Name: Collecte, lisolement et lenrichissement des bactéries présentes naturellement magnétotactique de lEnvironnement (Vidéo) | JoVE Journal
Uploaded: 2012-11-15T11:55:00.000+00:00
Duration: 5 min 57 s
Description: Apprenez à isoler et enrichir les bactéries magnétotactiques à partir de sédiments d'eau douce en utilisant un aimant et une microscopie optique. Cette méthode simple permet d'étudier leur morphologie et leurs magnétosomes pour la microbiologie environnementale.

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Ce travail a été soutenu par des subventions de la National Science Foundation américaine (AER-0920299-0745808 et EAR); US National Science Foundation Asie de l&#39;Est et du Pacifique Instituts d&#39;été; la Geological Society of America Research Grant Programme et les subventions pour la recherche des anciens diplômés et les bourses de l&#39;Ohio State University. Nous tenons à remercier le rédacteur en chef et deux relecteurs anonymes pour leurs commentaires perspicaces.

1. VTT Collection <ol><li> Au moment de décider sur un site d&#39;eau douce pour recueillir des bactéries magnétotactiques (VTT), il est souvent préférable de commencer avec un étang ou à rotation lente cours d&#39;eau qui a une couche de sédiments meubles boueux. Dans cette démonstration, nous avons recueilli un échantillon au bord de la rivière d&#39;Olentangy sur le campus de l&#39;Ohio State University (OSU) à Columbus, dans l&#39;Ohio (États-Unis). Bien que ce fut un emplacement idéal pour notre démonstration, le protocole décrit ici est applicable à n&#39;importe quel endroit aquatique. Les matériaux utilisés dans ce protocole peuvent être trouvés dans le tableau 1. Trouver un endroit où la profondeur de l&#39;eau est comprise entre 10 et 100 cm. À un tel endroit, vous devriez recueillir la couche supérieure de sédiments plus en utilisant un clair vis-top conteneur. Écoper l&#39;eau et des sédiments dans le récipient jusqu&#39;à ce qu&#39;il soit rempli d&#39;un tiers à la moitié des sédiments et le volume restant d&#39;eau. Conserver le récipient immergé jusqu&#39;à ce qu&#39;il soit rempli d&#39;eau, puis bien boucher le récipient wvec son vis-top couvercle. Il n&#39;est pas nécessaire de mélanger le sédiment. Essuyez l&#39;extérieur du récipient avec une serviette, puis prendre l&#39;échantillon de votre laboratoire. Il n&#39;est pas nécessaire de se précipiter l&#39;échantillon au laboratoire. Nous avons laissé les échantillons VTT dans des récipients en plastique dans le domaine pendant plusieurs jours avant de les ramener à notre laboratoire. Le VTT doit être viable pendant plusieurs semaines à plusieurs mois, tant que vous stocker les échantillons dans un endroit frais et ombragé dans le domaine. </li><li> Une fois que l&#39;échantillon est dans votre laboratoire, desserrer le bouchon et laisser couvrant le récipient afin de réduire la quantité d&#39;évaporation. Entreposer le contenant à la température ambiante dans une pièce sombre, un tiroir, ou couvrir complètement le récipient avec du papier d&#39;aluminium. Laissez les sédiments et les particules fines de complètement se déposent au fond du récipient en laissant l&#39;échantillon reposer pendant plusieurs heures à plusieurs jours. Il n&#39;est pas nécessaire de mélanger le sédiment, VTT préfèrent un environnement intact. Les parois claires du récipient en matière plastiquevous permettra de confirmer que les particules se sont installés au fond. En fonction de votre échantillon, VTT peuvent rester vivantes dans l&#39;échantillon pendant de nombreux mois. </li></ol> 2. Isolation VTT <ol><li> Lorsque