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DamID-seq: Genoma-wide Mapeamento das Interações Proteína-DNA por High Throughput Sequencing de fragmentos de DNA metilado-Adenina
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Journal JoVE Biologie
DamID-seq: Genome-wide Mapping of Protein-DNA Interactions by High Throughput Sequencing of Adenine-methylated DNA Fragments

DamID-seq: Genoma-wide Mapeamento das Interações Proteína-DNA por High Throughput Sequencing de fragmentos de DNA metilado-Adenina

DOI:
10.3791/53620-v

•

09:14 min

•

January 27, 2016

•

, ,
1Department of Cell Biology,Yale University School of Medicine

Chapitres

  • 00:05Titre
  • 00:58Generation and Expression of Fusion Proteins and Free Dam Proteins
  • 03:12Library Preparation: Fragmentation
  • 05:29Library Preparation: Size Selection
  • 07:26Results: Detecting Lamin B1 Binding Regions on the Mouse Chromosome One
  • 08:20Conclusion

Summary

Traduction automatique

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Descrevemos aqui um ensaio por acoplamento de identificação do DNA adenina metiltransferase (DamID) para sequenciamento de alta taxa de transferência (DamID-seq). Este método melhorado fornece uma resolução mais alta e uma maior gama dinâmica, e permite analisar os dados DamID-seq em conjunto com outros dados de sequenciação de alto rendimento tal como Chip-SEQ, ARN-SEQ, etc.

Tags

DamID-seqGenome-wide MappingProtein-DNA InteractionsHigh Throughput SequencingAdenine-methylated DNA FragmentsNuclear OrganizationTranscription RegulationMammalian CellsGenomic RegionsAmyloidTranscription FactorsHigh ResolutionDNA MicroarraysCross-analysisGene CloningDamID VectorLentiviral StocksLentiviral Expression SystemCotransfectionLentivirus Infection

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