Denne protokol beskriver analysen af fluorescently mærkede intracellulære rum i spirende gær ved hjælp af multi-Color 4D (time-lapse 3D) confokal mikroskopi. Billedbehandlings parametrene vælges til at opfange passende signaler, samtidig med at foto skader begrænses. Brugerdefinerede ImageJ plugins tillader, at mærkede strukturer spores og analyseres kvantitativt.