vous êtes prêt à isoler les aimants VTT lieu, sur les côtés du conteneur en plastique d&#39;environ 1 cm au-dessus de l&#39;interface eau-sédiments (figure 1A). Attention à ne pas perturber les sédiments dans le fond du récipient. Placer le pôle sud d&#39;un aimant sur ​​un côté du récipient et du côté nord d&#39;un autre aimant sur ​​le côté opposé (figure 1A). Presque n&#39;importe quel aimant peut être utilisé comme un agitateur magnétique ou aimant de réfrigérateur grande. Tout peut être utilisé pour soutenir les aimants à la bonne hauteur au-dessus de l&#39;interface eau-sédiment. Nous avons constaté que les aimants se reposer sur le dessus d&#39;un carton ou une boîte en plastique est la meilleure, cependant, les aimants peuvent aussi être enregistrées à l&#39;extérieur du récipient en plastique. Attendre 30 minutes à plusieursheures pour les bactéries de se baigner à l&#39;aimant. </li><li> Utiliser une pipette stérile pour recueillir soigneusement l&#39;eau à l&#39;intérieur du conteneur (figure 1A) près de la position de l&#39;aimant sud-pôle (pour les échantillons prélevés dans l&#39;hémisphère Nord). Cette eau doit contenir le MTB qui ont été attirés par l&#39;aimant sud-pôle. Ensuite, une piste de course capillaire doit être utilisé pour enrichir le VTT. </li></ol> 3. VTT Racetrack <ol><li> Afin d&#39;enrichir votre échantillon de bactéries magnétotactiques, une piste de course capillaire est nécessaire (figures 1B et 1C). Celles-ci doivent être faites avant d&#39;isoler les cellules du récipient plastique transparent. </li><li> Utilisez un pouce 5,75 (146 mm) pipette Pasteur en verre pour faire une piste de course. Utilisez un stylo ou un fichier de diamant pour couper le haut de la pipette, la longueur de la pipette n&#39;est pas crucial, mais il devrait être en mesure de contenir environ 1-2 ml d&#39;eau. Ensuite, utilisez un brûleur Bunsen pour faire fondre la pointe de sorte queil devient étanche (Figure 1C). La pipette résultant doit avoir une extrémité ouverte et une extrémité fermée. </li><li> Faites plusieurs de ces hippodromes, puis autoclave. En outre, vous aurez besoin de passer à l&#39;autoclave coton et plusieurs aiguilles métalliques longues. </li><li> Ajouter de l&#39;eau filtrée échantillon, recueilli à partir de l&#39;eau à proximité de l&#39;interface sédiment représenté sur la figure 1A, un circuit à l&#39;aide d&#39;un autoclave métallique de grande longueur d&#39;aiguille montée sur une seringue filtré. La taille des pores du filtre doit être de 0,22 mm pour éliminer les débris et les contaminants de l&#39;eau. Il est important d&#39;être absolument sûr qu&#39;il n&#39;y ait pas de bulles d&#39;air dans le capillaire en verre. </li><li> Branchez le bas de la piste avec du coton stérile (figure 1B). Utiliser l&#39;aiguille métallique pour pousser le coton vers l&#39;extrémité fermée de la piste de sorte qu&#39;il est de 0,5 à 1 cm de distance de l&#39;extrémité fermée (figure 1C). </li><li> En utilisant une pipette stérile, ajouter de l&#39;eau contenant du VTT (section 2.2) à l&#39;échantillon reservoir (extrémité ouverte) d&#39;un circuit VTT préparée (figure 1B). </li></ol> 4. Enrichissement VTT <ol><li> Une fois que le circuit est rempli de liquide échantillon, posez-le sur le côté sur une surface horizontale (par exemple, une table) et placez le pôle sud d&#39;un aimant (dans l&#39;hémisphère Nord) à côté de la pointe scellée du circuit (figures 1B et 1C). </li><li> Attendre 5 à 30 min pour le VTT de migrer à travers le coton. Ensuite, vous devez recueillir le liquide près de l&#39;extrémité de la piste. Attendre