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CARIP-Seq e ChIP-Seq: métodos para identificar a cromatina associada RNAs e interações da proteína-ADN em células-tronco embrionárias
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Journal JoVE Biologie du développement
CARIP-Seq and ChIP-Seq: Methods to Identify Chromatin-Associated RNAs and Protein-DNA Interactions in Embryonic Stem Cells

CARIP-Seq e ChIP-Seq: métodos para identificar a cromatina associada RNAs e interações da proteína-ADN em células-tronco embrionárias

DOI:
10.3791/57481-v

•

11:13 min

•

May 25, 2018

•

1Department of Oncology,Wayne State University School of Medicine, 2Karmanos Cancer Institute,Wayne State University School of Medicine

Chapitres

  • 00:04Titre
  • 01:02Crosslinking of Embryonic Stem Cells for ChIP and CARIP
  • 02:29Chromatin Sonication for ChIP and CARIP
  • 03:48ChIP and CARIP Process
  • 07:12Double-stranded cDNA Synthesis for CARIP-Seq
  • 08:53Use of ChIP-Seq and CARIP-Seq to Study Global Protein-DNA Interactions and Chromatin-Associated RNAs in Embryonic Stem Cells
  • 10:43Conclusion

Summary

Traduction automatique

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Aqui, descrevemos os métodos para executar o ChIP-Seq e CARIP-Seq, incluindo preparação de biblioteca para o sequenciamento de última geração, para gerar epigenomic global e cromatina associada RNA mapas em pilhas do ES.

Tags

CARIP-SeqChIP-SeqChromatin-associated RNAsProtein-DNA InteractionsEmbryonic Stem CellsEpigeneticsTranscription FactorsEpigenetic RegulatorsHistone ModificationsChromatin ImmunoprecipitationSonicationFormaldehyde Cross-linkingGlycinePhosphate Buffered SalineTrypsinizationMEF MediumFetal Bovine SerumSonication BufferSodium Dodecyl Sulfate

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