Bu protokol, mekanik ve biyokimyasal ipuçlarının, ayarlanabilir mekanik özelliklere sahip hidrojellerin yüksek verimli fotoçapraz bağlanmasını kolaylaştıran özel yapım bir UV aydınlatma cihazı kullanarak, 3D matris-mimetik kültürlerde hasta kaynaklı glioblastoma hücrelerinin kemoterapötik yanıtları üzerindeki etkilerini değerlendirmek için deneysel bir platform tanımlamaktadır.
Hücre-matriks etkileşimleri, biyokimyasal, mekanik ve geometrik ipuçları yoluyla karmaşık fizyolojik süreçlere aracılık eder, patolojik değişiklikleri ve terapötik yanıtları etkiler. İlaç geliştirme boru hattında daha önce matris etkilerinin hesaba katılmasının, yeni terapötiklerin klinik başarı olasılığını artırması beklenmektedir. 3D hücre kültüründe spesifik doku mikroortamlarını özetleyen biyomateryal tabanlı stratejiler mevcuttur, ancak bunları öncelikle ilaç taraması için kullanılan 2D kültür yöntemleriyle bütünleştirmek zor olmuştur. Bu nedenle, burada sunulan protokol, mevcut ilaç tarama boru hatları ve hücre canlılığı için geleneksel analizlerle entegrasyonu kolaylaştırmak için minyatür biyomateryal matrisleri içinde 3D kültür yöntemlerinin çok kuyucuklu bir plaka formatında geliştirilmesini detaylandırmaktadır. Kültürlenmiş hücrelerde klinik olarak ilgili fenotiplerin korunması için kritik öneme sahip matris özelliklerinin yüksek doku ve hastalığa özgü olması beklendiğinden, spesifik uygulamalar için uygun koşulları belirlemek için matris parametrelerinin kombinatoryal taraması gerekli olacaktır. Burada açıklanan yöntemler, matris mekaniğinin ortogonal varyasyonuna ve ligand sunumuna kanser hücresi yanıtlarını değerlendirmek için minyatür bir kültür formatı kullanmaktadır. Spesifik olarak, bu çalışma, matriks parametrelerinin hasta kaynaklı glioblastoma (GBM) hücrelerinin kemoterapiye verdiği yanıtlar üzerindeki etkilerini araştırmak için bu platformun kullanımını göstermektedir.
Yeni bir ilaç geliştirmenin beklenen maliyeti, son on yılda istikrarlı bir şekilde artmıştır ve mevcut tahminlerde 1 milyar doların üzerinde 1 milyar dolardan fazladır1. Bu masrafın bir kısmı, klinik çalışmalara giren ilaçların yüksek başarısızlık oranıdır. İlaç adaylarının yaklaşık% 12’si nihayetinde 2019 yılında Amerika Birleşik Devletleri (ABD) Gıda ve İlaç İdaresi’nden (FDA) onay almaktadır. Birçok ilaç, beklenmedik toksisite2 nedeniyle Faz I’de başarısız olurken, güvenlik denemelerini geçen diğerleri etkinlik eksikliği nedeniyle başarısız olabilir3. Etkinliksizlikten kaynaklanan bu yıpranma, kısmen, ilaç geliştirme sırasında kullanılan kanser modellerinin klinik etkinliğin öngörücü olmadığı gerçeğiyle açıklanabilir4.
İn vitro ve in vivo modeller arasındaki fonksiyonel eşitsizlikler, tümör dışı hücreler ve fiziksel ECM 5,6 dahil olmak üzere kanser hücrelerinin doğal mikro ortamlarından çıkarılmasına bağlanabilir. Yaygın olarak, araştırma grupları, kültürlenmiş tümör hücrelerine 3D matris mikro ortamı sağlamak için Matrigel (fare sarkomlarından türetilen proteinli bir bazal membran matrisi) gibi ticari olarak temin edilebilen kültür matrislerini kullanır. 2D kültür ile karşılaştırıldığında, membran matrisindeki 3D kültür, in vitro sonuçların klinik alaka düzeyini geliştirmiştir 7,8. Bununla birlikte, membran matrisi de dahil olmak üzere hücresellikten arındırılmış dokulardan elde edilen kültür biyomateryalleri, tipik olarak, tekrarlanabilirliği tehlikeye atabilecek partiden partiye değişkenlik sergiler9. Ayrıca, incelenenlerden farklı doku kökenlerine sahip tümörlerden türetilen matrisler, uygun fizyolojik ipuçlarını sağlamayabilir10. Son olarak, yüksek derecede intratümöral heterojenliğe sahip kanserler, mikron altı boyuttaki bir ölçekte değişen ve membran matrisinin11’i özetlemek üzere ayarlanamadığı mikroçevresel özelliklere sahiptir.
