Här beskriver vi ett protokoll för automatisk segmentering av fluorescently märkt vävnader på bilder med hjälp av ett widefield hög-innehållsanalys system (WHCAS). Detta protokoll har omfattande tillämpningar i något fält som omfattar kvantitering av fluorescerande markörer i biologiska vävnader inklusive biologiska vetenskaper, medicinsk teknik och medicin.