लिए वायरल आरएनए सांद्रता की एक विस्तृत श्रृंखला का तेजी से और सटीक पता लगाने में सक्षम बनाता है। स्वचालित प्रणाली के लिए औसत बदलाव 95% नमूनों के लिए 9 घंटे < और 99% नमूनों के लिए 24 घंटे < था। एक एकल परीक्षण के लिए लागत $ 2.80 थी जब सभी अभिकर्मकों को भारी मात्रा में खरीदा गया था।
गंभीर तीव्र श्वसन सिंड्रोम से जुड़े कोरोनोवायरस -2 (सार्स-कोव -2), एक नॉवल कोरोनावायरस, 2019 के अंत में उभरा और तेजी से वैश्विक आबादी में फैल गया। सार्स-कोव -2 संक्रमण कोरोनोवायरस रोग 2019 (कोविड -19) का कारण बनता है, जो संभावित रूप से गंभीर श्वसन और भड़काऊ लक्षणों के साथ एक अत्यधिक संक्रामक बीमारी है। कम मृत्यु दर के साथ मिलकर उच्च ट्रांसमिसिबिलिटी ने संकेत दिया कि वायरस आबादी के माध्यम से तेजी से फैलेगा और नैदानिक परीक्षण 2,3 में वृद्धि की आवश्यकता होगी। सार्वजनिक स्वास्थ्य सिफारिशों ने मामलों को अलग करने और बाद में संचरण दरों को कम करने के लिए व्यापक पैमाने पर जनसंख्या स्क्रीनिंग को प्रोत्साहित किया 4,5,6। इसके अलावा, जनसंख्या निगरानी के मॉडल से पता चला कि परीक्षण आवृत्ति में वृद्धि और रिपोर्टिंग समय में कमी का परीक्षण संवेदनशीलता में वृद्धि की तुलना में संचरण को कम करने पर अधिक प्रभाव पड़ा। यह संभावना है क्योंकि संक्रमित व्यक्तियों को पहले संगरोध किया जा सकता है, जिससे संक्रमण की श्रृंखला टूट सकती है।
मूल न्यूक्लिक एसिड प्रवर्धन परीक्षण (NAAT) मानक NASOPHARYNGEAL (NP) swabs RT-qPCR8 द्वारा संसाधित किया गया था। हालांकि, जटिलताएं बहुत बड़ी आबादी के लिए परीक्षण के इस रूप के साथ उत्पन्न होती हैं, जैसे कि सापेक्ष लागत में वृद्धि और बढ़ी हुई आपूर्ति श्रृंखला दबाव 9,10। इसके अलावा, आम NAAT विधियों के नमूना संग्रह और प्रसंस्करण दोनों (एनपी स्वैब, ऑरोफरीन्जियल स्वैब, मिड-टर्बिनेट स्वैब, और नाक स्वैब सहित) विशेष उपकरणों, अभिकर्मकों और चिकित्सा कर्मियों 9,10 पर निर्भर हैं।
एनपी स्वैब आरटी-क्यूपीसीआर परीक्षण के लिए एक पर्याप्त विकल्प लार-आधारित परीक्षण है, जो सार्स-कोव -2 का पता लगाने के लिए एक सटीक नैदानिक उपकरण है11,12,13,14। सीधे लार के नमूनों पर आरटी-क्यूपीसीआर प्रदर्शन एनपी swabs15 के रूप में समान संवेदनशीलता और विशिष्टता उपज. एनपी स्वाब परीक्षण पर लार परीक्षण का एक प्रमुख लाभ यह है कि यह नमूनों के स्व-संग्रह के लिए अनुमति देता है16। यह चिकित्सा कर्मियों की आवश्यकता को कम करता है और एनपी स्वैब की तुलना में कम आक्रामक होने से रोगियों के लिए नमूना संग्रह में आसानी को अधिकतम करता है। इसके अतिरिक्त, चूंकि लार के नमूनों को स्वाब से नमूने को हटाने के लिए बफर की आवश्यकता नहीं होती है (जैसा कि एनपी नमूनों के मामले में), लार-आधारित परीक्षण सीधे गर्मी-आधारित राइबोन्यूक्लिक एसिड (आरएनए) निष्कर्षण का उपयोग कर सकते हैं, जो अतिरिक्त बफर, परिवहन मीडिया और / या आरएनए निष्कर्षण अभिकर्मकों की आवश्यकता को हटाकर परीक्षण लागत को कम करता है14,17।