Glioblastoma (GBM), medyan sağkalım süresi yaklaşık 15 ay olan düzgün ölümcül bir beyin tümörüdür, tedavi gelişiminin özellikle zor olduğu bir kanserdir12,13. GBM için mevcut bakım standardı, primer tümör rezeksiyonu, ardından radyoterapi ve ardından temozolamid (TMZ) kullanılarak kemoterapiden oluşmaktadır 14. Ancak klinik GBM tümörlerinin yarısından fazlası çeşitli mekanizmalarla tedavi direnci göstermektedir15,16,17. Bireysel bir hasta için bir tedavi rejiminin etkinliğini tahmin etmek son derece zordur. Bireysel sonuçları tahmin etmek için kullanılan standart klinik öncesi modeller, immün sistemi baskılanmış farelere ortopik olarak ksenograflanmış hasta kaynaklı tümör hücrelerinden oluşur. Hasta kaynaklı ksenogreftler klinik GBM tümörlerinin birçok yönünü özetleyebilse ve klinik öncesi modeller için değerli olsa da18, doğası gereği pahalı, düşük verimli, zaman alıcı ve etik kaygılar içerir19. Hasta kaynaklı hücrelerin kültürleri, 2D plastik yüzeylerde veya sferoidler olarak, çoğunlukla bu sorunlardan kaçınır. Hasta kaynaklı hücreler genetik anormallikleri korurken, kültürleri 2D veya askıya alınmış sferoidler olarak kemirgenlerde ve orijinal hasta tümörlerinde hasta kaynaklı ksenogreftlerin büyük ölçüde zayıf temsilleri olmuştur20. Daha önce, biz ve diğerleri, beyin dokusunun mekanik ve biyokimyasal özelliklerini taklit eden bir 3D ECM’de kültürlenen GBM hücrelerinin, ilaç direnci fenotipleri10,21,22,23’ü koruyabileceğini göstermiştir.
Beyin ECM’sinde bol miktarda bulunan ve GBM tümörlerinde aşırı eksprese edilen bir polisakkarit olan hyaluronik asit (HA) ile CD44 reseptörü arasındaki etkileşimler, in vitro21,24,25,26,27 ilaç direncinin kazanılmasını modüle eder. Örneğin, HA’nın yumuşak, 3D kültürlere dahil edilmesi, hasta kaynaklı GBM hücrelerinin terapötik direnç kazanma yeteneğini arttırdı. Bu mekano-sorumluluk, GBM hücreleri21 üzerindeki CD44 reseptörlerine HA bağlanmasına bağlıydı. Ek olarak, 3D kültür matrislerine dahil edilen RGD taşıyan peptitlere integrin bağlanması, CD44 aracılı kemodirenci sertliğe bağlı bir şekilde yükseltti21. HA’nın ötesinde, birçoğu RGD bölgeleri içeren birkaç ECM proteininin ekspresyonu, normal beyin ve GBM tümörleri arasında değişir28. Örneğin, bir çalışma, GBM tümörleri29’da 28 farklı ECM proteininin yukarı regüle edildiğini bildirmiştir. Bu karmaşık tümör matriksi mikro ortamında, kanser hücreleri, Young’ın modülünde veya integrin bağlayıcı peptitlerin yoğunluğunda nispeten küçük farklılıklara (örneğin, bir büyüklük sırasından daha az) bağlı olan belirli bir direnç fenotipi üretmek için mekanik ve biyokimyasal ipuçlarını bütünleştirir28,29,30.
