Denne protokollen kombinerer karakterisering av et protein utvalg av kapillær gel gelelektroforese og en rask-bindende screening for ladet ligander ved affinitet kapillært geleelektroforese. Det anbefales for proteiner med en fleksibel struktur, som egentlig uordnede proteiner, å avgjøre eventuelle forskjeller i bindingen for forskjellige conformers.