trop longtemps peut introduire des contaminants, comme d&#39;autres bactéries mobiles, à la pointe du capillaire. En option, vous pouvez utiliser un microscope optique pour voir le bout de la piste de course et regarder le VTT à frais virés au bout de la piste. Cela vous permettra de déterminer combien de temps il prend le VTT à migrer à travers le bouchon de coton. </li><li> Doucement utiliser le couteau de diamant pour faire une petite égratignure près de bouchon de coton et casser l&#39;extrémité de la piste. </li> &lt;li&gt; Utiliser une seringue de 1 ml avec une aiguille étroite (25 ou 27 gauge) pour retirer le fluide de la pointe de l&#39;hippodrome. Cet échantillon liquide doit maintenant contenir le VTT enrichi. </li></ol> 5. Observation VTT par microscopie optique <ol><li> Déposer une goutte (10-20 pi) de l&#39;échantillon enrichi VTT sur une lamelle. </li><li> Parcourir rapidement la lamelle sur la goutte est donc désormais vers le bas et suspendu à la lamelle. </li><li> Placer la lamelle couvre-objet sur un joint torique qui est en appui sur une lame de verre. Le joint torique doit avoir un diamètre légèrement plus petit que la lamelle (environ 1 cm, figure 2). </li><li> Placez cette goutte suspendue sur une scène microscope optique et de se concentrer sur un bord de la goutte. Un objectif 60X sec fonctionne très bien parce que la plupart ont une grande ouverture numérique (NA, par exemple, 0,93) mais ne nécessitent pas d&#39;huile, ce qui est difficile à utiliser pour la méthode de la goutte suspendue (figure 2). </li><li> Placez l&#39;extrémité sud d&#39;une étroite barre aimantée à la pendaison drop et VTT commence à se déplacer vers le bord de la goutte la plus proche de l&#39;aimant (figure 3). En quelques minutes, VTT nombre devrait être au bord de la goutte (figure 3). Prouvez-vous que les bactéries sont magnétiques en inversant le pôle de l&#39;aimant, puis d&#39;observer les bactéries se baigner dans la direction opposée. </li></ol> 6. Observation VTT par microscopie électronique à transmission (MET) <ol><li> Déposer une goutte (~ 20 pi) du VTT enrichi sur une grille de cuivre et de permettre aux bactéries de s&#39;installer pendant 10 min. </li><li> Évacuent l&#39;excès d&#39;eau avec un morceau de papier filtre propre. </li><li> Éventuellement, la grille peut être négativement colorées avec de l&#39;acétate d&#39;uranyle 2%, 2% pH 7,2 acide phosphotungstique ou de sodium 2,5% de molybdate 7, 8, 9. Ceci est fait en plaçant la grille de cuivre sur une goutte de colorant immédiatement après l&#39;incubation de la grille avec le VTT enrichi. Incuber la grille avec la tache négative, les heures peuvent varier selon le stain utilisé, puis évacuent le liquide avec un morceau de papier filtre propre. </li><li> Observez le VTT par microscopie électronique à transmission (MET, figure 4). Pour les travaux décrits ici ont été adsorbées VTT Formvar stabilisé et revêtues de carbone 200 mailles des grilles de cuivre (Ted Pella # 01800). Les grilles ont été placées avec le côté de carbone sur une goutte de suspension cellulaire pour un maximum de 10 minutes, puis immédiatement lavés une fois en plaçant la grille sur une goutte d&#39;eau pendant 30 secondes. Pour la coloration, les grilles ont été placés sur une baisse de l&#39;acétate d&#39;uranyle 2% (Ted Pella # 19481) pour 30 secondes à 5 minutes, puis séché complètement à l&#39;aide d&#39;un morceau de papier filtre. Les grilles ont été analysés par MET en utilisant soit une FEI 80kV Tecnai Esprit à la FEI ou d&#39;un Tecnai F20 angle à haute tige annulaire champ sombre à 200kV. </li></ol>

