Protokollen som presenteres i denne undersøkelse beskriver fremgangsmåter for sanntids overvåkning av reprogrammerings-progresjon gjennom den kinetiske måling av positive og negative pluripotent stamcellemarkører ved hjelp av strømningscytometri-analyse. Protokollen inneholder også bildebasert vurdering av morfologi, og markør eller reporter uttrykk under IPSC generasjon.