La sclérose en plaques (SEP) est une maladie inflammatoire auto-immune chronique qui affecte le système nerveux central (SNC). Elle se caractérise par une prévalence différente chez les sexes, touchant plus de femmes que d’hommes, et des résultats différents, montrant des formes plus agressives chez les hommes que chez les femmes. De plus, la SEP est très hétérogène en termes d’aspects cliniques, de caractéristiques radiologiques et pathologiques. Ainsi, il est nécessaire de tirer parti de modèles animaux expérimentaux qui permettent d’étudier autant d’aspects de la pathologie que possible. L’encéphalomyélite auto-immune expérimentale (EAE) représente l’un des modèles les plus utilisés de la SEP chez la souris, modélisant différentes caractéristiques de la maladie, de l’activation du système immunitaire aux lésions du SNC. Nous décrivons ici un protocole pour l’induction de l’EAE chez les souris mâles et femelles C57BL/6J en utilisant l’immunisation par le peptide glycoprotéique de l’oligodendrocyte de myéline 35-55 (MOG35-55), ce qui conduit au développement d’une forme chronique de la maladie. Nous rapportons également l’évaluation du score clinique quotidien et des performances motrices de ces souris pendant 28 jours après l’immunisation (28 dpi). Enfin, nous illustrons quelques analyses histologiques de base au niveau du SNC, en nous concentrant sur la moelle épinière en tant que site principal des lésions induites par la maladie.