<ol><li>Blakemore, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Magnetotactic+bacteria%5BTitle%5D)+AND+%22Science%22%5BJournal%5D)">Magnetotactic bacteria.</a> Science. 190, 377-379 (1975).</li>
<li>Blakemore, R. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Magnetotactic+bacteria%5BTitle%5D)+AND+%22Annual+Reviews+in+Microbiology%22%5BJournal%5D)">Magnetotactic bacteria.</a> Annual Reviews in Microbiology. 36, 217-238 (1982).</li>
<li>Bazylinski, D. A., Frankel, R. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Controlled+Biomineralization+of+Magnetite+%28Fe3O4%29+and+Greigite+%28Fe3S4%29+in+a+Magnetotactic+Bacterium%5BTitle%5D)+AND+%22Applied+and+Environmental+Microbiology%22%5BJournal%5D)">Controlled Biomineralization of Magnetite (Fe3O4) and Greigite (Fe3S4) in a Magnetotactic Bacterium.</a> Applied and Environmental Microbiology. 61, 3232-3239 (1995).</li>
<li>Lefevre, C. T., Menguy, N., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+Cultured+Greigite-Producing+Magnetotactic+Bacterium+in+a+Novel+Group+of+Sulfate-Reducing+Bacteria%5BTitle%5D)+AND+%22Science%22%5BJournal%5D)">A Cultured Greigite-Producing Magnetotactic Bacterium in a Novel Group of Sulfate-Reducing Bacteria.</a> Science. 334, 1720-1723 (2011).</li>
<li>Simmons, S. L., Bazylinski, D. A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((South-seeking+magnetotactic+bacteria+in+the+Northern+Hemisphere%5BTitle%5D)+AND+%22Science%22%5BJournal%5D)">South-seeking magnetotactic bacteria in the Northern Hemisphere.</a> Science. 311, 371-374 (2006).</li>
<li>Wolfe, R., Thauer, R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+%27capillary+racetrack%27+method+for+isolation+of+magnetotactic+bacteria%5BTitle%5D)+AND+%22FEMS+Microbiology+Letters%22%5BJournal%5D)">A 'capillary racetrack' method for isolation of magnetotactic bacteria.</a> FEMS Microbiology Letters. 45, 31-35 (1987).</li>
<li>Rodgers, F. G., Blakemore, R. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Intercellular+structure+in+a+many-celled+magnetotactic+prokaryote%5BTitle%5D)+AND+%22Archives+of+Microbiology%22%5BJournal%5D)">Intercellular structure in a many-celled magnetotactic prokaryote.</a> Archives of Microbiology. 154, 18-22 (1990).</li>
<li>Moench, T. T., Konetzka, W., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+novel+method+for+the+isolation+and+study+of+a+magnetotactic+bacterium%5BTitle%5D)+AND+%22Archives+of+Microbiology%22%5BJournal%5D)">A novel method for the isolation and study of a magnetotactic bacterium.</a> Archives of Microbiology. 119, 203-212 (1978).</li>
<li>Balkwill, D., Maratea, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Ultrastructure+of+a+magnetotactic+spirillum%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Bacteriology%22%5BJournal%5D)">Ultrastructure of a magnetotactic spirillum.</a> Journal of Bacteriology. 141, 1399-1408 (1980).</li>
<li>Lins, U., Freitas, F., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Simple+homemade+apparatus+for+harvesting+uncultured+magnetotactic+microorganisms%5BTitle%5D)+AND+%22Brazilian+Journal+of+Microbiology%22%5BJournal%5D)">Simple homemade apparatus for harvesting uncultured magnetotactic microorganisms.</a> Brazilian Journal of Microbiology. 34, 111-116 (2003).</li>
<li>Jogler, C., Lin, W., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Toward+Cloning+of+the+Magnetotactic+Metagenome%3A+Identification+of+Magnetosome+Island+Gene+Clusters+in+Uncultivated+Magnetotactic+Bacteria+from+Different+Aquatic+Sediments%5BTitle%5D)+AND+%22Applied+and+Environmental+Microbiology%22%5BJournal%5D)">Toward Cloning of the Magnetotactic Metagenome: Identification of Magnetosome Island Gene Clusters in Uncultivated Magnetotactic Bacteria from Different Aquatic Sediments.</a> Applied and Environmental Microbiology. 75, 3972-3979 (2009).</li>
<li>Lin, W., Li, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Newly+Isolated+but+Uncultivated+Magnetotactic+Bacterium+of+the+Phylum+Nitrospirae+from+Beijing%2C+China%5BTitle%5D)+AND+%22Applied+and+Environmental+Microbiology%22%5BJournal%5D)">Newly Isolated but Uncultivated Magnetotactic Bacterium of the Phylum Nitrospirae from Beijing, China.</a> Applied and Environmental Microbiology. 78, 668-675 (2012).</li>
<li>Li, J., Pan, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Biomineralization%2C+crystallography+and+magnetic+properties+of+bullet-shaped+magnetite+magnetosomes+in+giant+rod+magnetotactic+bacteria%5BTitle%5D)+AND+%22Earth+and+Planetary+Science+Letters%22%5BJournal%5D)">Biomineralization, crystallography and magnetic properties of bullet-shaped magnetite magnetosomes in giant rod magnetotactic bacteria.</a> Earth and Planetary Science Letters. 293, 368-376 (2010).</li>
<li>Oestreicher, Z., Valerde-Tercedor, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Magnetosomes+and+magnetite+crystals+produced+by+magnetotactic+bacteria+as+resolved+by+atomic+force+microscopy+and+transmission+electron+microscopy%5BTitle%5D)+AND+%22Micron%22%5BJournal%5D)">Magnetosomes and magnetite crystals produced by magnetotactic bacteria as resolved by atomic force microscopy and transmission electron microscopy.</a> Micron. 43, 1331-1335 (2012).</li>
</ol>

