Vi beskriver ett effektivt, robust och kostnadseffektiv metod för att extrahera nukleinsyra från bomullstoppar för karakterisering av bakteriesamhällen med hjälp av 16S rRNA-genen amplikon sekvensering. Metoden gör det möjligt för en gemensam strategi för flera provtyper bearbetning och rymmer ett antal efterföljande analytiska processer.