Mevcut protokol, tümör hücrelerinin matris ipuçlarının benzersiz kombinasyonlarını nasıl yorumladığını ve tedavi direncini destekleyen karmaşık, hastaya özgü matris mikro ortamlarını nasıl tanımladığını karakterize etmektedir (Şekil 1A). 3B kültür için minyatürleştirilmiş, hassas bir şekilde ayarlanmış matrisler oluşturmak için fotokimyasal bir yöntem, geniş, ortogonal değişken bir alan sağlar. Bir mikrodenetleyici tarafından çalıştırılan özel yapım bir LED dizisi, otomasyonu ve tekrarlanabilirliği artırmak için 384 delikli bir plaka formatında fotoçapraz bağlantı hidrojellerine dahil edildi. Maruz kalma yoğunluğu, atomik kuvvet mikroskobu (AFM) kullanılarak değerlendirildiği gibi, ortaya çıkan hidrojellerin mikro-mekanik özelliklerini değiştirmek için kuyu boyunca değiştirildi. Bu el yazması aydınlatma dizisinin kendisinin oluşturulmasına odaklanmamakla birlikte, cihaz çoğaltmasına yardımcı olarak bir devre şeması (Şekil 1B) ve parça listesi (Malzeme Tablosu) sağlanmıştır.
Bu rapor, Young modülünün (tek bir büyüklük sırasına göre dört seviye) ve integrin bağlayıcı peptit içeriğinin (dört farklı ECM proteininden türetilmiş) ortogonal olarak değiştirildiği benzersiz, 3D mikro ortamlarda kültürlenmiş bir dizi GBM hücresinin hızlı bir şekilde üretildiğini göstermektedir. Bu yaklaşım daha sonra hidrojel mekaniğinin ve ECM-spesifik integrin katılımının, temozolamid (TMZ) kemoterapisine direnç kazandıkça hasta kaynaklı GBM hücrelerinin yaşayabilirliği ve proliferasyonu üzerindeki göreceli katkılarını araştırmak için kullanıldı.
Mevcut çalışma, HA tabanlı 3D, minyatür kültürler üretmek için yöntemler sunarken, aynı zamanda integrin katılımı için mevcut matris sertliğini ve peptitleri değiştirmektedir. Bu teknik, matris parametrelerinin hücresel fenotipleri (örneğin, kemoterapiye maruz kalan kanser hücrelerinin yaşayabilirliği) artan verimle nasıl etkilediğinin sistematik olarak incelenmesini sağlar. Burada sunulanlar da dahil olmak üzere önceki yaklaşımlar, daha sert hidrojellerin daha yüksek polimer içeriğine s…
The authors have nothing to disclose.
Yazarlar, Carolyn Kim, Amelia Lao, Ryan Stoutamore ve Itay Solomon’a fotojelasyon şemasının önceki yinelemelerine katkılarından dolayı özellikle teşekkür etmek istiyor. GS122 ve GS304 hücre hatları David Nathanson tarafından cömertçe sağlandı. Tüm figürler BioRender.com ile yaratılmıştır. UCLA çekirdek tesisleri, Moleküler Tarama Ortak Kaynakları ve Nano ve Pico Karakterizasyon Laboratuvarı çalışmaya yardımcı oldu. Chen Chia-Chun, UCLA Eli ve Edythe Geniş Rejeneratif Tıp Merkezi ve Kök Hücre Araştırma Eğitim Programı tarafından desteklendi. Grigor Varuzhanyan, Tümör Hücresi Biyolojisi Eğitim Programı NIH Grant (T32 CA 009056) tarafından desteklendi.