Aucun conflit d&#39;intérêt déclaré.

Magnétotactique bactéries ne sont pas nécessairement dans tous les milieux aquatiques 8, mais quand ils surviennent, ils peuvent être consultés sur l&#39;ordre de 100 - 1.000 cellules par millilitre 2. Afin d&#39;observer le VTT en utilisant la microscopie optique, vous aurez besoin d&#39;environ 50 bactéries / ml dans l&#39;échantillon 8. S&#39;il n&#39;y a pas ou peu de VTT dans votre échantillon, alors vous devrez soit choisir un nouveau site de l&#39;environnement de collecter vos éc...

<table border="1"><tbody><tr><td> Nom d&#39;article </td><td> Entreprise </td><td> Numéro de catalogue </td><td> Commentaires (optionnel) </td></tr><tr><td> Lames de verre </td><td> Fisher Scientific </td><td> S95933 </td><td></td></tr><tr><td> Verre Pipettes Pasteur </td><td> Fisher Scientific </td><td> 13-678-6A </td><td></td></tr><tr><td> O-ring </td><td> Droguerie </td><td></td><td></td></tr><tr><td> Lamelles </td><td> Fisher Scientific </td><td> 12-542B </td><td></td></tr><tr><td> Barre aimantée </td><td> Fisher Scientific </td><td> S95957 </td><td></td></tr><tr><td> Conteneur </td><td> Tout </td><td></td><td> Toute plastic ou récipient en verre qui peut contenir au moins 0,5 L et peuvent être scellés </td></tr><tr><td> Coton </td><td> Tout </td><td></td><td></td></tr><tr><td> Microscope avec objectif à sec 60X </td><td> Zeiss </td><td></td><td> Une lentille 60X sec n&#39;est pas absolument nécessaire, mais cela donne une grande NA sans huile </td></tr><tr><td> Diamant stylo </td><td> Fisher Scientific </td><td> 08-675 </td><td></td></tr><tr><td> Filtre de 0,22 mm </td><td> Fisher Scientific </td><td> 09-719C </td><td></td></tr><tr><td> Seringue de 1 ml </td><td> Fisher Scientific </td><td> NC9788564 </td><td></td></tr><tr><td> Microtubes </td><td> Fisher Scientific </td><td> 02-681-320 </td><td></td></tr><tr><td> Formvar / Carbone200 mesh, des grilles de cuivre </td><td> Ted Pella Inc </td><td> 01800 </td><td></td></tr><tr><td> L&#39;acétate d&#39;uranyle </td><td> Ted Pella Inc </td><td> 19481 </td><td></td></tr><tr><td> Tecnai Esprit TEM </td><td> FEI </td><td></td><td></td></tr><tr><td> Tecnai F20 S / TEM </td><td> FEI </td><td></td><td></td></tr></tbody></table>

collecte, l&#39;isolement et l&#39;enrichissement des bactéries présentes naturellement magnétotactique de l&#39;environnement