Clemson University Research and Education in Disease Diagnostics and Intervention (REDDI) लैब की स्थापना कोविड-19 परीक्षण और निगरानी के लिए विश्वविद्यालय की जरूरतों को पूरा करने के लिए की गई थी। विश्वविद्यालयों सहित बंद आबादी में, सोशल डिस्टेंसिंग के साथ मिलकर लगातार निगरानी परीक्षण ने रोग प्रसार के महामारी विज्ञान मॉडल में सबसे अनुकूल परिणामों का उत्पादन किया। समेकित CDC 2019-nCOV RT-qPCR19 और SalivaDirect14 प्रोटोकॉल को अनुकूलित किया गया था, और लागत को कम करने और टर्नअराउंड समय में सुधार करने के लिए नैदानिक वर्कफ़्लो में स्वचालन का उपयोग किया गया था। पिछले समूहों ने सार्स-कोव -2 आरएनए निष्कर्षण चरणों 20,21 के लिए ओपन-सोर्स लिक्विड हैंडलिंग रोबोट का उपयोग किया था, लेकिन हमने परीक्षण प्लेटों को तैयार करने और नमूनों को लोड करने के लिए रोबोट के उपयोग को अधिकतम किया। यहां, हम दिखाते हैं कि अनुकूलित प्रोटोकॉल और ओपन-सोर्स लिक्विड हैंडलिंग सिस्टम (चित्रा 1) का उपयोग त्वरित और सटीक लार-आधारित आरटी-क्यूपीसीआर के लिए अनुमति देता है और बड़े पैमाने पर सार्वजनिक स्वास्थ्य निगरानी के लिए एक प्रभावी रणनीति है।
प्रोटोकॉल में वर्णित परख एक स्वतंत्र सत्यापन अध्ययन द्वारा मूल्यांकन किया गया था। यह पाया गया कि परख में 98.9% विशिष्टता (1.1% झूठी सकारात्मक) और 90.0% संवेदनशीलता (10.0% झूठी नकारात्मक) थी, जब एक ही समय में लिए गए युग्मित नासोफरीन्जियल स्वैब के खिलाफ मूल्यांकन किया गया था (एन = 837; 817 नकारात्मक, 20 सकारात्मक)। महत्वपूर्ण रूप से, तीन प्रतिभागियों ने टाइगरसालिवा के साथ सकारात्मक परीक्षण किया और नासोफरीन्जियल स्वाब के साथ नकारात्मक परीक्षण किया, उन्हें 48 घंटे बाद स्वैब के साथ फिर से परीक्षण किया गया और सकारात्मक परिणाम लौटाए गए, यह दर्शाता है कि टाइगरसालिवा बीमारी के दौरान पहले सार्स-कोव -2 संक्रमण का पता लगाने में सक्षम हो सकता है।
हमने सार्स-कोव -2 सिंथेटिक आरएनए की ज्ञात सांद्रता के साथ वायरस-मुक्त लार (गर्मी-उपचारित और गैर-गर्मी दोनों का इलाज) स्पाइकिंग करके सकारात्मक लार के नमूनों का अनुकरण किया और लार में सीटी सीमा निर्धारित करने के लिए 10 गुना कमजोर पड़ने का प्रदर्शन किया। एन 1 जीन नकली सकारात्मक नमूनों में 10,000 जीन प्रतियों (लगभग सीटी = 28) से नीचे पता लगाने योग्य