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iClip - transcriptome à l'échelle de cartographie des protéines-ARN Interactions avec résolution nucléotides individuels
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Journal JoVE Biologie
iCLIP – Transcriptome-wide Mapping of Protein-RNA Interactions with Individual Nucleotide Resolution
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iClip - transcriptome à l'échelle de cartographie des protéines-ARN Interactions avec résolution nucléotides individuels

DOI:
10.3791/2638-v

•

10:45 min

•

April 30, 2011

•

, , , , , , , ,
1Laboratory of Molecular Biology,Medical Research Council – MRC, 2European Bioinformatics Institute,EMBL Heidelberg, 3Computer and Information Science,University of Ljubljana, 4Wellcome Trust Genome Campus,Wellcome Trust Sanger Institute

Chapitres

  • 00:05Titre
  • 01:19UV Cross-linking of Tissue Culture Cells
  • 02:10Bead Preparation
  • 02:53Cell Lysis and Partial RNA Digestion
  • 03:47Immunoprecipitation
  • 04:26RNA 5′ End Labelling
  • 05:08SDS-PAGE and Membrane Transfer
  • 06:27Gel Purification of cDNA
  • 08:44Representative Results
  • 10:00Conclusion

Summary

Traduction automatique

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L'arrangement spatial des protéines liant l'ARN sur une transcription est un déterminant clé de la régulation post-transcriptionnelle. Par conséquent, nous avons développé différents nucléotides réticulation UV résolution et immunoprécipitation (iClip) qui permet précisément l'échelle du génome de cartographie des sites de liaison d'une protéine liant l'ARN.

Tags

ICLIPTranscriptome-wide MappingProtein-RNA InteractionsIndividual Nucleotide ResolutionRNA-binding ProteinsPost-transcriptional RegulationPositional InformationBinding SitesBiochemical MethodsNative Cellular ContextAffinity PurificationImmunoprecipitationDifferential DisplayMicroarray AnalysisRIP-CHIPIndirect InteractionsNon-physiological InteractionsCLIP (UV Cross-linking And Immunoprecipitation)UV Cross-linkingRigorous Purification SchemesDenaturing Polyacrylamide Gel ElectrophoresisHigh-throughput Sequencing TechnologiesHITS-CLIPCLIP-seqPAR-CLIPPhotoreactive Ribonucleoside Analogs

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