Collection, Isolation and Enrichment of Naturally Occurring Magnetotactic Bacteria from the Environment

Bactéries magnétotactique Tout Terrain (VTT) sont des micro-organismes aquatiques qui ont d&#39;abord été décrits notamment en 1975 1 à partir d&#39;échantillons de sédiments prélevés dans les marais salants de Massachusetts (USA). Depuis VTT ont été découverts dans l&#39;eau et stratifiés sédiments colonnes de partout dans le monde 2. Une caractéristique commune à tous les VTT, c&#39;est qu&#39;ils contiennent magnétosomes, qui sont intracellulaires, nanocristaux liée à la membrane magnétique de la magnétite (Fe 3 O 4) et / ou greigite (Fe 3 S 4) ou les deux 3, 4. Dans l&#39;hémisphère Nord, VTT sont généralement attirés vers l&#39;extrémité sud d&#39;un aimant, tandis que dans l&#39;hémisphère sud, ils sont généralement attirés vers l&#39;extrémité nord d&#39;un aimant 3,5. Cette propriété peut être exploitée lors de la tentative d&#39;isoler VTT à partir d&#39;échantillons environnementaux. Une des façons les plus courantes pour enrichir VTT est d&#39;utiliser un récipient en plastique transparent pour collecter des sédiments et de l&#39;eau d&#39;une source naturelle,comme un bassin d&#39;eau douce. Dans l&#39;hémisphère Nord, l&#39;extrémité sud d&#39;un aimant est placé sur le côté extérieur du récipient juste au-dessus du sédiment à l&#39;interface eau-sédiments. Après un certain temps, la bactérie peut être retiré de l&#39;intérieur du récipient à proximité de l&#39;aimant à la pipette et ensuite enrichie en outre par l&#39;utilisation d&#39;un circuit capillaire 6 et un aimant. Une fois enrichi, les bactéries peuvent être placées sur une lame de microscope en utilisant une méthode de la goutte suspendue et observées dans un microscope optique ou déposée sur une grille de cuivre et observées par microscopie électronique à transmission (MET). En utilisant cette méthode, isolé VTT peuvent être étudiées au microscope pour déterminer des caractéristiques telles que le comportement natatoire, le type et le numéro de la morphologie cellulaire flagelles, des cellules, la forme des cristaux magnétiques, le nombre de magnétosomes, le nombre de chaînes magnétosome dans chaque cellule, la composition de les cristaux nanomineral, et la présence de vacuoles intracellulaires.

Un aimant est un outil efficace qui peut être utilisé pour isoler des bactéries magnétotactiques (MTB) contenues dans des échantillons de l&#39;environnement (Figure 1A). Un circuit capillaire (figure 1B) utilise les propriétés magnétiques des VTT pour les attirer à travers un tampon de coton où ils peuvent être séparés des non-magnétotactiques micro-organismes aussi contenu dans l&#39;échantillon de l&#39;environnement. ...

Nous démontrons une méthode pour recueillir les bactéries magnétotactiques Tout Terrain (VTT) qui peuvent être appliquées dans les eaux naturelles. VTT peuvent être isolées et enrichies à partir des échantillons de sédiments à l&#39;aide d&#39;une configuration relativement simple qui tire parti du magnétisme de la bactérie naturelle. VTT isolé peut ensuite être examiné en détail en utilisant à la fois la lumière et la microscopie électronique.