नहीं था। हमें संदेह है कि यह RNase गिरावट या अन्य confounding कारकों के कारण है। हालांकि, नग्न सिंथेटिक आरएनए के साथ लार RNases की बातचीत संभवतः वायरल कणों के साथ बातचीत से अलग है, यहां तक कि वे गर्मी से विकृत होने के बाद भी। सीटी >30 के साथ सकारात्मक लार के नमूनों की पहचान की गई है और बाहरी प्रयोगशालाओं ने इन नमूनों से सार्स-कोव -2 आनुवंशिक अनुक्रम डेटा प्राप्त किया है। हम अनुमान लगाते हैं कि वायरल प्रोटीन रोगी लार के नमूनों में आरएनए गिरावट से सुरक्षा प्रदान करते हैं।
प्रोटोकॉल में सबसे महत्वपूर्ण कदम मास्टर मिक्स तैयारी और लार नमूना प्रसंस्करण (क्रमशः अनुभाग 4 और 7) के लिए स्वचालन का कार्यान्वयन है। यह कार्य प्रक्रियाओं को ओवरलैप करने की अनुमति देता है, जो टर्नअराउंड समय को काफी कम कर देता है। एक और महत्वपूर्ण कदम नैदानिक परिणाम व्याख्या (अनुभाग 11 और 12) है। मध्यवर्ती परिणाम श्रेणियों (Rerun और N1 Rerun) की स्थापना ने भी अनिर्णायक परीक्षण परिणामों की घटना को कम कर दिया।
हमने प्रदर्शित किया कि मैनुअल और स्वचालित लार नमूना लोडिंग विधियों के बीच भिन्नता नगण्य है (चित्रा 5 ए) और यह कि स्वचालन सार्स-कोव -2 डिटेक्शन (चित्रा 5 बी) की पुनरुत्पादकता में सुधार कर सकता है। नैदानिक प्रयोगशालाओं को डिजाइन और विस्तारित करते समय परीक्षण की सुविधा के लिए स्वचालन का पक्ष लिया जाना चाहिए25। प्रयोगशाला वर्कफ़्लो रोबोट-स्वचालित कार्यों के कार्यान्वयन के साथ बेहतर है26. तरल हैंडलिंग रोबोट की ओपन-सोर्स क्षमताएं प्रोटोकॉल डिजाइन के लिए कस्टम स्क्रिप्टिंग के कार्यान्वयन के लिए अनुमति देती हैं। यह पारंपरिक नैदानिक स्वचालन विधियों की तुलना में तरल हैंडलिंग रोबोट को एक सस्ती और अत्यधिक परिवर्तनीय प्रणाली बनाता है। यह अत्यधिक दोहराए जाने वाले प्रयोगशाला कार्यों को निष्पादित करने के लिए एक आदर्श रणनीति भी है। सिस्टम की अनुकूलन क्षमता का उच्च स्तर कमी के मामले में लैबवेयर (जैसे, संग्रह ट्यूब, पिपेट टिप्स, या 384-वेल प्लेट्स) को बदलने की स्वतंत्रता का अनुवाद करता है। इसलिए, तरल हैंडलिंग रोबोट का उपयोग करके स्वचालन बड़े पैमाने पर और छोटे पैमाने पर निगरानी और अनुसंधान दोनों के लिए व्यवहार्य है।
इस परीक्षण रणनीति का एक बड़ा लाभ अन्य नैदानिक प्रयोगशालाओं के सापेक्ष बहुत कम टर्नअराउंड समय है। स्वचालित तरल हैंडलिंग रोबोट का उपयोग टर्नअराउंड समय को कम करने में महत्वपूर्ण भूमिका निभाता है, लेकिन रोबोट और थर्मोसाइकिलर्स का समवर्ती उपयोग भी परीक्षण दक्षता को अधिकतम करने में महत्वपूर्ण भूमिका निभाता है। एक रोबोट और थर्मोसाइकिलर को एक जोड़ी के रूप में संचालित किया जाना