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Un protocole pour l’utilisation de gènes série d’analyses d’enrichissement pour identifier le modèle Animal approprié de recherche translationnelle
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Journal JoVE Biologie
A Protocol for Using Gene Set Enrichment Analysis to Identify the Appropriate Animal Model for Translational Research
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Un protocole pour l’utilisation de gènes série d’analyses d’enrichissement pour identifier le modèle Animal approprié de recherche translationnelle

DOI:
10.3791/55768-v

•

09:35 min

•

August 16, 2017

•

, , , , ,
1Department of Experimental Toxicology and ZEBET,German Federal Institute for Risk Assessment (BfR), 2Department of Clinical Pharmacology and Toxicology,Charité-Universitätsmedizin Berlin

Chapitres

  • 00:05Titre
  • 00:54Performing the Game Set Enrichment Analysis (GSEA)
  • 05:46Comparing the GSEA Results and Identifying the Optimal Animal Model
  • 07:55Results: Overlap of Pathway Regulation Identifies Suitable and Unsuitable Animal Models
  • 08:49Conclusion

Summary

Traduction automatique

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Nous fournissons un protocole normalisé pour l’utilisation du gène enrichissement set analyse des données transcriptomiques pour identifier un modèle souris idéal pour la recherche translationnelle.
Ce protocole peut être utilisé avec les puces à ADN et des données de séquençage de l’ARN et encore peut être étendu à d’autres données omics si des données sont disponibles.

Tags

Keywords: Gene Set Enrichment AnalysisAnimal ModelTranslational ResearchGenome DataMouse ModelsInflammatory DiseasesGene Expression StudiesGene Expression DataPhenotype FileMolecular Signature DatabaseDNA Chip AnnotationsGSEA SoftwareGene SymbolsPermutations

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