Collecte, l&#39;isolement et l&#39;enrichissement des bactéries présentes naturellement magnétotactique de l&#39;Environnement

Magnetotactic bacteria (MTB) are aquatic microorganisms that were first notably described in 19751 from sediment samples collected in salt marshes of ...

L’objectif global de cette procédure est d’isoler les bactéries magnétotactiques d’un environnement d’eau douce. Pour ce faire, il faut d’abord prélever des échantillons de sédiments d’eau au bord d’une rivière ou d’un lac. La deuxième étape consiste à isoler les bactéries magnétotactiques contenues dans l’échantillon environnemental à l’aide d’un aimant à barres.Ensuite, les bactéries magnétotactiques sont enrichies à l’aide d’une piste de course capillaire en verre et d’un aimant. Enfin, les bactéries magnétotactiques sont caractérisées à l’aide de la microscopie optique. En fin de compte, la microscopie électronique à transmission est utilisée pour montrer la taille et la forme des bactéries et de leurs zones magnétographiques contenant de la magnétite.Cette méthode nous aide à comprendre des questions clés, la microbiologie environnementale, comme l’évolution de la magnéto sur Terre et la façon dont les bactéries magnétotactiques synthétisent des aimants de taille nanométrique. La démonstration de la procédure aujourd’hui sera Zachary, un Stryker. Zachary est candidat au doctorat dans mon laboratoire.Il travaille avec mon frère et moi-même ici à l’Université d’État de l’Ohio. Lorsque vous décidez d’un site d’eau douce pour collecter des bactéries magnétotactiques ou MTB, il est souvent préférable de commencer par un étang ou un ruisseau lent qui a une couche de sédiments mous et boueux. Dans cette démonstration, nous avons prélevé un échantillon au bord de la rivière Oland Tangy sur le campus de l’Université d’État de l’Ohio à Columbus, en Ohio.Trouvez un endroit où la profondeur de l’eau est comprise entre 10 et 100 centimètres et, à l’aide d’un récipient à vis transparent, remplissez le récipient avec la couche supérieure de sédiments et l’espace restant avec de l’eau, en recouvrant le récipient sous l’eau dans le laboratoire, desserrez le bouchon et laissez-le couvrir le récipient pour réduire l’évaporation et stockez-le dans l’obscurité pendant plusieurs heures à plusieurs jours pour permettre aux sédiments de se dérouler et trouver des particules pour se déposer. Pour faire des pistes de course pour enrichir le VTT. Commencez par utiliser un stylo ou une lime en diamant pour couper le haut d’une pipette en verre de 5,75 pouces, en laissant suffisamment d’espace pour un à deux millilitres d’eau.Ensuite, utilisez un brûleur pour sceller l’autoclave de pointe. Plusieurs soulèvent des chenilles avec du coton et de longues aiguilles métalliques. Lorsque vous êtes prêt à isoler le VTT, placez des aimants sur les côtés du récipient en plastique, à environ un centimètre au-dessus de l’interface eau-sédiment avec les pôles sud et nord sur les côtés opposés du récipient.Veillez à ne pas déranger les sédiments. Attendez de 30 minutes à plusieurs heures pour que les bactéries nagent jusqu’à l’aimant. Ensuite, à l’aide d’une seringue, retirez le liquide du récipient d’échantillon près de l’interface sédiment-eau.Fixez un filtre à la seringue et une aiguille métallique au filtre, puis assurez-vous qu’il n’y a pas de bulles dans le capillaire. À l’aide de l’aiguille, l’eau filtrée de l’échantillon est ajoutée à une piste de course en autoclave avec du coton stérile et l’aiguille métallique. Branchez la piste de course en poussant le coton à l’intérieur du capillaire à 0,5 à un centimètre de l’extrémité scellée.À l’aide d’une pipette stérile, retirez les bactéries magnétotactiques du récipient où elles sont regroupées près du pôle sud de l’aimant, et ajoutez le VTT contenant de l’eau à l’extrémité ouverte de la piste de course. Une fois que la piste de course est remplie d’échantillon de liquide, posez-la sur le côté sur une surface horizontale et placez le pôle sud d’une barre magnétique à côté de la pointe d’étanchéité de la piste de course. Attendez cinq à 30 minutes pour que le VTT migre à travers le coton.À l’aide d’un couteau diamanté, faites doucement une petite égratignure près du bouchon de coton et cassez l’extrémité de la piste de course. À l’aide d’une seringue d’un millilitre avec une aiguille étroite, retirez le liquide enrichi en VTT de l’extrémité de la piste de course. Pour observer le MTB par microscopie optique, placez une goutte de l’échantillon enrichi sur une lamelle.Placez la lamelle de recouvrement sur un joint torique qui repose sur une lame de verre. C’est ce qu’on appelle la goutte suspendue. Le joint torique doit avoir un diamètre légèrement inférieur à celui de la lamelle.Ensuite, placez la lame sur une platine de microscope optique et faites la mise au point sur un bord de la goutte. Ensuite, pour attirer le VTT d’un côté de la chute, placez l’extrémité sud d’un aimant de barre près de ce côté en quelques minutes, de nombreux VTT doivent être au bord de la chute. Pour observer le MTB par TEM, placez une grille de cuivre de 200 mailles stabilisée et recouverte de carbone sur la goutte de bactéries enrichies et laissez l’échantillon se déposer pendant 10 minutes.Après avoir lavé l’échantillon sur une goutte d’eau pendant 30 secondes, placez-le sur une goutte d’acétate d’urinoir à 2 % pendant 30 secondes à cinq minutes, puis utilisez un morceau de papier filtre pour sécher complètement, analysez les échantillons à l’aide de la microscopie électronique à transmission à 200 kilovolts. Voici une image au microscope électronique à transmission d’une seule bactérie magnétotactique enrichie à partir d’un échantillon de sédiments environnementaux. La spirale et la morphologie des zones cellulaires et magnétologiques sont clairement visibles avec une seule puce.Une fois que les bactéries magnétotactiques ont été collectées dans l’environnement, la technique de séparation magnétique prendra environ trois heures si elle est correctement exécutée. À la suite de cette procédure, d’autres méthodes telles que l’analyse de l’ARN ribosomique 16 s peuvent être effectuées, ce qui répondra à des questions supplémentaires telles que la relation phylogénétique de la bactérie magnétotactique nouvellement découverte avec d’autres micro-organismes.