चाहिए, जहां दोनों मशीनों का उपयोग निर्बाध नमूना लोडिंग और नमूना परिणाम विश्लेषण के लिए अग्रानुक्रम में किया जाता है। एक बार असाइन किए गए नमूनों का एक स्थिर प्रवाह स्थापित होने के बाद, सभी मशीन जोड़े को एक साथ संचालित किया जा सकता है। रोबोट और थर्मोसाइकिलर्स के निरंतर समवर्ती उपयोग से परीक्षण क्षमता और दक्षता में काफी वृद्धि होती है, जो उच्च परीक्षण मात्रा को समायोजित करने के लिए महत्वपूर्ण है।
अन्य स्थापित SARS-CoV-2 RT-qPCR प्रोटोकॉल के विपरीत, हमने थर्मोसाइकिलर प्रोटोकॉल में एक टचडाउन चरण शामिल किया ताकि जांच की एनीलिंग में सुधार हो सके और लक्ष्य जीन 27 के लिए प्राइमर सेट किया जा सके, जिससे असफल प्रवर्धन का खतरा कम हो सके। परिणामों से पता चला है कि टचडाउन ने विशिष्ट प्राइमर बाइंडिंग (तालिका 4) के नुकसान को जोखिम में डाले बिना सकारात्मक नमूनों का पता लगाने में सुधार किया। हमने निर्धारित किया कि सार्स-कोव-2 आरएनए प्रतियों (चित्रा 4 ए) और Hs_RPP30 डीएनए प्रतियों (चित्रा 4 बी) दोनों की एक विस्तृत श्रृंखला को आरटी-क्यूपीसीआर परख द्वारा एक साथ पता लगाया जा सकता है।
तरल हैंडलिंग रोबोट की एक सीमा लार हस्तांतरण के दौरान सकारात्मक नमूनों से क्रॉस-संदूषण की संभावना है। लार एक विस्कोइलिस्टिक द्रव 28 है और पिपेट टिप से वितरित होने के बाद आसन्न कुओं में स्ट्रिंग हो सकती है। इसके अलावा, लार 29 की विषमता पूरे नमूने में वायरल कणों के असमान वितरण का कारण बन सकती है। यह झूठी सकारात्मक और नकारात्मक दोनों की संभावना को बढ़ाता है, जिससे एन 1 रीरन और रीरन नमूनों के पदनाम की आवश्यकता होती है। हालांकि, शुरू में एन 1 रीरन के रूप में नामित 14.1% नमूनों को सार्स-कोव -2 के लिए सकारात्मक के रूप में हल किया गया था और पुन: परीक्षण के बाद सकारात्मक के रूप में हल करने के लिए रीरन नमूनों की तुलना में 30 गुना अधिक संभावना थी। नतीजतन, N1 Rerun (चित्रा 3) से Rerun को अलग करना संभावित सकारात्मक नमूनों के अधिक सटीक अलगाव के लिए अनुमति दी गई, जिससे हमारे नैदानिक परख की संवेदनशीलता और विशिष्टता बढ़ गई। नैदानिक लार परीक्षण के लिए अन्य परिणामी मापदंडों ने इस अंतर को 12,14,24,30,31 नहीं बनाया।
लार के नमूनों को विषमता और चिपचिपाहट 32 के कारण पिपेट करना मुश्किल हो सकता है। गर्मी उपचार लार बायोमैट्रिक्स में प्रोटीन को पर्याप्त रूप से विकृत करता है, चिपचिपाहट को कम करता है और आरएनए निष्कर्षण अभिकर्मकों 9 की आवश्यकता को समाप्त करता है, जो महामारी 10 के शुरुआती चरणों के दौरान दुर्लभ थे। विस्तारित गर्मी उपचार भी वर्तमान वायरस 33 को निष्क्रिय करता है जो कम जैव सुरक्षा स्तरों पर प्रयोगशाला