Här beskriver vi en metod att direkt visualisera microregional vävnadshypoxi i mus cortex<em> In vivo</em>. Den är baserad på samtidig två-foton-avbildning av nikotinamidadenindinukleotid (NADH) och den kortikala mikrocirkulationen. Denna metod är användbar för hög upplösning analys av vävnad syretillförsel.