1.1 kOhm resistors, 6 W | Digikey | 35601k1ft | |
1.7 mL microcentrifuge tube | Genesse Scientific | 21-108 | |
15 mL conical tube | Fisher Scientific | 14-959-70C | |
365 nm LED | Digikey | ltpl-c034uvh365 | |
384 well plate | Bio Greiner One | 781090 | |
40 µm cell strainer | MTC bio | C4040 | |
4-Armed thiol terminated polyethlene glycol (20 kDa) | Laysan Bio | 4arm-PEG-SH-20K-1g | |
6 NPN BJTs | Digikey | 2n5550ta | |
80 Ohm resistors, 0.125 W | Digikey | erjj-6enf80r6v | |
8-Armed norbornene terminated polyethylene glycol (20 kDa) | Jenkem Technology | A7025-1 | |
Accutase | Innovative Cell Technologies | AT104500 | cell dissociation reagent |
AFM Probes | Novascan | 0.01 N/m Nominal spring constant, 2.5 µm SiO2 particle | |
Arduino IDE | Arduino | 1.8.19 | |
Arduino Nano | Makerfire | Mini Nano V3.0 ATmega328P Microcontroller Board | |
bFGF | Peprotech | 100-18B | 20 ng/mL |
CCK8 | Abcam | ab228554 | |
Centrifuge | Thermoscientific | sorvall legend xtr | |
CP100ST | Gilson | F148415 | Pipette tips for positive displacement pipette |
Cubis Semi-Micro Balance | Sartorius | MSA225S100DI | |
DMEM – F12 (50-50) | Life Technologies | 11330057 | 1x |
DMSO | Fisher Scientific | BP231-100 | |
DPBS Ca (-) Mg (-) | Genesse Scientific | 25-508 | |
EGF | Peprotech | AF100-15 | 50 ng/mL |
Ethanol, Anhydrous | Fisher Scientific | A405P | Add DI water to dilute to 70% |
Fisherbrand Class B Amber Glass threaded vials | Fisher Scientific | 03-339-23C | |
Fisherbrand Weighing Paper | Fisher Scientific | 09-898-12B | |
G21 Supplement | Gemini Bio | 400-160 | 50x |
Hanks Balanced Salt Solution | Thermo Fisher Scientific | 14175095 | |
HCl, ACS, 12M | Sigma Aldrich | S25838A | Add DI water to dilute to 1 M |
Heparin sodium salt from porcine intestinal mucosa | Sigma Aldrich | H3149-100Ku | 25 µg/mL |
HEPES | Sigma Aldrich | H7006-100G | |
Hot Air Gun | Wagner | HT1000 | |
Integrin-binding sialoprotein (IBSP) peptide | Genscript | Custom Order | GCGYGGGGNGEPRGDTYRAY |
Lithium phenyl-2,4,6 trimethylbenzoylphosphinate (LAP) , >95% | Sigma Aldrich | 900889-1G | |
Magnetic stir plate | Thermo Scientific | SP194715 | |
Microcentrifuge | Thermo Scientific | Sorvall legend micro 21R | |
Microman E single Channel Pipettor | Gilson | FD10004 | Positive displacement pipette |
Micropipette Tips | Various Manufacturs | Various sizes | |
mLine micropipette | Sartorious | ||
N-acetyl Cysteine | Sigma Aldrich | A7250-10G | |
Nanowizard 4 | Bruker | AFM microscope | |
NaOH | Fisher Scientific | ss255-1 | Add DI water to dilute to 1 M |
Normoicin | Invivogen | ant-nr-1 | 500x |
Osteopontin Peptide | Genscript | Custom Order | GCGYGTVDVPDGRGDSLAYG |
Pipet Aid | Drummond | 4000102 | |
Plain Microscope Slides | Globe Scientific | 1301 | |
Press-To-Seal silicone Isolator, 12-4.5mm diam x 2mm deep | Grace Bio Labs | 664201-A | Cut so that 8 individual molds are made from a single sheet |
Processing | Processing | 3.5.4 | |
Repeater M4 | Eppendorf | 4982000322 | |
Repeater Pipette Tips | Sartorious | 30089430 | 1 mL sizes |
RGD Peptide | Genscript | GCGYGRGDSPG | |
Scoth Tape | |||
Serological Pipettes | Genesse Scientific | 12-102,12-104 | 5,10 mL Pipettes |
Solder Paste | Digikey | 315-NC191LT15T5-ND | |
Solder Wire | |||
Straight dissecting forceps | VWR Scientific | 82027-408 | |
Synergy H1 Plate Reader | Biotek | ||
T-75 Cell Culture Treated Flask | Genesee Scientific | 25-209 | |
Temozolomide | Sigma Aldrich | T2577 | Typically used from 10 µM to 100 µM |
Tenascin-C Peptide | Genscript | GCGYGRSTDLPGLKAATHYTITIR GV |
|
Thiolated Hyaluronic Acid (700 kDa), 6-8% modified | Lifecore Biomedical | HA700K5 | |
VWR Spinbar, Flea Micro | VWR | 58948-375 |