प्रसंस्करण की अनुमति देता है। नतीजतन, एक गर्मी-आधारित आरएनए निष्कर्षण (धारा 5.4 में वर्णित) को प्रोटीन विकृतीकरण (चित्रा 6) के माध्यम से चिपचिपाहट को कम करने के लिए लागू किया गया था। परिणामों के आधार पर, हम मानते हैं कि गर्मी उपचार प्रोटीन बायोमैट्रिक्स को विकृत करने के अलावा लार के नमूनों को भी homogenize कर सकता है। अन्य समूहों ने समरूपता को बढ़ाने के लिए गर्मी उपचार और प्रोटीनेज के उपचार को जोड़ा9,14,34। हमने इस कदम को लागू नहीं करने का फैसला किया क्योंकि यह एक दर पर virion प्रोटीन को डीनेचर कर सकता है जो वायरल आरएनए को गर्मी क्षरण 35 के संपर्क में छोड़ देता है। इसके अलावा, प्रोटीनेज के साथ नमूना कमजोर पड़ने से सकारात्मक नमूनों को मास्क किया जा सकता है जिसमें कम वायरल कण होते हैं, जिससे संवेदनशीलता कम हो जाती है। इसके अलावा, परख परिणामों की तुलना व्यावसायिक रूप से उपलब्ध लार-आधारित सार्स-कोव-2 परख (Logix Smart COVID-19) से की गई थी जो चुंबकीय मनका आरएनए निष्कर्षण (तालिका 5) का उपयोग करता है। यह पाया गया कि वर्तमान परख व्यावसायिक रूप से उपलब्ध परख की तुलना में कमजोर सकारात्मक नमूनों का पता लगाने में बेहतर अनुकूल था।
केवल आरटी-क्यूपीसीआर का उपयोग करके लार में वायरस कॉपी नंबर को मापना मुश्किल है, क्योंकि क्यूपीसीआर अर्ध-मात्रात्मक है। सीटी मानों के बीच अंतर्निहित भिन्नता है जो तकनीकी सीमाओं से उत्पन्न होती है। जीन कॉपी संख्या को सीटी मानों (चित्रा 4) से निर्धारित किया जा सकता है और यह लगभग वायरल कॉपी संख्या के बराबर है। लार के नमूनों में वायरल कॉपी संख्या निर्धारित करने के लिए एक संभावित समाधान ddPCR है, जो प्रतिक्रिया में जीन प्रतियों का कठिन परिमाणीकरण प्रदान करता है। हालांकि, हमारा मानना है कि चिकित्सकों को गुणात्मक परिणाम प्रदान करने के लिए पर्याप्त है और सापेक्ष वायरल सामग्री की तुलना हमारे तरीकों से संसाधित नमूनों में की जा सकती है।
लार का उपयोग करते समय उत्पन्न होने वाली कुछ सीमाओं के बावजूद, लार-आधारित आरटी-क्यूपीसीआर द्वारा सार्स-कोव -2 परख परीक्षण के किसी भी पैमाने पर त्वरित और विश्वसनीय वायरल आरएनए का पता लगाने के लिए एक प्रभावी तरीका साबित होता है। यह विशेष रूप से सच है जब ओपन-सोर्स तरल हैंडलिंग सिस्टम के उपयोग के साथ युग्मित होता है। इस परीक्षण दृष्टिकोण को निदान के लिए प्रासंगिक अन्य न्यूक्लिक एसिड अनुक्रमों का पता लगाने के लिए संशोधित किया जा सकता है, जैसे कि संक्रामक रोग एजेंट, रोग मार्कर, या अन्य वायरस। यह परख दोनों नैदानिक और अनुसंधान नैदानिक प्रयासों के लिए लागू बनाता है.
The authors have nothing to disclose.