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JoVE Journal

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Mama est un unique protéines associées magnétosome qui a été montré pour être impliqués dans l'activation magnétosome. Nous présentons ici le protocole de purification de Mama mutant de délétion (MamAΔ41)...

Purification de la M. magneticum Strain AMB-1 Protein magnétosome Associated MamAΔ41

Eucaryotes microbiens sont à la fois une source de carbone photosynthétique dérivé et principales espèces prédatrices en permanence lacs antarctiques couvertes de glace. Ce rapport décrit une approche de la culture d'enrichissement d'isoler métaboliquement eucaryotes microbiens polyvalents du lac de l'Antarctique, le lac Bonney, et évalue le potentiel de fixation du carbone inorganique en utilisant un dosage radio-isotope pour ribulose-1 ,5-oxygénase bisphophate carboxylase (RubisCO) l'activité.

Mise en place de cultures microbiennes eucaryotes à partir d&#39;un enrichissement chimique stratifié lac Antarctique et de l&#39;évaluation du potentiel de fixation du carbone

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Commencer par une culture d’enrichissement dérivée du sol d’un milieu humide contenant des communautés bactériennes.La culture présente une activité Feammox, l’oxydation de l’ammonium couplée à la réduction du fer ferrique, indiquant l’enrichissement d’une bactérie capable de ce processus métabolique.Diluer la culture en série à l’aide de milieux.Étalez les échantillons dilués sur des plaques de gélose d’essai complétées par du fer ferrique et de l’ammonium.Utilisez des plaques de contrôle qui...

Isolement de réducteurs de fer oxydant l’ammonium à partir d’une culture d’enrichissement dérivée d’un sol de zone humide 

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