लेखकों ने रेडडीआई लैब में क्लेमसन के प्रशासन, चिकित्सा कर्मचारियों और नैदानिक प्रयोगशाला कर्मचारियों को धन्यवाद दिया, जिन्होंने सार्स-कोव -2 परीक्षण को लागू करने और प्रबंधित करने में मदद की। हम डॉ फिलिप Buckhaults और डॉ कैरोलिन Bannister दक्षिण कैरोलिना विश्वविद्यालय से प्रारंभिक परियोजना परामर्श और उपकरण खरीद के लिए उद्योग संपर्कों के लिए धन्यवाद. हम नमूना संग्रह में उनकी सहायता के लिए कई छात्रों, प्रोफेसरों और कर्मचारियों को धन्यवाद देते हैं। मानक वक्र डेटा संग्रह के लिए क्रिएटिव इंक्वायरी छात्रों को धन्यवाद। इस अध्ययन के लिए वित्त पोषण राष्ट्रीय स्वास्थ्य संस्थान अनुदान P20GM121342 (डीडी और एलजीपी को सम्मानित), क्लेमसन एथलेटिक विभाग, क्लेमसन विश्वविद्यालय के अनुसंधान के लिए उपाध्यक्ष, और दक्षिण कैरोलिना गवर्नर और संयुक्त बॉन्ड समीक्षा समिति से प्राप्त किया गया था।
100% EtOH | Fisher scientific | 22-032-601 | |
20 uL Filtered Pipette Tips | Opentrons | 20uL tips | |
2mL Microcentrifuge Tubes | Fisher Scientific | 14-666-313 | Alternate product may be used |
Armadillo PCR Plate, 384-well, clear, white wells | Thermo Scientific | AB3384 | Alternate product may be used |
Celltreat 2mL 96 Deep Well Plates | Fisher Scientific | 50-828-743 | For mastermix preparation |
Clear PCR Sealing Sheets | Thermo Scientific | AB0558 | Alternate product may be used |
DPEC Treated Water | Ambion (Thermo Scientific) | AM9916 | |
Flip Cap 50 mL Conical Tubes | VWR | 75845-210 | For sample collection |
Foil PCR Sealing Sheets | Thermo Scientific | AB0626 | For storage of mastermix plates, Alternate product may be used |
HS_RPP30 Synthetic DNA | Integrated DNA Technologies | 299788131 | P1 positive control |
Luna Buffer Probe One-Step Reaction | New England Biolabs | M3006B | |
Luna WarmStart RT Enzyme Mix | New England Biolabs | M3002B | |
nCOV_N1 Forward Primer, 100 nmol | Integrated DNA Technologies | 10006830 | |
nCOV_N1 Probe Aliquot, 50 nmol | Integrated DNA Technologies | 10006832 | Probe can be synthesized by other vendors with SYBR or FAM fluophores |
nCOV_N1 Reverse Primer, 100 nmol | Integrated DNA Technologies | 10006831 | |
Opentron HEPA Filter Module | Opentrons | N/A | Not required, but useful to reduce contamination |
Opentron Multichannel Attachment, P20 | Opentrons | 999-00005 | For mastermix preparation |
Opentron OT-2 Liquid Handling Robot | Opentrons | OT-2 | |
Opentron Pipette Attachment, P20 | Opentrons | 999-0000215 | For sample loading |
Oven | Memmert | UF450 PLUS 208V-3PH | |
PCR Tubes (rnase, dnase free) | Fisher Scientific | 14-230-225 | For aliquots of positive and neg controls |
PolarSafe Aluminum Cooling Block, 15-Well (1.5/2.0 mL Tubes) | VWR | 10808-952 | |
PolarSaf Aluminum Cooling Block, 24-Well (0.5mL tubes) | VWR | 10808-956 | |
RNAse P (ATTO 647) Probe, 50 nmol | Integrated DNA Technologies | 10007062 | Probe can be synthesized by other vendors with Cy5 fluorophore |
RNAse P Forward Primer, 100nmol | Integrated DNA Technologies | 10006836 | |
RNAse P Reverse Primer, 100 nmol | Integrated DNA Technologies | 10006837 | |
Sars-CoV-2 Synthetic RNA Control 2 | Twist Biosciences | 102024 / 103907 / 103909 | N1 Positive Control |
Scanners | Code | CR1500 | Only required when scaling up |
Small HEPA Filtered Hood | Erlab | Captair Bio 321 | For mastermix preparation |
Thermocycler CFX384 Touch | Biorad | CFX384 Touch | Alternate models can be used, e.g. CFX384 Opus |
X-acto Knife Set | Staples | N/A | To cut foil for keeping control wells covered |